More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0485 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  100 
 
 		 339 aa  687    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  91.74 
 
 		 339 aa  634    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4839  putative LacI family transcriptional regulator  47.7 
 
 		 358 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0301104 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1790  transcription regulator protein  46.34 
 
 		 360 aa  248  9e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.678671  normal  0.041815 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1266  transcriptional regulator, LacI family  44.65 
 
 		 336 aa  239  4e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210708  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1419  transcriptional regulator, LacI family  43.43 
 
 		 356 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.933801  normal  0.184887 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1460  transcriptional regulator, LacI family  43.43 
 
 		 356 aa  238  2e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0141269 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1469  LacI family transcription regulator  43.07 
 
 		 347 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.12048 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2153  alanine racemase  42.34 
 
 		 337 aa  230  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.419726  normal  0.0819902 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1413  LacI family transcriptional regulator  42.77 
 
 		 341 aa  229  3e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.492871  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3070  LacI family transcription regulator  42.77 
 
 		 338 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0502  LacI family transcription regulator  42.77 
 
 		 338 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1420  LacI family transcriptional regulator  42.77 
 
 		 338 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1216  LacI family transcription regulator  42.77 
 
 		 338 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129549  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0651  LacI family transcription regulator  42.77 
 
 		 338 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2647  transcriptional regulator, LacI family  44.01 
 
 		 356 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.258766 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1500  LacI family transcription regulator  43.51 
 
 		 357 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4344  LacI family transcription regulator  41.64 
 
 		 341 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0754  LacI family transcription regulator  41.64 
 
 		 341 aa  226  6e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1235  LacI family transcription regulator  41.64 
 
 		 341 aa  226  6e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1209  LacI family transcription regulator  41.64 
 
 		 341 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2828  LacI family transcription regulator  41.79 
 
 		 434 aa  224  1e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2073  LacI family transcription regulator  41.64 
 
 		 341 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1117  LacI family transcription regulator  41.52 
 
 		 341 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.972514 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1118  LacI family transcription regulator  41.21 
 
 		 341 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  42.17 
 
 		 330 aa  219  7e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.41 
 
 		 336 aa  193  4e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3125  LacI family transcription regulator  38.56 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.369308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  33.87 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  33.55 
 
 		 342 aa  180  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  33.33 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  34.08 
 
 		 336 aa  180  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 337 aa  180  4e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  32.09 
 
 		 355 aa  178  1e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1774  transcriptional regulator, LacI family  37.04 
 
 		 326 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.472871  normal  0.0293451 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 335 aa  176  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  36.33 
 
 		 330 aa  176  7e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  36.33 
 
 		 330 aa  176  7e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  36.33 
 
 		 330 aa  175  8e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  36.01 
 
 		 330 aa  174  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  35.28 
 
 		 323 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5195  transcriptional regulator LacI family  34.64 
 
 		 358 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  34.95 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  34.95 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  36.13 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1692  LacI family transcription regulator  34.95 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  36.33 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  34.95 
 
 		 323 aa  172  5e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  34.95 
 
 		 323 aa  172  5e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.09 
 
 		 339 aa  172  5e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  35.56 
 
 		 353 aa  173  5e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  34.94 
 
 		 330 aa  172  5.999999999999999e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  35.76 
 
 		 332 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  36.01 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  34.63 
 
 		 323 aa  171  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  32.53 
 
 		 340 aa  172  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  36.01 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  33.98 
 
 		 357 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  34.63 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  34.3 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0519  LacI family transcription regulator  35.48 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.08 
 
 		 335 aa  170  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  35.44 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  35.46 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  35.46 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  33 
 
 		 333 aa  169  5e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  33 
 
 		 333 aa  169  5e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  33 
 
 		 333 aa  169  5e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  33 
 
 		 333 aa  169  5e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.24 
 
 		 333 aa  169  5e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  35.44 
 
 		 332 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.87 
 
 		 333 aa  169  6e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  34.3 
 
 		 323 aa  169  6e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  30.77 
 
 		 331 aa  169  9e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.29 
 
 		 333 aa  169  9e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.13 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  32.94 
 
 		 340 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  34.18 
 
 		 335 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  35.39 
 
 		 368 aa  168  1e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.44 
 
 		 335 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  32.24 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  32.67 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.97 
 
 		 348 aa  167  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.38 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  33.88 
 
 		 334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2029  HTH-type transcriptional repressor  36.21 
 
 		 352 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.169196 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  33.98 
 
 		 323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  33.43 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.69 
 
 		 337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  32.8 
 
 		 336 aa  166  5e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  34.42 
 
 		 328 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  33.74 
 
 		 338 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  32.48 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  34.84 
 
 		 338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.98 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 339 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  34.19 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  33.23 
 
 		 334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  34.08 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.65 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>