More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4696 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  686    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  91.74 
 
 		 339 aa  621  1e-177  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4839  putative LacI family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 358 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0301104 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1790  transcription regulator protein  47.87 
 
 		 360 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.678671  normal  0.041815 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1266  transcriptional regulator, LacI family  44.95 
 
 		 336 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210708  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1419  transcriptional regulator, LacI family  44.65 
 
 		 356 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.933801  normal  0.184887 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1460  transcriptional regulator, LacI family  44.65 
 
 		 356 aa  236  6e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0141269 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2153  alanine racemase  42.94 
 
 		 337 aa  229  4e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.419726  normal  0.0819902 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1469  LacI family transcription regulator  41.37 
 
 		 347 aa  222  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.12048 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3070  LacI family transcription regulator  43.24 
 
 		 338 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2647  transcriptional regulator, LacI family  43.13 
 
 		 356 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.258766 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1216  LacI family transcription regulator  43.24 
 
 		 338 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129549  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0651  LacI family transcription regulator  43.24 
 
 		 338 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1413  LacI family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 341 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.492871  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1420  LacI family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 338 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0502  LacI family transcription regulator  43.24 
 
 		 338 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1500  LacI family transcription regulator  43.13 
 
 		 357 aa  220  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4344  LacI family transcription regulator  41.59 
 
 		 341 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2828  LacI family transcription regulator  42.94 
 
 		 434 aa  218  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1209  LacI family transcription regulator  41.59 
 
 		 341 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  42.51 
 
 		 330 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0754  LacI family transcription regulator  41.59 
 
 		 341 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1235  LacI family transcription regulator  41.59 
 
 		 341 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2073  LacI family transcription regulator  41.89 
 
 		 341 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1117  LacI family transcription regulator  41.3 
 
 		 341 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.972514 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1118  LacI family transcription regulator  41 
 
 		 341 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  34.71 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  32.64 
 
 		 355 aa  183  3e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3125  LacI family transcription regulator  38.24 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.369308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5195  transcriptional regulator LacI family  35.15 
 
 		 358 aa  179  7e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  34.78 
 
 		 357 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.41 
 
 		 336 aa  176  7e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  32.8 
 
 		 334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.84 
 
 		 332 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  33.23 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  32.16 
 
 		 335 aa  169  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  34.94 
 
 		 330 aa  169  5e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1692  LacI family transcription regulator  34.19 
 
 		 343 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  34.81 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  34.49 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  34.49 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.91 
 
 		 342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  32.05 
 
 		 340 aa  166  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0519  LacI family transcription regulator  35.58 
 
 		 334 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  34.49 
 
 		 323 aa  166  5e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  34.49 
 
 		 323 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  34.81 
 
 		 323 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  34.49 
 
 		 323 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  35.31 
 
 		 353 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1774  transcriptional regulator, LacI family  35.8 
 
 		 326 aa  165  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.472871  normal  0.0293451 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.23 
 
 		 333 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  33.97 
 
 		 330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  33.97 
 
 		 330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  33.97 
 
 		 330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.02 
 
 		 335 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  33.33 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  33.65 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  29.88 
 
 		 331 aa  164  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.8 
 
 		 335 aa  163  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  31.11 
 
 		 332 aa  164  3e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  33.97 
 
 		 330 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.25 
 
 		 333 aa  163  3e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.8 
 
 		 335 aa  164  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  35.16 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  35.83 
 
 		 326 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  34.08 
 
 		 323 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  34.39 
 
 		 323 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  30.79 
 
 		 332 aa  162  5.0000000000000005e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  31.33 
 
 		 340 aa  162  6e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.33 
 
 		 339 aa  162  6e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  33.02 
 
 		 332 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  34.41 
 
 		 337 aa  162  7e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2029  HTH-type transcriptional repressor  34.67 
 
 		 352 aa  162  7e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.169196 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  33.23 
 
 		 332 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  33.77 
 
 		 328 aa  162  8.000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.04 
 
 		 348 aa  161  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  34.6 
 
 		 357 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  33.65 
 
 		 330 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  33.65 
 
 		 330 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  34.19 
 
 		 340 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.39 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.55 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  33.44 
 
 		 339 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  33.76 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  33.87 
 
 		 342 aa  160  3e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  36.84 
 
 		 335 aa  160  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 333 aa  159  5e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  32.7 
 
 		 332 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  32.7 
 
 		 332 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  33.12 
 
 		 331 aa  159  7e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  34.46 
 
 		 338 aa  159  8e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  31.23 
 
 		 333 aa  159  8e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 333 aa  159  8e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  31.23 
 
 		 333 aa  159  8e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 346 aa  159  8e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  31.23 
 
 		 333 aa  159  8e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.7 
 
 		 337 aa  158  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.87 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  34.63 
 
 		 368 aa  159  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>