More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2691 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 335 aa  689    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  77.41 
 
 		 334 aa  526  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  61.86 
 
 		 332 aa  421  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  47.89 
 
 		 332 aa  318  1e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  43.71 
 
 		 335 aa  305  7e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  45.48 
 
 		 335 aa  301  1e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  44.28 
 
 		 352 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.6 
 
 		 335 aa  281  9e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.73 
 
 		 342 aa  275  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.73 
 
 		 342 aa  275  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  44.58 
 
 		 349 aa  274  1.0000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.09 
 
 		 335 aa  273  3e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.44 
 
 		 335 aa  270  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.91 
 
 		 342 aa  265  5.999999999999999e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  40.66 
 
 		 341 aa  264  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  40.66 
 
 		 341 aa  264  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  40.66 
 
 		 341 aa  264  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.66 
 
 		 341 aa  264  1e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.66 
 
 		 341 aa  264  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.66 
 
 		 343 aa  264  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.66 
 
 		 341 aa  264  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.66 
 
 		 343 aa  264  1e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.16 
 
 		 341 aa  264  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  40.48 
 
 		 335 aa  264  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.91 
 
 		 330 aa  263  2e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  41.77 
 
 		 335 aa  260  3e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.4 
 
 		 330 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  38.48 
 
 		 337 aa  257  2e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.55 
 
 		 341 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.55 
 
 		 341 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.55 
 
 		 341 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.55 
 
 		 341 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.55 
 
 		 341 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  40 
 
 		 335 aa  257  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.07 
 
 		 339 aa  252  5.000000000000001e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  40.83 
 
 		 337 aa  249  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.93 
 
 		 342 aa  243  3e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.71 
 
 		 339 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.39 
 
 		 347 aa  237  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  40.12 
 
 		 339 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  39.64 
 
 		 338 aa  233  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.47 
 
 		 347 aa  232  7.000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.35 
 
 		 356 aa  229  4e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  39.27 
 
 		 335 aa  228  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.91 
 
 		 356 aa  228  1e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  39.14 
 
 		 338 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  38.23 
 
 		 359 aa  225  8e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  38.08 
 
 		 323 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  35.82 
 
 		 335 aa  215  9e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.72 
 
 		 336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  34.52 
 
 		 342 aa  212  7e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  37.28 
 
 		 353 aa  212  9e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  35.45 
 
 		 334 aa  212  9e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.97 
 
 		 336 aa  211  2e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  35.67 
 
 		 335 aa  211  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  35.05 
 
 		 344 aa  209  6e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  37 
 
 		 386 aa  207  2e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  34.76 
 
 		 343 aa  206  3e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0343  transcriptional regulator, LacI family  35.87 
 
 		 327 aa  206  4e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 348 aa  206  6e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  38.86 
 
 		 357 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  36.94 
 
 		 336 aa  200  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  35.17 
 
 		 353 aa  200  3.9999999999999996e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  32.44 
 
 		 338 aa  199  5e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.54 
 
 		 335 aa  199  7e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.63 
 
 		 332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  35.14 
 
 		 355 aa  196  4.0000000000000005e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  34.85 
 
 		 348 aa  196  5.000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  33.53 
 
 		 331 aa  196  6e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.15 
 
 		 352 aa  195  8.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1459  LacI family transcription regulator  36.04 
 
 		 340 aa  195  9e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.53 
 
 		 338 aa  194  1e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  33.23 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  33.23 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 340 aa  193  3e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  32.93 
 
 		 332 aa  194  3e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  33.23 
 
 		 332 aa  193  4e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  33.23 
 
 		 332 aa  193  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  33.23 
 
 		 332 aa  193  4e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  35.65 
 
 		 338 aa  193  4e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  34.97 
 
 		 330 aa  192  6e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  34.97 
 
 		 330 aa  192  6e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  34.97 
 
 		 330 aa  192  6e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  35.74 
 
 		 336 aa  192  8e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4573  LacI family transcription regulator  34.66 
 
 		 326 aa  192  9e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0936264  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  32.62 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  34.64 
 
 		 330 aa  191  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  34.14 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  33.03 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  32.62 
 
 		 332 aa  192  1e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3708  transcriptional regulator, LacI family  34.76 
 
 		 343 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36497  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  34.73 
 
 		 333 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  32.62 
 
 		 332 aa  190  2e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 339 aa  191  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  34.98 
 
 		 333 aa  191  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  33.23 
 
 		 328 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0115  transcriptional repressor  43.05 
 
 		 238 aa  190  2.9999999999999997e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3410  transcriptional regulator, LacI family  34.76 
 
 		 343 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.01 
 
 		 332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>