More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3834 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3834  transcriptional regulator LacI family  100 
 
 		 346 aa  674    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0515953  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3711  transcriptional regulator, LacI family  66.86 
 
 		 340 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.535125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3413  transcriptional regulator, LacI family  65.69 
 
 		 340 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.603952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2792  regulatory protein LacI  66.09 
 
 		 345 aa  391  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.527889 
 
 
-
 
NC_004310  BR0549  LacI family transcription regulator  60.41 
 
 		 343 aa  385  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.140598  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3413  regulatory protein LacI  59.53 
 
 		 343 aa  377  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0551  LacI family transcription regulator  59.24 
 
 		 340 aa  370  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3990  LacI family transcription regulator  49.85 
 
 		 349 aa  309  4e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2712  LacI family transcription regulator  46.75 
 
 		 342 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1949  transcriptional regulator, LacI family  37.94 
 
 		 351 aa  199  7e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1455  regulatory protein, LacI  38.89 
 
 		 356 aa  194  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  37.87 
 
 		 351 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  37.28 
 
 		 351 aa  193  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2039  regulatory protein LacI  37.03 
 
 		 345 aa  192  9e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  0.671678 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5753  regulatory protein LacI  38.37 
 
 		 335 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0380737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0036  LacI family transcription regulator  35.36 
 
 		 354 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3911  LacI family transcription regulator  33.92 
 
 		 357 aa  169  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6779  LacI family transcription regulator  33.72 
 
 		 343 aa  162  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.156917 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6027  transcriptional regulator, LacI family  31.79 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0254846  normal  0.41211 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5008  regulatory protein LacI  32.37 
 
 		 343 aa  151  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0284302 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3354  transcriptional regulator, LacI family  37.34 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0982128  normal  0.108787 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0698  LacI family transcription regulator  34.18 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2405  transcriptional regulator, LacI family  36.07 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3771  transcriptional regulator, LacI family  36.36 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.613992  normal  0.844233 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2322  regulatory protein, LacI  34.87 
 
 		 357 aa  140  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6372  LacI family transcription regulator  34.63 
 
 		 339 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.787329  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3305  LacI family transcription regulator  34.84 
 
 		 350 aa  139  7.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7182  transcriptional regulator, LacI family  31.14 
 
 		 342 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798243  normal  0.0583699 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3017  transcriptional regulator, LacI family  34.85 
 
 		 350 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0238556  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3591  regulatory protein LacI  33.33 
 
 		 339 aa  130  3e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.75735  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26190  LacI regulatory protein  32.09 
 
 		 340 aa  129  6e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2615  regulatory protein, LacI  33.72 
 
 		 336 aa  129  9.000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.546445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2767  transcriptional regulator, LacI family  35.89 
 
 		 347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.948388  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50220  LacI regulatory protein  35.26 
 
 		 379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5639  transcriptional regulator, LacI family  32.47 
 
 		 339 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3483  transcriptional regulator, LacI family  36.63 
 
 		 342 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.617656 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3285  LacI family transcription regulator  32.4 
 
 		 377 aa  126  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795711 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6011  LacI family transcription regulator  34.89 
 
 		 354 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.459329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  27.35 
 
 		 352 aa  122  9e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4043  transcriptional regulator, LacI family  33.99 
 
 		 373 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1685  regulatory protein, LacI  31.33 
 
 		 334 aa  121  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0347621  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3966  regulatory protein, LacI  32.94 
 
 		 336 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2766  LacI family transcription regulator  33.11 
 
 		 336 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2736  LacI family transcription regulator  34.71 
 
 		 363 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.871299  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0614  LacI family transcription regulator  33.97 
 
 		 353 aa  119  7e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2712  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 354 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.539864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2072  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 354 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.538239  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1050  transcriptional regulator, LacI family  32.37 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.190777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2683  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 354 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0917  regulatory protein LacI  29.75 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2296  transcriptional regulator, LacI family  32.57 
 
 		 333 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.413122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5026  transcriptional regulator, LacI family  33.12 
 
 		 348 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7811  transcriptional regulator, LacI family  29.93 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1852  regulatory protein, LacI  32.84 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.206748 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3532  LacI family transcription regulator  32.15 
 
 		 339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.895947 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3746  regulatory protein LacI  34.38 
 
 		 345 aa  107  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.503845  normal  0.0129962 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2492  LacI family transcription regulator  32.2 
 
 		 333 aa  103  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.804528  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2053  LacI family transcription regulator  28.65 
 
 		 345 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19190  transcriptional regulator, LacI family  27.1 
 
 		 346 aa  92.4  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.329704  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4170  LacI family transcription regulator  28.3 
 
 		 368 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0444  LacI family transcription regulator  26.43 
 
 		 368 aa  86.3  7e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.104683 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  30.15 
 
 		 345 aa  84.7  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  30.53 
 
 		 341 aa  84  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  35.19 
 
 		 330 aa  81.6  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1663  LacI family transcription regulator  31.41 
 
 		 345 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0296  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.41 
 
 		 345 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  30 
 
 		 345 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0157  transcriptional regulator, LacI family  23.58 
 
 		 344 aa  80.1  0.00000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  27.14 
 
 		 340 aa  79.7  0.00000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  30.16 
 
 		 339 aa  79  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3608  transcriptional regulator, LacI family  34.71 
 
 		 339 aa  78.2  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.024376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.64 
 
 		 349 aa  78.2  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  34.67 
 
 		 348 aa  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1978  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.15 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0311  LacI family transcription regulator  31.9 
 
 		 340 aa  74.3  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  29.26 
 
 		 347 aa  72.4  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2264  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26 
 
 		 345 aa  71.2  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000366985  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4879  transcriptional regulator, LacI family  22.99 
 
 		 354 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.77144  normal  0.328602 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  22.56 
 
 		 324 aa  71.2  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3338  transcriptional regulator, LacI family  33.49 
 
 		 341 aa  71.2  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.680798  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4288  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 334 aa  72  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0105352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1668  ABC transporter sugar-binding protein  22.55 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3896  transcriptional regulator, LacI family  43.68 
 
 		 341 aa  71.2  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.469202 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  35.55 
 
 		 348 aa  70.9  0.00000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0908  LacI family transcription regulator  23.01 
 
 		 357 aa  70.1  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0876501  normal  0.0330797 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1943  transcriptional regulator, LacI family  33.48 
 
 		 347 aa  69.7  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.102269 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1273  transcriptional regulator  33.04 
 
 		 332 aa  70.1  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.690479  normal  0.464458 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4620  transcriptional regulator, LacI family  29.82 
 
 		 349 aa  70.1  0.00000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4651  transcriptional regulator, LacI family  32.39 
 
 		 349 aa  69.3  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1424  LacI family transcription regulator  30.77 
 
 		 332 aa  68.9  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000379312  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  29.01 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4642  LacI family transcription regulator  30.83 
 
 		 331 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2155  transcriptional regulator, LacI family  30.28 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0436  LacI family transcription regulator  30.19 
 
 		 343 aa  67  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0321494  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0307  transcriptional regulator, LacI family  27.17 
 
 		 337 aa  67.4  0.0000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.211089  normal  0.109292 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1700  regulatory protein LacI  25.66 
 
 		 354 aa  66.6  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107913  normal  0.016401 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1019  LacI family transcription regulator  38.04 
 
 		 340 aa  66.2  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4321  transcriptional regulator, LacI family  40.91 
 
 		 348 aa  66.2  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.794794  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.86 
 
 		 355 aa  66.2  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3698  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.375251  normal  0.395947 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>