More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4651 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_4651  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 
349 aa  682    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2627  LacI family transcription regulator  89.68 
 
 
349 aa  589  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.187228 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  67.28 
 
 
339 aa  448  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  67.18 
 
 
355 aa  431  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1136  LacI family transcription regulator  68.29 
 
 
335 aa  425  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.601341 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4322  regulatory protein LacI  63.91 
 
 
334 aa  395  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5309  transcriptional regulator, LacI family  66.36 
 
 
332 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.561144 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5013  transcriptional regulator, LacI family  65.43 
 
 
332 aa  391  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0771857  normal  0.165296 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1978  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.51 
 
 
339 aa  261  1e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  44.69 
 
 
345 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  43.83 
 
 
345 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  42.21 
 
 
341 aa  256  4e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1663  LacI family transcription regulator  43.83 
 
 
345 aa  253  3e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0311  LacI family transcription regulator  43.41 
 
 
340 aa  253  3e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0296  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.83 
 
 
345 aa  253  3e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  41.85 
 
 
348 aa  235  7e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4217  LacI family transcription regulator  46.89 
 
 
335 aa  229  5e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  41.3 
 
 
364 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33920  LacI family transcriptional regulator protein  41.69 
 
 
388 aa  213  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104484  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4754  transcriptional regulator GntR  38.37 
 
 
331 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.939154  normal  0.56413 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0277  transcriptional regulator, LacI family  38.37 
 
 
331 aa  212  7e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3637  transcriptional regulator GntR  38.37 
 
 
331 aa  212  7e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.4011  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0275  LacI family transcription regulator  38.37 
 
 
331 aa  212  7e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3721  transcriptional regulator GntR  38.37 
 
 
331 aa  212  7e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3852  transcriptional regulator GntR  38.1 
 
 
353 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3732  transcriptional regulator GntR  38.32 
 
 
331 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3810  transcriptional regulator GntR  38.1 
 
 
353 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3912  transcriptional regulator GntR  38.1 
 
 
353 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.39666 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3743  transcriptional regulator GntR  38.1 
 
 
353 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03289  DNA-binding transcriptional repressor  38.07 
 
 
331 aa  210  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58674  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3916  transcriptional regulator GntR  38.07 
 
 
331 aa  210  4e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3887  transcriptional regulator GntR  38.07 
 
 
331 aa  209  4e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03242  hypothetical protein  38.07 
 
 
331 aa  210  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.766873  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  37.76 
 
 
332 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  42.81 
 
 
343 aa  207  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  37.05 
 
 
332 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  37.05 
 
 
332 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.05 
 
 
332 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2770  transcriptional regulator, LacI family  36.86 
 
 
331 aa  206  5e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4652  LacI family transcription regulator  36.25 
 
 
343 aa  206  6e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.478263 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3846  LacI family transcription regulator  37.16 
 
 
331 aa  206  6e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.58256 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  35.37 
 
 
335 aa  204  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  35.95 
 
 
332 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  35.37 
 
 
335 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.45 
 
 
332 aa  202  6e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  32.63 
 
 
333 aa  202  7e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  40 
 
 
365 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  34.94 
 
 
331 aa  199  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4104  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  34.94 
 
 
331 aa  199  7e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  36.47 
 
 
337 aa  199  7.999999999999999e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  39.2 
 
 
351 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  37.5 
 
 
332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4745  transcriptional regulator IdnR  35.65 
 
 
332 aa  196  7e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.21306  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  38.87 
 
 
344 aa  195  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  35.35 
 
 
336 aa  195  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  39.02 
 
 
347 aa  195  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4642  LacI family transcription regulator  38.37 
 
 
331 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  39.2 
 
 
335 aa  194  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  36.64 
 
 
349 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4520  transcriptional regulator IdnR  35.35 
 
 
332 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000192749  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 
364 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04130  DNA-binding transcriptional repressor, 5-gluconate-binding  35.35 
 
 
332 aa  193  3e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.845114  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3733  transcriptional regulator, LacI family  35.35 
 
 
332 aa  193  3e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  37.46 
 
 
331 aa  194  3e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3418  LacI family transcription regulator  37.96 
 
 
347 aa  193  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.612979  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  36.56 
 
 
332 aa  193  4e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.91 
 
 
356 aa  193  5e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.108972 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  34.04 
 
 
350 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4829  HTH-type transcriptional regulator IdnR  34.55 
 
 
332 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.284296  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  40.24 
 
 
342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0134  LacI family transcription regulator  34.39 
 
 
312 aa  190  2.9999999999999997e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4736  HTH-type transcriptional regulator IdnR  34.55 
 
 
332 aa  190  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.125842 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4766  HTH-type transcriptional regulator IdnR  34.55 
 
 
332 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0280559  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  39.94 
 
 
346 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4885  HTH-type transcriptional regulator IdnR  34.55 
 
 
332 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4866  HTH-type transcriptional regulator IdnR  34.55 
 
 
332 aa  189  9e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0303981  normal  0.118687 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0347  transcriptional regulator, LacI family  36 
 
 
348 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  36.89 
 
 
340 aa  188  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  38.41 
 
 
354 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  35.91 
 
 
356 aa  188  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  38.97 
 
 
338 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  37.2 
 
 
340 aa  188  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  39.65 
 
 
341 aa  187  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.89 
 
 
339 aa  187  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  36.45 
 
 
340 aa  186  5e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  38.11 
 
 
343 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0224  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 
332 aa  186  7e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  39.27 
 
 
339 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  39.36 
 
 
341 aa  186  8e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.97 
 
 
364 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0249  LacI family transcription regulator  35.86 
 
 
345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  34.51 
 
 
340 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02173  transcription regulator transcription regulator protein  39.08 
 
 
350 aa  183  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.291337  normal  0.0882857 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  35.69 
 
 
335 aa  184  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  36.14 
 
 
355 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3909  LacI family transcription regulator  38.77 
 
 
344 aa  183  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.046633  normal  0.0899887 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  38.11 
 
 
339 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 
339 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  38.41 
 
 
339 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  39.66 
 
 
345 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>