More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1637 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 337 aa  682    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  59.1 
 
 		 335 aa  389  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  50 
 
 		 335 aa  316  4e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  47.18 
 
 		 349 aa  284  2.0000000000000002e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  45.78 
 
 		 352 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.37 
 
 		 335 aa  269  5e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.34 
 
 		 335 aa  268  1e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  43.98 
 
 		 337 aa  264  2e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  40.42 
 
 		 335 aa  261  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  43.11 
 
 		 332 aa  259  4e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.04 
 
 		 330 aa  258  7e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  39.34 
 
 		 335 aa  258  7e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.96 
 
 		 342 aa  256  5e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  43.98 
 
 		 335 aa  255  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  41.02 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  41.02 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.02 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.02 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  41.02 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.02 
 
 		 343 aa  251  1e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.02 
 
 		 343 aa  251  1e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.82 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.02 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  40.83 
 
 		 335 aa  249  3e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.96 
 
 		 330 aa  248  8e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.32 
 
 		 341 aa  248  9e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.32 
 
 		 341 aa  248  9e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.32 
 
 		 341 aa  248  9e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.32 
 
 		 341 aa  248  9e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.32 
 
 		 341 aa  248  9e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  39.64 
 
 		 342 aa  246  4.9999999999999997e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  39.64 
 
 		 342 aa  246  4.9999999999999997e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  43.03 
 
 		 332 aa  244  9.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  40.77 
 
 		 334 aa  242  7e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.34 
 
 		 339 aa  241  1e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.03 
 
 		 347 aa  240  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.3 
 
 		 347 aa  239  5.999999999999999e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.72 
 
 		 356 aa  237  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.05 
 
 		 342 aa  236  5.0000000000000005e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  42.6 
 
 		 356 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  37.83 
 
 		 335 aa  229  4e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  41.39 
 
 		 359 aa  229  4e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  41.59 
 
 		 323 aa  226  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 		 335 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  38.74 
 
 		 344 aa  222  8e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.02 
 
 		 337 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  39.58 
 
 		 334 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.05 
 
 		 336 aa  219  7e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  39.58 
 
 		 335 aa  218  1e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  37.88 
 
 		 332 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  38.18 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  39.88 
 
 		 338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  37.58 
 
 		 332 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.7 
 
 		 339 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  37.27 
 
 		 332 aa  212  9e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  36.97 
 
 		 332 aa  210  2e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  36.97 
 
 		 332 aa  210  2e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  36.97 
 
 		 332 aa  210  3e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  39.41 
 
 		 333 aa  210  3e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  39.53 
 
 		 338 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  36.97 
 
 		 332 aa  210  3e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  36.97 
 
 		 332 aa  209  5e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  36.67 
 
 		 332 aa  209  5e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  36.97 
 
 		 331 aa  209  5e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  36.97 
 
 		 332 aa  209  6e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  39.1 
 
 		 339 aa  207  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  39.05 
 
 		 333 aa  204  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  37.43 
 
 		 338 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  37.27 
 
 		 330 aa  202  7e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  35.45 
 
 		 343 aa  201  9.999999999999999e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  35.12 
 
 		 335 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  38.39 
 
 		 331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.18 
 
 		 336 aa  201  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  36.53 
 
 		 348 aa  200  3.9999999999999996e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 		 353 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  35.62 
 
 		 355 aa  199  6e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.1 
 
 		 341 aa  199  7e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  35.09 
 
 		 341 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  35.09 
 
 		 341 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.09 
 
 		 341 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.09 
 
 		 341 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.09 
 
 		 341 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.09 
 
 		 341 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.09 
 
 		 341 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  35.09 
 
 		 341 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  37.61 
 
 		 328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  35.35 
 
 		 342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.09 
 
 		 341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  36.66 
 
 		 333 aa  196  4.0000000000000005e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  34.14 
 
 		 333 aa  194  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  35.84 
 
 		 341 aa  194  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  36.45 
 
 		 331 aa  192  5e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  36.34 
 
 		 336 aa  192  5e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.84 
 
 		 341 aa  192  5e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.81 
 
 		 341 aa  192  6e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  36.67 
 
 		 348 aa  192  7e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.72 
 
 		 341 aa  192  9e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.72 
 
 		 341 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.72 
 
 		 341 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.72 
 
 		 341 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>