More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4264 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4264  alanine racemase  100 
 
 		 343 aa  694    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.884026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3708  transcriptional regulator, LacI family  86.3 
 
 		 343 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36497  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3410  transcriptional regulator, LacI family  86.59 
 
 		 343 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  40.84 
 
 		 352 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  39.22 
 
 		 335 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  39.1 
 
 		 347 aa  218  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  39.1 
 
 		 347 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  38.92 
 
 		 335 aa  214  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  37.91 
 
 		 349 aa  214  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.62 
 
 		 335 aa  213  4.9999999999999996e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.46 
 
 		 342 aa  210  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  37.05 
 
 		 335 aa  210  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.56 
 
 		 335 aa  209  6e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  39.58 
 
 		 356 aa  208  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  38.99 
 
 		 337 aa  208  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.41 
 
 		 341 aa  208  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  37.12 
 
 		 332 aa  207  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  39.42 
 
 		 335 aa  202  7e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.13 
 
 		 330 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.78 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.78 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.78 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.78 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.78 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.99 
 
 		 356 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.06 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  36.06 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 343 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 343 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  39.16 
 
 		 338 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  36.06 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.12 
 
 		 342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.4 
 
 		 339 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.04 
 
 		 342 aa  196  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.04 
 
 		 342 aa  196  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  33.93 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.69 
 
 		 330 aa  194  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  39.48 
 
 		 344 aa  193  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.84 
 
 		 336 aa  193  3e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  37.84 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  39.1 
 
 		 339 aa  193  4e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1459  LacI family transcription regulator  38.32 
 
 		 340 aa  191  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  34.25 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  37.85 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  35.59 
 
 		 337 aa  188  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  35.91 
 
 		 335 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  34.73 
 
 		 335 aa  185  9e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  36.89 
 
 		 359 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 339 aa  182  6e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  37.08 
 
 		 338 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 386 aa  179  4e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  35.63 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.74 
 
 		 336 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  36.2 
 
 		 336 aa  169  6e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  31.33 
 
 		 335 aa  169  9e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  33.84 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  33.73 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  35.29 
 
 		 339 aa  166  5e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  36.08 
 
 		 333 aa  166  5.9999999999999996e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  32.33 
 
 		 327 aa  164  1.0000000000000001e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1631  LacI family transcription regulator  35.45 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.213128  normal  0.697087 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.61 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  31.75 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 342 aa  164  3e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  35.74 
 
 		 353 aa  163  4.0000000000000004e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  30.3 
 
 		 334 aa  162  5.0000000000000005e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  31.02 
 
 		 332 aa  162  6e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  31.02 
 
 		 332 aa  162  8.000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 346 aa  162  9e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.15 
 
 		 337 aa  162  9e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.83 
 
 		 348 aa  161  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  34.45 
 
 		 330 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 349 aa  160  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.42 
 
 		 333 aa  161  2e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  31.53 
 
 		 338 aa  160  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.31 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  29.22 
 
 		 333 aa  160  4e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  34.15 
 
 		 334 aa  159  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  31.95 
 
 		 339 aa  159  5e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0343  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 327 aa  159  6e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4363  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 349 aa  159  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000162438  normal  0.697334 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  32.59 
 
 		 353 aa  159  9e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.72 
 
 		 356 aa  159  9e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.87 
 
 		 348 aa  159  9e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2646  transcriptional regulator, LacI family  35.56 
 
 		 350 aa  158  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05320  transcriptional regulator  36.31 
 
 		 371 aa  158  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  31.02 
 
 		 335 aa  158  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  31.78 
 
 		 346 aa  158  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6160  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 340 aa  158  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00050807 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  32.47 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  29.73 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  31.25 
 
 		 357 aa  155  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 382 aa  155  7e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 337 aa  155  8e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  30.03 
 
 		 334 aa  155  9e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  35.74 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>