More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3272 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 352 aa  724    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  45.81 
 
 		 334 aa  290  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  44.28 
 
 		 335 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  45.78 
 
 		 337 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  44.01 
 
 		 332 aa  279  5e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  43.67 
 
 		 335 aa  271  1e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  43.07 
 
 		 332 aa  271  2e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  43.33 
 
 		 335 aa  269  4e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.68 
 
 		 330 aa  268  1e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  42.47 
 
 		 335 aa  267  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  43.03 
 
 		 335 aa  263  4e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  40.54 
 
 		 335 aa  262  6e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.74 
 
 		 335 aa  261  1e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.47 
 
 		 341 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.47 
 
 		 341 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.47 
 
 		 341 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.47 
 
 		 341 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.47 
 
 		 341 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  42.86 
 
 		 337 aa  258  1e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  43.41 
 
 		 341 aa  258  1e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  40.24 
 
 		 335 aa  257  2e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.95 
 
 		 342 aa  255  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  42.17 
 
 		 349 aa  254  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.95 
 
 		 342 aa  255  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  40 
 
 		 335 aa  252  9.000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.92 
 
 		 342 aa  252  9.000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.64 
 
 		 343 aa  251  1e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.64 
 
 		 343 aa  251  1e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.64 
 
 		 330 aa  251  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  42.64 
 
 		 341 aa  251  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  42.64 
 
 		 341 aa  251  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  42.64 
 
 		 341 aa  251  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.64 
 
 		 341 aa  251  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.64 
 
 		 341 aa  251  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.64 
 
 		 341 aa  251  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  43.6 
 
 		 335 aa  244  9.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  41.69 
 
 		 338 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.54 
 
 		 347 aa  242  7e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.84 
 
 		 347 aa  242  7e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.44 
 
 		 339 aa  239  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.32 
 
 		 342 aa  236  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  40.18 
 
 		 344 aa  235  8e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  40.84 
 
 		 339 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.51 
 
 		 336 aa  233  3e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.88 
 
 		 339 aa  232  8.000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  39.58 
 
 		 334 aa  229  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.12 
 
 		 356 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  34.76 
 
 		 334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3410  transcriptional regulator, LacI family  41.02 
 
 		 343 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40 
 
 		 356 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3708  transcriptional regulator, LacI family  41.28 
 
 		 343 aa  219  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36497  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  34.65 
 
 		 334 aa  218  8.999999999999998e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 346 aa  218  2e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  37.8 
 
 		 335 aa  217  2.9999999999999998e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  38.79 
 
 		 335 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  37.08 
 
 		 348 aa  213  3.9999999999999995e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  33.84 
 
 		 336 aa  213  5.999999999999999e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  35.98 
 
 		 331 aa  212  7.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4264  alanine racemase  40.84 
 
 		 343 aa  212  9e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.884026  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  39.64 
 
 		 339 aa  211  1e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  36.17 
 
 		 328 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  36.75 
 
 		 336 aa  211  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  34.04 
 
 		 333 aa  207  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  39.31 
 
 		 341 aa  206  5e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  34.2 
 
 		 340 aa  205  8e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  35.95 
 
 		 332 aa  205  8e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  38.17 
 
 		 339 aa  204  2e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  37.88 
 
 		 331 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  34.95 
 
 		 343 aa  204  3e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.64 
 
 		 337 aa  203  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  37.24 
 
 		 353 aa  203  4e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.83 
 
 		 336 aa  201  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  35.03 
 
 		 342 aa  201  9.999999999999999e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  35.82 
 
 		 332 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.13 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.13 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.13 
 
 		 341 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.13 
 
 		 341 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.13 
 
 		 341 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0343  transcriptional regulator, LacI family  35.95 
 
 		 327 aa  200  3e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  36.56 
 
 		 332 aa  200  3e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.13 
 
 		 341 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  36.42 
 
 		 332 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  36.12 
 
 		 332 aa  199  5e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.73 
 
 		 341 aa  199  5e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  36.25 
 
 		 332 aa  199  6e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  38.37 
 
 		 330 aa  199  6e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  37.27 
 
 		 333 aa  199  7e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.33 
 
 		 341 aa  199  7.999999999999999e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.23 
 
 		 341 aa  199  7.999999999999999e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  35.82 
 
 		 332 aa  198  9e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  35.82 
 
 		 332 aa  198  9e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  33.43 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.43 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  36.25 
 
 		 332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.43 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  36.25 
 
 		 332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  37.58 
 
 		 338 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.43 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.43 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>