More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5008 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_5008  regulatory protein LacI  100 
 
 		 343 aa  693    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0284302 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6027  transcriptional regulator, LacI family  72.43 
 
 		 342 aa  531  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0254846  normal  0.41211 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7182  transcriptional regulator, LacI family  69.79 
 
 		 342 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798243  normal  0.0583699 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7811  transcriptional regulator, LacI family  52.2 
 
 		 342 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1685  regulatory protein, LacI  50.3 
 
 		 334 aa  333  2e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0347621  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3305  LacI family transcription regulator  45.71 
 
 		 350 aa  282  7.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5026  transcriptional regulator, LacI family  42.4 
 
 		 348 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4043  transcriptional regulator, LacI family  41.33 
 
 		 373 aa  257  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2766  LacI family transcription regulator  41.18 
 
 		 336 aa  252  6e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50220  LacI regulatory protein  42.11 
 
 		 379 aa  250  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4170  LacI family transcription regulator  38.89 
 
 		 368 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3017  transcriptional regulator, LacI family  38.99 
 
 		 350 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0238556  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  37.54 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  37.54 
 
 		 351 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2053  LacI family transcription regulator  32.19 
 
 		 345 aa  176  6e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0036  LacI family transcription regulator  34.29 
 
 		 354 aa  165  9e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3990  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 		 349 aa  159  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3711  transcriptional regulator, LacI family  32.95 
 
 		 340 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.535125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1949  transcriptional regulator, LacI family  35.35 
 
 		 351 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3413  transcriptional regulator, LacI family  31.88 
 
 		 340 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.603952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1455  regulatory protein, LacI  34.23 
 
 		 356 aa  149  9e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3911  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 		 357 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5753  regulatory protein LacI  33.04 
 
 		 335 aa  142  9e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0380737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6779  LacI family transcription regulator  31.3 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.156917 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2296  transcriptional regulator, LacI family  32.08 
 
 		 333 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.413122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3413  regulatory protein LacI  30.06 
 
 		 343 aa  137  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0549  LacI family transcription regulator  30.14 
 
 		 343 aa  136  5e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.140598  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2492  LacI family transcription regulator  31.55 
 
 		 333 aa  132  7.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.804528  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2039  regulatory protein LacI  30.43 
 
 		 345 aa  132  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  0.671678 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0551  LacI family transcription regulator  29.45 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5639  transcriptional regulator, LacI family  32.88 
 
 		 339 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6372  LacI family transcription regulator  31.65 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.787329  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1050  transcriptional regulator, LacI family  30.32 
 
 		 346 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.190777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2712  LacI family transcription regulator  29.86 
 
 		 342 aa  125  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3354  transcriptional regulator, LacI family  33.52 
 
 		 343 aa  125  9e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0982128  normal  0.108787 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3834  transcriptional regulator LacI family  31.5 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0515953  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2792  regulatory protein LacI  31.23 
 
 		 345 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.527889 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26190  LacI regulatory protein  30.29 
 
 		 340 aa  119  7e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0698  LacI family transcription regulator  30.85 
 
 		 342 aa  112  9e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3591  regulatory protein LacI  32.5 
 
 		 339 aa  108  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.75735  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3966  regulatory protein, LacI  29.6 
 
 		 336 aa  100  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2615  regulatory protein, LacI  30.37 
 
 		 336 aa  100  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.546445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2736  LacI family transcription regulator  27 
 
 		 363 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.871299  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2767  transcriptional regulator, LacI family  30.57 
 
 		 347 aa  96.3  7e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.948388  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2322  regulatory protein, LacI  26.06 
 
 		 357 aa  95.5  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6011  LacI family transcription regulator  26.36 
 
 		 354 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.459329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0917  regulatory protein LacI  26.32 
 
 		 330 aa  90.9  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2405  transcriptional regulator, LacI family  28.29 
 
 		 366 aa  90.5  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3771  transcriptional regulator, LacI family  31.51 
 
