More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0948 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
311 aa  605  9.999999999999999e-173  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  56.21 
 
 
307 aa  321  9.999999999999999e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  52.77 
 
 
295 aa  302  5.000000000000001e-81  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.43 
 
 
311 aa  301  1e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  52.03 
 
 
306 aa  301  1e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.33 
 
 
315 aa  298  5e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  53.99 
 
 
315 aa  298  9e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  56.67 
 
 
308 aa  292  5e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.37 
 
 
316 aa  288  8e-77  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  46.84 
 
 
322 aa  284  1.0000000000000001e-75  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  52.77 
 
 
292 aa  278  6e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  53.11 
 
 
292 aa  278  6e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  48.34 
 
 
296 aa  278  7e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  52.38 
 
 
292 aa  276  2e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  50.91 
 
 
292 aa  277  2e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  50.86 
 
 
312 aa  275  6e-73  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.86 
 
 
321 aa  272  6e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  49.67 
 
 
308 aa  271  1e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  49.51 
 
 
307 aa  270  2e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  49.67 
 
 
308 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  49.67 
 
 
308 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  47.52 
 
 
296 aa  269  4e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  47.19 
 
 
296 aa  269  4e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  49.34 
 
 
308 aa  269  5e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  46.53 
 
 
296 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  49.82 
 
 
294 aa  267  2e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  46.53 
 
 
296 aa  267  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  46.53 
 
 
294 aa  267  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  46.53 
 
 
296 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  46.53 
 
 
294 aa  267  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  46.53 
 
 
296 aa  267  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  46.53 
 
 
296 aa  267  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  52.59 
 
 
289 aa  266  2.9999999999999995e-70  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  47.02 
 
 
295 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  46.53 
 
 
296 aa  266  4e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  46.36 
 
 
295 aa  266  4e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  45.71 
 
 
324 aa  265  5.999999999999999e-70  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  46.53 
 
 
296 aa  264  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  46.53 
 
 
296 aa  264  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  46.53 
 
 
296 aa  264  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  46.53 
 
 
296 aa  264  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  49.63 
 
 
296 aa  263  3e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  47.39 
 
 
307 aa  263  3e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  46.53 
 
 
296 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  50 
 
 
308 aa  256  3e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0579  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  50 
 
 
308 aa  256  3e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.196661  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  50 
 
 
308 aa  256  3e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0726  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  50 
 
 
308 aa  256  3e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9854199999999997e-37 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0580  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  50 
 
 
308 aa  256  4e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  43.96 
 
 
301 aa  255  7e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  49.03 
 
 
319 aa  250  2e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  43.05 
 
 
299 aa  250  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  44.32 
 
 
308 aa  202  5e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.99 
 
 
320 aa  191  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  35.35 
 
 
316 aa  183  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  36.05 
 
 
310 aa  178  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3541  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.54 
 
 
313 aa  177  2e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.59 
 
 
317 aa  175  7e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3856  Monosaccharide-transporting ATPase  35.42 
 
 
309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0772543  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4971  Monosaccharide-transporting ATPase  35.42 
 
 
309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.155709  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.67 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.54 
 
 
309 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  38.58 
 
 
312 aa  170  4e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4184  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.42 
 
 
309 aa  169  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4893  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.42 
 
 
309 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202209  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.51 
 
 
306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2399  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  37.5 
 
 
310 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2035  Monosaccharide-transporting ATPase  34.54 
 
 
309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.34 
 
 
309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  0.048401 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1681  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.59 
 
 
306 aa  163  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.351495  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.2 
 
 
328 aa  163  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1684  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.52 
 
 
313 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0292  monosaccharide-transporting ATPase  36.72 
 
 
300 aa  160  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.1 
 
 
330 aa  159  5e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3049  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding, putative  34.77 
 
 
308 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00910782  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.63 
 
 
320 aa  159  7e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2435  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  34.42 
 
 
316 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.919395  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4340  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  33.33 
 
 
339 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 
339 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.42 
 
 
317 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.382931  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0500  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.78 
 
 
321 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00779206 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0054  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.99 
 
 
309 aa  152  5e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.94 
 
 
333 aa  151  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3783  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.78 
 
 
313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608988 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0884  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  34.78 
 
 
314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.164589 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1961  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.57 
 
 
309 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0249015 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2121  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.2 
 
 
333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.173687  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2160  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.14 
 
 
301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1985  monosaccharide-transporting ATPase  34.78 
 
 
306 aa  146  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2644  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.02 
 
 
335 aa  145  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3547  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.42 
 
 
315 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.55914  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4201  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.78 
 
 
317 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525633  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.42 
 
 
315 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.121802 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5463  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.42 
 
 
315 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0822652 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3419  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.79 
 
 
302 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.172259  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.31 
 
 
329 aa  144  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4154  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.33 
 
 
329 aa  144  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00377851  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4724  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.42 
 
 
321 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.847627  normal  0.102822 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1855  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.86 
 
 
326 aa  144  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.373009  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1062  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.9 
 
 
328 aa  143  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524884  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>