More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0247 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
348 aa  701    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  73.4 
 
 
316 aa  441  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0273  RbsB protein  42.14 
 
 
364 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.51 
 
 
330 aa  158  1e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.77 
 
 
320 aa  146  6e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  34.12 
 
 
311 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  34.12 
 
 
311 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  34.12 
 
 
311 aa  138  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  34.12 
 
 
311 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  33.73 
 
 
313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.73 
 
 
312 aa  130  3e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 
311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  32.75 
 
 
319 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  31.62 
 
 
315 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.6 
 
 
320 aa  125  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3346  ribose ABC transporter periplasmic binding protein  31.71 
 
 
337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.694286  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  32.32 
 
 
289 aa  120  3e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  28.62 
 
 
307 aa  116  6e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  30.71 
 
 
295 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.86 
 
 
311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  30.28 
 
 
318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.52 
 
 
318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  29.66 
 
 
326 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  28.67 
 
 
319 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  27.66 
 
 
312 aa  113  5e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2371  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  32.52 
 
 
341 aa  113  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  30.04 
 
 
308 aa  112  7.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.37 
 
 
319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2204  monosaccharide-transporting ATPase  28.47 
 
 
335 aa  110  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00482964  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3087  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.66 
 
 
343 aa  110  5e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.154884  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  26.44 
 
 
327 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4740  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.39 
 
 
327 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00130889 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.01 
 
 
321 aa  108  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3236  monosaccharide-transporting ATPase  28.52 
 
 
319 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.271334  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4597  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.71 
 
 
328 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0491755 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3492  monosaccharide-transporting ATPase  28.42 
 
 
319 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.324039 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.3 
 
 
315 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2263  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.43 
 
 
320 aa  106  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  27.24 
 
 
322 aa  106  5e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2454  monosaccharide-transporting ATPase  28.17 
 
 
319 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2475  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  27.92 
 
 
320 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1997  ABC ribose transporter, periplasmic ligand binding protein  27.78 
 
 
320 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192656  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  30.03 
 
 
339 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2019  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  27.92 
 
 
320 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.395211  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  29.15 
 
 
296 aa  105  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1853  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  27.92 
 
 
320 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1866  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  27.92 
 
 
376 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4340  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.03 
 
 
339 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  29.93 
 
 
319 aa  103  4e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  26.39 
 
 
292 aa  103  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1631  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.21 
 
 
316 aa  103  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.817449  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  27.57 
 
 
296 aa  103  6e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  27.57 
 
 
296 aa  102  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.34 
 
 
322 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.89 
 
 
318 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3767  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.91 
 
 
343 aa  102  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0706737  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1583  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.5 
 
 
316 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0401008  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.86 
 
 
316 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39428  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.5 
 
 
316 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217978  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  28.73 
 
 
295 aa  101  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  28.73 
 
 
295 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1606  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.5 
 
 
316 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.099451  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.42 
 
 
316 aa  101  2e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  27.69 
 
 
296 aa  101  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1503  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.86 
 
 
316 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137642  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2133  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.42 
 
 
320 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  29.01 
 
 
296 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4745  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.5 
 
 
316 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.193376  normal  0.645584 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  29.01 
 
 
296 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  27.17 
 
 
306 aa  100  4e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  29.01 
 
 
296 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  29.01 
 
 
296 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  26.57 
 
 
292 aa  100  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2059  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.27 
 
 
313 aa  99.8  6e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1110  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  25.22 
 
 
334 aa  99.8  7e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.963711  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  28.08 
 
 
296 aa  99  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  28.63 
 
 
296 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  28.08 
 
 
296 aa  99  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  28.08 
 
 
296 aa  99  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  28.08 
 
 
296 aa  99  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  28.08 
 
 
294 aa  99  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  28.08 
 
 
296 aa  99  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.27 
 
 
319 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.577745  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  28.08 
 
 
294 aa  99  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  28.08 
 
 
296 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.87 
 
 
324 aa  98.6  2e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  28.1 
 
 
299 aa  98.2  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2147  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.6 
 
 
313 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0159332  normal  0.228113 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  27.27 
 
 
294 aa  98.2  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  27.14 
 
 
292 aa  97.4  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0573  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.27 
 
 
321 aa  97.4  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4636  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.66 
 
 
318 aa  97.4  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.94 
 
 
281 aa  96.7  5e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0858  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  29.35 
 
 
315 aa  96.7  6e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.617839  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.06 
 
 
337 aa  96.3  7e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.56 
 
 
337 aa  95.9  8e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  26.39 
 
 
292 aa  95.9  9e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0947  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.92 
 
 
319 aa  95.9  9e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.103002  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2915  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.35 
 
 
315 aa  95.9  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.398438  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1986  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.61 
 
 
313 aa  95.1  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277686  normal  0.0546729 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>