More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4116 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  100 
 
 		 334 aa  675    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  66.47 
 
 		 344 aa  443  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  44.85 
 
 		 337 aa  275  7e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.52 
 
 		 335 aa  258  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  43.24 
 
 		 335 aa  256  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.57 
 
 		 335 aa  255  6e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.99 
 
 		 335 aa  255  6e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  40.48 
 
 		 335 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.24 
 
 		 342 aa  244  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.24 
 
 		 342 aa  244  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  41.21 
 
 		 349 aa  244  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.37 
 
 		 341 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  40.37 
 
 		 341 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  40.37 
 
 		 341 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  40.37 
 
 		 341 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.37 
 
 		 341 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.37 
 
 		 343 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.37 
 
 		 341 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.37 
 
 		 343 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.37 
 
 		 330 aa  243  5e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  39.16 
 
 		 342 aa  241  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.83 
 
 		 341 aa  241  1e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  43.88 
 
 		 356 aa  240  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  39.76 
 
 		 347 aa  239  5.999999999999999e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  43.2 
 
 		 356 aa  236  4e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.84 
 
 		 341 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.84 
 
 		 341 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.84 
 
 		 341 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.84 
 
 		 341 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.84 
 
 		 341 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.65 
 
 		 330 aa  235  9e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  39.16 
 
 		 347 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  39.58 
 
 		 352 aa  229  4e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  39.21 
 
 		 332 aa  228  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.86 
 
 		 339 aa  228  1e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  41.19 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  37.54 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  42.47 
 
 		 335 aa  223  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1459  LacI family transcription regulator  39.35 
 
 		 340 aa  220  3e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  39.58 
 
 		 337 aa  220  3e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.16 
 
 		 339 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  41.59 
 
 		 338 aa  218  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.25 
 
 		 342 aa  216  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  36.89 
 
 		 334 aa  216  5e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.04 
 
 		 336 aa  212  7e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  40.67 
 
 		 359 aa  212  7e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  40.55 
 
 		 339 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  35.45 
 
 		 335 aa  212  9e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  40.55 
 
 		 338 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  35.06 
 
 		 335 aa  210  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  40.06 
 
 		 323 aa  209  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  36.45 
 
 		 335 aa  207  2e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 346 aa  206  6e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  38.3 
 
 		 338 aa  205  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  36.45 
 
 		 348 aa  204  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  39.76 
 
 		 333 aa  204  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  37.09 
 
 		 331 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  37.39 
 
 		 346 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  37.39 
 
 		 346 aa  203  4e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  35.65 
 
 		 335 aa  202  5e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.7 
 
 		 336 aa  202  9e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148883  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  36.75 
 
 		 328 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 342 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  36.59 
 
 		 343 aa  200  1.9999999999999998e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  36.98 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.65 
 
 		 337 aa  200  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  35.93 
 
 		 347 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3410  transcriptional regulator, LacI family  39.7 
 
 		 343 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  37.2 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  38.32 
 
 		 348 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  36.39 
 
 		 332 aa  197  3e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3708  transcriptional regulator, LacI family  39.39 
 
 		 343 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36497  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  36.27 
 
 		 333 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3013  transcriptional regulator, LacI family  41.3 
 
 		 326 aa  196  6e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.168933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  35.76 
 
 		 334 aa  195  8.000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  37.69 
 
 		 353 aa  194  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  38.51 
 
 		 342 aa  194  2e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  35.06 
 
 		 335 aa  192  7e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  34.95 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  39.52 
 
 		 349 aa  191  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.52 
 
 		 338 aa  191  1e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  34.95 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 336 aa  190  2e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  35.93 
 
 		 336 aa  191  2e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  36.61 
 
 		 342 aa  191  2e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  35.26 
 
 		 332 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4363  LacI family transcription regulator  39.13 
 
 		 349 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000162438  normal  0.697334 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  36.98 
 
 		 344 aa  191  2e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.66 
 
 		 348 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  34.63 
 
 		 355 aa  190  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  35.26 
 
 		 332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0343  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0549  Alanine racemase  39.4 
 
 		 340 aa  190  2.9999999999999997e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  39 
 
 		 333 aa  189  4e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  33.99 
 
 		 333 aa  190  4e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  35.33 
 
 		 338 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  37.72 
 
 		 337 aa  189  7e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  34.95 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  38.62 
 
 		 339 aa  188  1e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>