 		 341 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.613992  normal  0.844233 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2072  LacI family transcription regulator  24.93 
 
 		 354 aa  90.1  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.538239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2683  LacI family transcription regulator  24.93 
 
 		 354 aa  90.1  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0614  LacI family transcription regulator  25.29 
 
 		 353 aa  89.4  8e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  26.64 
 
 		 352 aa  89.4  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2712  LacI family transcription regulator  24.63 
 
 		 354 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.539864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3532  LacI family transcription regulator  26.04 
 
 		 339 aa  85.9  8e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.895947 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0908  LacI family transcription regulator  26.64 
 
 		 357 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0876501  normal  0.0330797 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1852  regulatory protein, LacI  30.77 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.206748 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3483  transcriptional regulator, LacI family  29.12 
 
 		 342 aa  82.4  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.617656 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19190  transcriptional regulator, LacI family  23.37 
 
 		 346 aa  79  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.329704  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5744  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  25.64 
 
 		 323 aa  73.6  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0444  LacI family transcription regulator  24.09 
 
 		 368 aa  71.6  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.104683 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  22.73 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3746  regulatory protein LacI  29.57 
 
 		 345 aa  68.6  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.503845  normal  0.0129962 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04030  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 351 aa  66.2  0.0000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0307  transcriptional regulator, LacI family  28.07 
 
 		 337 aa  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.211089  normal  0.109292 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4494  transcriptional regulator, LacI family  22.58 
 
 		 352 aa  63.9  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.393877 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3285  LacI family transcription regulator  27.05 
 
 		 377 aa  63.9  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795711 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0834  LacI family transcription regulator  26.91 
 
 		 347 aa  63.2  0.000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0157  transcriptional regulator, LacI family  22.58 
 
 		 344 aa  63.2  0.000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  26.72 
 
 		 339 aa  61.6  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.38 
 
 		 328 aa  62  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1584  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.74 
 
 		 347 aa  61.6  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.732832  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  28.33 
 
 		 316 aa  60.1  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  25.67 
 
 		 386 aa  59.7  0.00000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.75738  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4111  regulatory protein LacI  22.6 
 
 		 358 aa  59.3  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3766  LacI family transcription regulator  27.84 
 
 		 361 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  27.64 
 
 		 333 aa  58.9  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  22.19 
 
 		 325 aa  57.8  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4879  transcriptional regulator, LacI family  23.14 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.77144  normal  0.328602 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1067  transcriptional regulator, LacI family  27.78 
 
 		 349 aa  57.4  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0326258  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  28.12 
 
 		 348 aa  57.4  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  30.88 
 
 		 326 aa  57.4  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0696  transcriptional regulator, LacI family  27.59 
 
 		 357 aa  57.4  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.477401 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  28.84 
 
 		 328 aa  57  0.0000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  36.67 
 
 		 347 aa  56.6  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0544  LacI family transcription regulator  31.15 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0748  transcriptional regulator, LacI family  27.35 
 
 		 346 aa  56.2  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0802  alanine racemase  26.96 
 
 		 368 aa  56.6  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0673  regulatory protein, LacI  26.55 
 
 		 341 aa  56.2  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.371597  normal  0.192843 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5410  LacI family transcription regulator  29.04 
 
 		 340 aa  55.8  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.750952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  26.48 
 
 		 338 aa  55.5  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.36 
 
 		 348 aa  55.5  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02611  hypothetical protein  29.79 
 
 		 316 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02650  D-ribose-binding periplasmic protein  29.79 
 
 		 357 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  26.2 
 
 		 334 aa  54.7  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1700  regulatory protein LacI  23.28 
 
 		 354 aa  54.7  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107913  normal  0.016401 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.49 
 
 		 330 aa  55.1  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1780  transcriptional regulator, LacI family  34.62 
 
 		 345 aa  55.1  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.353159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.73 
 
 		 330 aa  55.1  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>