More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_01040 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  656    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  44.82 
 
 		 334 aa  277  2e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  35.5 
 
 		 342 aa  250  3e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  43.25 
 
 		 348 aa  244  9.999999999999999e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  39.33 
 
 		 333 aa  239  4e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  35.26 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  37.42 
 
 		 355 aa  226  6e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.04 
 
 		 336 aa  225  8e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  36.87 
 
 		 342 aa  224  2e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.37 
 
 		 352 aa  223  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  32.79 
 
 		 336 aa  212  9e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  39.29 
 
 		 326 aa  211  2e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  35.84 
 
 		 346 aa  209  6e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.67 
 
 		 353 aa  206  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  37.91 
 
 		 339 aa  206  7e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.53 
 
 		 338 aa  205  8e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  38.62 
 
 		 353 aa  205  1e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  36.67 
 
 		 340 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  35.03 
 
 		 348 aa  204  2e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 346 aa  204  2e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  36.23 
 
 		 337 aa  203  4e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  39.16 
 
 		 336 aa  202  5e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  39.56 
 
 		 334 aa  202  6e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  34.32 
 
 		 347 aa  202  6e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  36.39 
 
 		 332 aa  202  7e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.34 
 
 		 339 aa  202  8e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.86 
 
 		 335 aa  200  3e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 		 349 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.11 
 
 		 330 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  39.02 
 
 		 336 aa  199  6e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  36.25 
 
 		 340 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  38.35 
 
 		 333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  36.06 
 
 		 340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.53 
 
 		 337 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  36.36 
 
 		 337 aa  196  6e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  35.06 
 
 		 338 aa  195  9e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  35.35 
 
 		 336 aa  195  1e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  38.1 
 
 		 338 aa  195  1e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  35.42 
 
 		 344 aa  195  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  35.76 
 
 		 340 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  37.76 
 
 		 357 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  32.32 
 
 		 332 aa  193  4e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  32.12 
 
 		 333 aa  193  4e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  32.32 
 
 		 332 aa  192  5e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  34.9 
 
 		 335 aa  192  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  31.16 
 
 		 344 aa  192  6e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  32.32 
 
 		 332 aa  192  7e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  35.84 
 
 		 357 aa  192  8e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.01 
 
 		 332 aa  192  9e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  32.01 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  32.48 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 342 aa  191  1e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  32.48 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  32.01 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  38.17 
 
 		 332 aa  192  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  34.14 
 
 		 337 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.72 
 
 		 337 aa  191  1e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.38 
 
 		 331 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  35.93 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  32.48 
 
 		 332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.64 
 
 		 335 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7934  putative LacI-family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 335 aa  190  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  34.04 
 
 		 339 aa  189  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  31.9 
 
 		 332 aa  189  4e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  33.84 
 
 		 334 aa  189  5e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  31.17 
 
 		 327 aa  189  5e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  34.44 
 
 		 334 aa  189  5.999999999999999e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.63 
 
 		 341 aa  189  7e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  31.63 
 
 		 341 aa  189  7e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.72 
 
 		 337 aa  189  7e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.63 
 
 		 341 aa  189  7e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  31.63 
 
 		 341 aa  189  7e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.63 
 
 		 341 aa  189  7e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4515  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.83 
 
 		 351 aa  189  7e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.63 
 
 		 341 aa  189  7e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.63 
 
 		 343 aa  189  8e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1691  transcriptional regulator, LacI family  36.56 
 
 		 341 aa  189  8e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0314799  normal  0.084893 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.63 
 
 		 343 aa  189  8e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  34.76 
 
 		 338 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.93 
 
 		 335 aa  188  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.14 
 
 		 335 aa  188  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 368 aa  188  1e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.4 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.83 
 
 		 356 aa  188  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.61 
 
 		 348 aa  188  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  32.15 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.42 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  36.05 
 
 		 346 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3091  LacI family transcription regulator  37.05 
 
 		 328 aa  187  3e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.224445  normal  0.366148 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  31.6 
 
 		 340 aa  187  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  35.63 
 
 		 335 aa  187  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  36.05 
 
 		 346 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  38.97 
 
 		 333 aa  186  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 342 aa  186  4e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.727359 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 329 aa  186  6e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  34.14 
 
 		 337 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.83 
 
 		 330 aa  186  7e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  34.6 
 
 		 343 aa  185  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  31.89 
 
 		 336 aa  186  7e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  35.93 
 
 		 342 aa  185  8e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>