More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0945 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  100 
 
 
348 aa  665    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  52.13 
 
 
334 aa  306  3e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  43.03 
 
 
342 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  40.66 
 
 
335 aa  264  2e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  40.66 
 
 
340 aa  263  4e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.04 
 
 
336 aa  253  5.000000000000001e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  39.94 
 
 
342 aa  248  1e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  40.45 
 
 
355 aa  246  6e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  43.25 
 
 
336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.02 
 
 
352 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  37.5 
 
 
347 aa  235  9e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  42.06 
 
 
353 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.69 
 
 
335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.2 
 
 
335 aa  235  1.0000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.39 
 
 
339 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  43.03 
 
 
332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  40.24 
 
 
333 aa  233  5e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  36.31 
 
 
335 aa  232  6e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.23 
 
 
335 aa  232  9e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  43.32 
 
 
349 aa  230  3e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.64 
 
 
342 aa  230  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.11 
 
 
330 aa  230  3e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.64 
 
 
342 aa  230  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  40.61 
 
 
338 aa  229  6e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.53 
 
 
342 aa  229  7e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.47 
 
 
341 aa  227  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.76111 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.47 
 
 
341 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  35.47 
 
 
341 aa  227  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  38.06 
 
 
332 aa  228  2e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.47 
 
 
341 aa  227  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  41.86 
 
 
346 aa  228  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  43.87 
 
 
326 aa  227  2e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  35.47 
 
 
341 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.47 
 
 
341 aa  227  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 
336 aa  228  2e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  41.57 
 
 
346 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.52 
 
 
337 aa  226  3e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.47 
 
 
343 aa  227  3e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.47 
 
 
343 aa  227  3e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  34.36 
 
 
327 aa  226  6e-58  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  38.3 
 
 
337 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  38.91 
 
 
334 aa  224  2e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  43.91 
 
 
347 aa  223  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.08 
 
 
330 aa  223  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.14 
 
 
338 aa  223  4e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  38.29 
 
 
331 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  36.89 
 
 
332 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  39.7 
 
 
333 aa  222  7e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.17 
 
 
341 aa  222  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.17 
 
 
341 aa  222  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.17 
 
 
341 aa  222  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.17 
 
 
341 aa  222  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.17 
 
 
341 aa  222  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  41.82 
 
 
346 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  37.69 
 
 
331 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  42.51 
 
 
335 aa  220  3e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.78 
 
 
337 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  35.84 
 
 
344 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  37.73 
 
 
328 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.15 
 
 
341 aa  219  7e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  36.7 
 
 
336 aa  219  7e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  37.57 
 
 
368 aa  219  7.999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  39.76 
 
 
330 aa  218  1e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.53 
 
 
347 aa  218  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.86 
 
 
337 aa  217  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  35.89 
 
 
336 aa  216  4e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.54 
 
 
356 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  36.28 
 
 
332 aa  215  8e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.63 
 
 
347 aa  215  8e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.18 
 
 
356 aa  215  8e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  35.98 
 
 
332 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  35.98 
 
 
332 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 
343 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  35.98 
 
 
332 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  35.98 
 
 
332 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  35.98 
 
 
332 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  38.58 
 
 
333 aa  215  9.999999999999999e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  35.98 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  35.98 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  35.98 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  41.54 
 
 
339 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  35.98 
 
 
332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  36.87 
 
 
346 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  42.02 
 
 
336 aa  212  7.999999999999999e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  37.87 
 
 
338 aa  212  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  38.28 
 
 
338 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  38.51 
 
 
343 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  38.51 
 
 
343 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1984  LacI family transcription regulator  36.55 
 
 
360 aa  210  2e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0783818  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  39.29 
 
 
342 aa  211  2e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  37.17 
 
 
346 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  38.83 
 
 
343 aa  210  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  37.72 
 
 
341 aa  209  4e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  38.81 
 
 
335 aa  209  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.35 
 
 
356 aa  209  4e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.42 
 
 
356 aa  209  7e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  38.19 
 
 
343 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  38.19 
 
 
343 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  38.19 
 
 
343 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  39.93 
 
 
340 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>