More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1266 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1266  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 336 aa  666    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210708  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  67.78 
 
 		 330 aa  428  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3125  LacI family transcription regulator  59.47 
 
 		 304 aa  330  2e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.369308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2647  transcriptional regulator, LacI family  44.41 
 
 		 356 aa  256  4e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.258766 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4344  LacI family transcription regulator  44.68 
 
 		 341 aa  255  9e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1117  LacI family transcription regulator  44.68 
 
 		 341 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.972514 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1500  LacI family transcription regulator  44.44 
 
 		 357 aa  252  7e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1118  LacI family transcription regulator  44.38 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1460  transcriptional regulator, LacI family  45.24 
 
 		 356 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0141269 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1419  transcriptional regulator, LacI family  45.24 
 
 		 356 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.933801  normal  0.184887 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2073  LacI family transcription regulator  45.29 
 
 		 341 aa  249  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1469  LacI family transcription regulator  43.67 
 
 		 347 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.12048 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1209  LacI family transcription regulator  44.07 
 
 		 341 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0754  LacI family transcription regulator  44.07 
 
 		 341 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1235  LacI family transcription regulator  44.07 
 
 		 341 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1790  transcription regulator protein  46.29 
 
 		 360 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.678671  normal  0.041815 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3070  LacI family transcription regulator  43.24 
 
 		 338 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1216  LacI family transcription regulator  43.24 
 
 		 338 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129549  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0651  LacI family transcription regulator  43.24 
 
 		 338 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1413  LacI family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 341 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.492871  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1420  LacI family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 338 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0502  LacI family transcription regulator  43.24 
 
 		 338 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2828  LacI family transcription regulator  43.24 
 
 		 434 aa  240  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.95 
 
 		 339 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  44.65 
 
 		 339 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4839  putative LacI family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 358 aa  215  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0301104 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2153  alanine racemase  38.32 
 
 		 337 aa  202  6e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.419726  normal  0.0819902 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  34.5 
 
 		 340 aa  183  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.22 
 
 		 341 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.22 
 
 		 341 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.22 
 
 		 341 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.22 
 
 		 341 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.22 
 
 		 341 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  35.48 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.48 
 
 		 341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  35.48 
 
 		 341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.48 
 
 		 343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  35.48 
 
 		 341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.48 
 
 		 341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.48 
 
 		 341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.48 
 
 		 341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.48 
 
 		 343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.6 
 
 		 330 aa  179  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.81 
 
 		 335 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1347  LacI family transcription regulator  34.92 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3311  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 362 aa  177  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.472161  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  35.81 
 
 		 335 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.82 
 
 		 335 aa  176  6e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.28 
 
 		 335 aa  176  7e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.01 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  32.92 
 
 		 355 aa  172  5e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1774  transcriptional regulator, LacI family  39.93 
 
 		 326 aa  172  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.472871  normal  0.0293451 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0805  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.81 
 
 		 364 aa  172  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.64 
 
 		 347 aa  170  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.6 
 
 		 342 aa  170  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2029  HTH-type transcriptional repressor  36.33 
 
 		 352 aa  168  9e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.169196 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  37.87 
 
 		 353 aa  168  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.33 
 
 		 347 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.75 
 
 		 342 aa  166  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  37.06 
 
 		 340 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.75 
 
 		 342 aa  166  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  33.64 
 
 		 341 aa  164  3e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  37.34 
 
 		 335 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.97 
 
 		 330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  36.68 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  32.69 
 
 		 333 aa  162  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.18 
 
 		 323 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.86 
 
 		 348 aa  163  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  35.06 
 
 		 323 aa  162  9e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  35.28 
 
 		 323 aa  162  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  34.34 
 
 		 335 aa  161  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  32.91 
 
 		 334 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  34.74 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  34.74 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 		 335 aa  161  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 344 aa  161  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.63 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  34.05 
 
 		 357 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  34.74 
 
 		 323 aa  160  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  34.74 
 
 		 323 aa  160  4e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  34.74 
 
 		 323 aa  160  4e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  34.74 
 
 		 323 aa  159  6e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  34.95 
 
 		 323 aa  159  7e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  30.87 
 
 		 340 aa  159  8e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  31.52 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  34.42 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  31.52 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  30.03 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  33.23 
 
 		 335 aa  158  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  31.92 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  31.21 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1273  transcriptional regulator, LacI family  36.62 
 
 		 326 aa  157  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  39.54 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  31.52 
 
 		 332 aa  156  4e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  29.73 
 
 		 332 aa  156  4e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  31.52 
 
 		 332 aa  156  4e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4596  transcriptional regulator, LacI family  37.29 
 
 		 340 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0502076 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  31.64 
 
 		 332 aa  156  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  35.14 
 
 		 332 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  30.94 
 
 		 336 aa  156  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>