More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0520 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 338 aa  685    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  41.49 
 
 		 347 aa  261  1e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  39.76 
 
 		 334 aa  256  5e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  42.15 
 
 		 342 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  42.17 
 
 		 342 aa  250  3e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  38.87 
 
 		 337 aa  249  6e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  40.83 
 
 		 334 aa  242  6e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  38.58 
 
 		 349 aa  241  1e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.88 
 
 		 330 aa  236  3e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.04 
 
 		 342 aa  236  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.04 
 
 		 342 aa  236  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  35.21 
 
 		 348 aa  231  2e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.04 
 
 		 333 aa  230  3e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  37.84 
 
 		 346 aa  229  5e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.12 
 
 		 342 aa  229  5e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  37.06 
 
 		 353 aa  229  7e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  40.66 
 
 		 335 aa  226  4e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  37.88 
 
 		 326 aa  226  4e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  35.74 
 
 		 332 aa  226  6e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  38.6 
 
 		 336 aa  225  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  35.14 
 
 		 348 aa  223  4e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  35.15 
 
 		 347 aa  223  4.9999999999999996e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  36.09 
 
 		 336 aa  220  3e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.06 
 
 		 341 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  36.06 
 
 		 341 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  36.06 
 
 		 341 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 341 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 341 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 341 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 343 aa  219  5e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 343 aa  219  5e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  34.52 
 
 		 335 aa  219  6e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.53 
 
 		 335 aa  219  7e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.47 
 
 		 341 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.28 
 
 		 330 aa  218  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.47 
 
 		 341 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.47 
 
 		 341 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.47 
 
 		 341 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.47 
 
 		 341 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  35.65 
 
 		 339 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  35.76 
 
 		 368 aa  217  2.9999999999999998e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.5 
 
 		 339 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  36.09 
 
 		 334 aa  216  4e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.18 
 
 		 336 aa  215  7e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.73 
 
 		 335 aa  213  2.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  37.42 
 
 		 343 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  37.42 
 
 		 343 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  34.63 
 
 		 340 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.54 
 
 		 347 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  36.53 
 
 		 335 aa  211  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 346 aa  211  1e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.45 
 
 		 341 aa  211  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  33.53 
 
 		 333 aa  211  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.61 
 
 		 356 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  36.57 
 
 		 343 aa  210  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  36.77 
 
 		 343 aa  210  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  36.74 
 
 		 338 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  35.24 
 
 		 333 aa  209  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.94 
 
 		 335 aa  209  4e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  35.44 
 
 		 343 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  35.44 
 
 		 343 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  35.44 
 
 		 343 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.75 
 
 		 356 aa  209  6e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  35.44 
 
 		 343 aa  209  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  36.74 
 
 		 338 aa  209  8e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  35.76 
 
 		 331 aa  208  1e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2074  transcriptional regulator, LacI family  37.94 
 
 		 338 aa  208  1e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  35.45 
 
 		 338 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  36.22 
 
 		 346 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.94 
 
 		 347 aa  206  3e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  36.66 
 
 		 346 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.71 
 
 		 356 aa  206  5e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  34.03 
 
 		 353 aa  206  6e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  35.65 
 
 		 357 aa  206  7e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  33.53 
 
 		 336 aa  205  8e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  35.26 
 
 		 346 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  36.06 
 
 		 332 aa  205  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.94 
 
 		 342 aa  205  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  36.13 
 
 		 343 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  36.13 
 
 		 343 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  34.2 
 
 		 346 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  34.63 
 
 		 342 aa  204  2e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  36.13 
 
 		 343 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  36.13 
 
 		 343 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.8 
 
 		 335 aa  204  2e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  39.17 
 
 		 355 aa  203  3e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  36.67 
 
 		 336 aa  202  5e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  36.66 
 
 		 344 aa  202  5e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  34.52 
 
 		 340 aa  202  8e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1438  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 		 337 aa  202  9e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.94 
 
 		 333 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  36.04 
 
 		 339 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  33.13 
 
 		 340 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  35.24 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3127  transcriptional regulator, LacI family  35.54 
 
 		 331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.501484  hitchhiker  0.00254336 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  36.14 
 
 		 340 aa  200  1.9999999999999998e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  35.26 
 
 		 347 aa  200  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  36.45 
 
 		 332 aa  199  6e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  32.13 
 
 		 336 aa  199  7e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  35.31 
 
 		 338 aa  199  7.999999999999999e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>