More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3305 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3305  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 350 aa  702    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6027  transcriptional regulator, LacI family  45.69 
 
 		 342 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0254846  normal  0.41211 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5026  transcriptional regulator, LacI family  49.69 
 
 		 348 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5008  regulatory protein LacI  45.71 
 
 		 343 aa  282  7.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0284302 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7182  transcriptional regulator, LacI family  45.11 
 
 		 342 aa  276  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798243  normal  0.0583699 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4043  transcriptional regulator, LacI family  44.96 
 
 		 373 aa  271  9e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7811  transcriptional regulator, LacI family  42 
 
 		 342 aa  256  5e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2766  LacI family transcription regulator  44.87 
 
 		 336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3017  transcriptional regulator, LacI family  44.41 
 
 		 350 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0238556  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4170  LacI family transcription regulator  42.55 
 
 		 368 aa  250  3e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50220  LacI regulatory protein  46.89 
 
 		 379 aa  248  8e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1685  regulatory protein, LacI  42.27 
 
 		 334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0347621  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2053  LacI family transcription regulator  37.71 
 
 		 345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  35.14 
 
 		 351 aa  176  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  34.86 
 
 		 351 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1949  transcriptional regulator, LacI family  36.6 
 
 		 351 aa  164  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0036  LacI family transcription regulator  36.36 
 
 		 354 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3911  LacI family transcription regulator  36.22 
 
 		 357 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1455  regulatory protein, LacI  37.09 
 
 		 356 aa  150  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6779  LacI family transcription regulator  34.96 
 
 		 343 aa  149  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.156917 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3990  LacI family transcription regulator  34.2 
 
 		 349 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2039  regulatory protein LacI  33.23 
 
 		 345 aa  143  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  0.671678 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5753  regulatory protein LacI  33.71 
 
 		 335 aa  142  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0380737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2712  LacI family transcription regulator  31.36 
 
 		 342 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2296  transcriptional regulator, LacI family  32.14 
 
 		 333 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.413122  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3711  transcriptional regulator, LacI family  32.67 
 
 		 340 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.535125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3413  transcriptional regulator, LacI family  32.76 
 
 		 340 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.603952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0917  regulatory protein LacI  31.12 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6372  LacI family transcription regulator  31.37 
 
 		 339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.787329  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3354  transcriptional regulator, LacI family  32.17 
 
 		 343 aa  109  6e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0982128  normal  0.108787 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5639  transcriptional regulator, LacI family  32.35 
 
 		 339 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3834  transcriptional regulator LacI family  34.47 
 
 		 346 aa  108  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0515953  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1050  transcriptional regulator, LacI family  32.51 
 
 		 346 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.190777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3413  regulatory protein LacI  30.27 
 
 		 343 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2492  LacI family transcription regulator  29.84 
 
 		 333 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.804528  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2792  regulatory protein LacI  33.24 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.527889 
 
 
-
 
NC_004310  BR0549  LacI family transcription regulator  29.1 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.140598  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0551  LacI family transcription regulator  28.98 
 
 		 340 aa  103  6e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26190  LacI regulatory protein  26.55 
 
 		 340 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0698  LacI family transcription regulator  30.97 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2322  regulatory protein, LacI  27.3 
 
 		 357 aa  99  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  26.77 
 
 		 352 aa  94  4e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3532  LacI family transcription regulator  30.5 
 
 		 339 aa  90.5  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.895947 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3285  LacI family transcription regulator  29.14 
 
 		 377 aa  88.6  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795711 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2736  LacI family transcription regulator  28.65 
 
 		 363 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.871299  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2615  regulatory protein, LacI  29.05 
 
 		 336 aa  88.6  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.546445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3771  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 		 341 aa  87  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.613992  normal  0.844233 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2072  LacI family transcription regulator  28.57 
 
 		 354 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.538239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2683  LacI family transcription regulator  28.57 
 
 		 354 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0614  LacI family transcription regulator  29.11 
 
 		 353 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6011  LacI family transcription regulator  30 
 
