More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1460 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1460  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 356 aa  706    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0141269 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1419  transcriptional regulator, LacI family  99.16 
 
 		 356 aa  700    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.933801  normal  0.184887 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1790  transcription regulator protein  82.78 
 
 		 360 aa  558  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.678671  normal  0.041815 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1469  LacI family transcription regulator  56.47 
 
 		 347 aa  364  1e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.12048 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2647  transcriptional regulator, LacI family  55.29 
 
 		 356 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.258766 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1500  LacI family transcription regulator  55.94 
 
 		 357 aa  355  1e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4344  LacI family transcription regulator  54.46 
 
 		 341 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1413  LacI family transcriptional regulator  55.06 
 
 		 341 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.492871  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3070  LacI family transcription regulator  55.06 
 
 		 338 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2828  LacI family transcription regulator  55.36 
 
 		 434 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1216  LacI family transcription regulator  55.06 
 
 		 338 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129549  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0651  LacI family transcription regulator  55.06 
 
 		 338 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1420  LacI family transcriptional regulator  55.06 
 
 		 338 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0502  LacI family transcription regulator  55.06 
 
 		 338 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1209  LacI family transcription regulator  54.17 
 
 		 341 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0754  LacI family transcription regulator  53.2 
 
 		 341 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1235  LacI family transcription regulator  53.2 
 
 		 341 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1117  LacI family transcription regulator  53.18 
 
 		 341 aa  332  6e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.972514 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1118  LacI family transcription regulator  52.89 
 
 		 341 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2073  LacI family transcription regulator  53.2 
 
 		 341 aa  328  7e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4839  putative LacI family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 358 aa  267  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0301104 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2153  alanine racemase  47.76 
 
 		 337 aa  259  7e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.419726  normal  0.0819902 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1266  transcriptional regulator, LacI family  45.24 
 
 		 336 aa  258  8e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210708  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  44.78 
 
 		 330 aa  249  4e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.65 
 
 		 339 aa  242  7e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  45.24 
 
 		 339 aa  236  4e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3125  LacI family transcription regulator  42.67 
 
 		 304 aa  202  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.369308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  35.74 
 
 		 332 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  34.64 
 
 		 332 aa  196  6e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  34.64 
 
 		 332 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  34.64 
 
 		 332 aa  195  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  34.82 
 
 		 332 aa  195  1e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  34.64 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  34.34 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  34.34 
 
 		 332 aa  193  3e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  34.34 
 
 		 332 aa  193  3e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  34.34 
 
 		 332 aa  193  3e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  34.34 
 
 		 332 aa  193  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  38.46 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  34.64 
 
 		 386 aa  186  6e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  39.6 
 
 		 335 aa  186  6e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.38 
 
 		 335 aa  185  9e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.43 
 
 		 335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  33.83 
 
 		 335 aa  183  5.0000000000000004e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 336 aa  182  6e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2238  transcriptional regulator, LacI family  36.09 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  37.39 
 
 		 359 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.74 
 
 		 335 aa  180  4e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  34.32 
 
 		 332 aa  179  7e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.85 
 
 		 342 aa  179  7e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  36.75 
 
 		 330 aa  179  9e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.96 
 
 		 330 aa  178  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1774  transcriptional regulator, LacI family  39.29 
 
 		 326 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.472871  normal  0.0293451 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  37.57 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  33.02 
 
 		 355 aa  177  3e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  35.22 
 
 		 357 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  36.83 
 
 		 330 aa  176  6e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.96 
 
 		 348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1347  LacI family transcription regulator  33.97 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  38.78 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  32.02 
 
 		 332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.44 
 
 		 335 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.61 
 
 		 341 aa  173  5e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.64 
 
 		 342 aa  173  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  32.61 
 
 		 341 aa  173  5e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.61 
 
 		 343 aa  173  5e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.61 
 
 		 341 aa  173  5e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.64 
 
 		 342 aa  173  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.61 
 
 		 341 aa  173  5e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  32.61 
 
 		 341 aa  173  5e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.61 
 
 		 343 aa  173  5e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.61 
 
 		 341 aa  173  5e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  37.83 
 
 		 338 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  33.33 
 
 		 338 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3311  LacI family transcription regulator  35.18 
 
 		 362 aa  172  6.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.472161  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  31.72 
 
 		 332 aa  172  6.999999999999999e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  36.71 
 
 		 343 aa  172  9e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.81 
 
 		 330 aa  172  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  36.56 
 
 		 323 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.21 
 
 		 336 aa  172  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  34.52 
 
 		 333 aa  171  2e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  34.97 
 
 		 334 aa  171  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.4 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  33.44 
 
 		 334 aa  171  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  38.49 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.52 
 
 		 333 aa  171  2e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  34.02 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  33.94 
 
 		 366 aa  171  3e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  36.83 
 
 		 343 aa  171  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  34.72 
 
 		 331 aa  170  3e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  36.83 
 
 		 343 aa  171  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  36.83 
 
 		 343 aa  171  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.27 
 
 		 337 aa  170  4e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  39.22 
 
 		 347 aa  170  4e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.09 
 
 		 347 aa  169  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  36.51 
 
 		 343 aa  169  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  33.63 
 
 		 334 aa  169  8e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.99 
 
 		 341 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.99 
 
 		 341 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>