More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2029 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2029  HTH-type transcriptional repressor  100 
 
 		 352 aa  703    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.169196 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  56.93 
 
 		 340 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1347  LacI family transcription regulator  56.67 
 
 		 341 aa  365  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.67 
 
 		 348 aa  246  4.9999999999999997e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  39.69 
 
 		 357 aa  245  9e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5195  transcriptional regulator LacI family  41.42 
 
 		 358 aa  245  9e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1692  LacI family transcription regulator  39.62 
 
 		 343 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4590  LacI family transcription regulator  41.21 
 
 		 359 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0805  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.67 
 
 		 364 aa  229  8e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6093  LacI family transcription regulator  40 
 
 		 336 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1382  LacI family transcription regulator  44.01 
 
 		 360 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.641116 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1342  LacI family transcription regulator  44.19 
 
 		 358 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6244  transcriptional regulator, LacI family  37.86 
 
 		 358 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7624  LacI family transcription regulator  43.59 
 
 		 361 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.380781 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1562  LacI family transcription regulator  39.16 
 
 		 338 aa  215  7e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5762  LacI family transcription regulator  43.27 
 
 		 365 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6127  LacI family transcription regulator  43.27 
 
 		 365 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.401704 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6609  LacI family transcription regulator  41.49 
 
 		 365 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.423679 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.84 
 
 		 344 aa  211  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.283835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4504  regulatory protein, LacI  39.34 
 
 		 365 aa  208  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  38.85 
 
 		 330 aa  194  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3409  LacI family transcription regulator  38.28 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000197592 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1046  regulatory protein, LacI  33.84 
 
 		 357 aa  190  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  38.11 
 
 		 355 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  33.64 
 
 		 335 aa  186  6e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  34.2 
 
 		 349 aa  186  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  34.93 
 
 		 335 aa  185  8e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 		 335 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 348 aa  184  2.0000000000000003e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.64 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  34.19 
 
 		 364 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  33.63 
 
 		 334 aa  182  5.0000000000000004e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 336 aa  182  8.000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  35.44 
 
 		 337 aa  181  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.73 
 
 		 336 aa  181  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  34.37 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  34.04 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  33.94 
 
 		 335 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 337 aa  180  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.02 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1266  transcriptional regulator, LacI family  36.33 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210708  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.73 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1790  transcription regulator protein  37.73 
 
 		 360 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.678671  normal  0.041815 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  33.23 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2434  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.71 
 
 		 382 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  36.21 
 
 		 339 aa  176  7e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0249  LacI family transcription regulator  34.94 
 
 		 345 aa  176  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.73 
 
 		 335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  35.4 
 
 		 353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2153  alanine racemase  35.78 
 
 		 337 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.419726  normal  0.0819902 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  34.19 
 
 		 335 aa  173  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0347  transcriptional regulator, LacI family  34.73 
 
 		 348 aa  173  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  34.14 
 
 		 333 aa  172  6.999999999999999e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 335 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.45 
 
 		 339 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  31.82 
 
 		 340 aa  171  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  29.82 
 
 		 342 aa  172  1e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.63 
 
 		 335 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.67 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  32.08 
 
 		 340 aa  170  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  31.51 
 
 		 355 aa  169  5e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6427  transcriptional regulator, LacI family  33.77 
 
 		 337 aa  169  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370685 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.42 
 
 		 342 aa  169  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 332 aa  169  9e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4839  putative LacI family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 358 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0301104 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  31.8 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.44 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  30.77 
 
 		 336 aa  168  2e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.62 
 
 		 347 aa  167  2.9999999999999998e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  34.9 
 
 		 337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1317  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 359 aa  166  5e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.914568 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  37.46 
 
 		 343 aa  166  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 336 aa  166  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 		 353 aa  166  6.9999999999999995e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  34.85 
 
 		 339 aa  165  9e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  33.44 
 
 		 351 aa  165  9e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  31.94 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  31.94 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.94 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.94 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.23 
 
 		 356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.94 
 
 		 341 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.94 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.42 
 
 		 342 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  31.1 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  31.94 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.94 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.42 
 
 		 342 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.94 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2828  LacI family transcription regulator  35.58 
 
 		 434 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.66 
 
 		 330 aa  164  3e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0968  LacI family transcription regulator  31.34 
 
 		 357 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.026334  normal  0.828614 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4508  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 		 356 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.22 
 
 		 341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1245  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  29.49 
 
 		 337 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  31.79 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4288  LacI family transcription regulator  34.34 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0105352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.22 
 
 		 341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  34.63 
 
 		 338 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>