 		 354 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.459329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2712  LacI family transcription regulator  28.27 
 
 		 354 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.539864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2405  transcriptional regulator, LacI family  31.23 
 
 		 366 aa  81.3  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2767  transcriptional regulator, LacI family  32.71 
 
 		 347 aa  80.5  0.00000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.948388  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3591  regulatory protein LacI  30.66 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.75735  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3966  regulatory protein, LacI  27.45 
 
 		 336 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09440  regulatory protein LacI  23.23 
 
 		 364 aa  72.8  0.000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00329545  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3483  transcriptional regulator, LacI family  33.2 
 
 		 342 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.617656 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7934  putative LacI-family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 335 aa  68.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1852  regulatory protein, LacI  29.89 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.206748 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0908  LacI family transcription regulator  25.5 
 
 		 357 aa  67  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0876501  normal  0.0330797 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0444  LacI family transcription regulator  25.45 
 
 		 368 aa  64.7  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.104683 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  25.9 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0794  transcriptional regulator, LacI family  40.15 
 
 		 332 aa  62.4  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0126496 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.93 
 
 		 320 aa  62.4  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3511  transcriptional regulator, LacI family  28.88 
 
 		 341 aa  60.1  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0677107  normal  0.351268 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5744  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  28.35 
 
 		 323 aa  60.1  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29250  transcriptional regulator  37.87 
 
 		 651 aa  59.3  0.00000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3343  LacI family transcription regulator  28.85 
 
 		 349 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716413  normal  0.0750883 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0157  transcriptional regulator, LacI family  22.48 
 
 		 344 aa  58.9  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4111  regulatory protein LacI  23.42 
 
 		 358 aa  58.2  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3746  regulatory protein LacI  29.53 
 
 		 345 aa  57.8  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.503845  normal  0.0129962 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  35.63 
 
 		 327 aa  57.4  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.09 
 
 		 348 aa  57  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0060  LacI family transcription regulator  21.08 
 
 		 355 aa  56.6  0.0000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0425291  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6090  transcriptional regulator, LacI family  43.53 
 
 		 347 aa  56.2  0.0000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4733  transcriptional regulator, LacI family  27.06 
 
 		 341 aa  56.2  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.396374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.75 
 
 		 312 aa  55.8  0.0000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000162891  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.22 
 
 		 323 aa  55.8  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.22 
 
 		 323 aa  55.8  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4879  transcriptional regulator, LacI family  21.61 
 
 		 354 aa  54.7  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.77144  normal  0.328602 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5609  transcriptional regulator, LacI family  27.99 
 
 		 335 aa  55.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.918493 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  40 
 
 		 347 aa  54.7  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19190  transcriptional regulator, LacI family  24.75 
 
 		 346 aa  54.7  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.329704  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.32 
 
 		 331 aa  53.9  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.78 
 
 		 311 aa  53.9  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0061  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 341 aa  53.9  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.408611  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  25.17 
 
 		 329 aa  53.5  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  26.04 
 
 		 338 aa  53.1  0.000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2659  transcriptional regulator, LacI family  28.98 
 
 		 339 aa  53.1  0.000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.34431  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0163  transcriptional regulator, LacI family  29.41 
 
 		 330 aa  53.1  0.000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000297035  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2029  HTH-type transcriptional repressor  38.24 
 
 		 352 aa  53.1  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.169196 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2354  LacI family transcription regulator  26.76 
 
 		 344 aa  53.1  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756754  normal  0.112701 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  28.19 
 
 		 358 aa  53.1  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4583  transcriptional regulator, LacI family  28.03 
 
 		 343 aa  53.1  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0718425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.77 
 
 		 348 aa  52.8  0.000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6195  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.21 
 
 		 337 aa  52.8  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193526  normal  0.910118 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.73 
 
 		 338 aa  52.8  0.000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0544  LacI family transcription regulator  28.38 
 
 		 335 aa  52  0.00001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3351  LacI family transcription regulator  27.32 
 
 		 354 aa  52.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.428373  decreased coverage  0.0034898 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>