More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5195 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5195  transcriptional regulator LacI family  100 
 
 		 358 aa  731    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4590  LacI family transcription regulator  53.2 
 
 		 359 aa  363  3e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6244  transcriptional regulator, LacI family  49 
 
 		 358 aa  346  4e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5762  LacI family transcription regulator  49.86 
 
 		 365 aa  332  5e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6127  LacI family transcription regulator  49.86 
 
 		 365 aa  332  5e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.401704 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6609  LacI family transcription regulator  49.58 
 
 		 365 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.423679 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7624  LacI family transcription regulator  49.57 
 
 		 361 aa  329  4e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.380781 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1342  LacI family transcription regulator  50 
 
 		 358 aa  326  3e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1382  LacI family transcription regulator  50.3 
 
 		 360 aa  315  9e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.641116 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0805  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.41 
 
 		 364 aa  246  6e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40 
 
 		 348 aa  239  6.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  40.06 
 
 		 357 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2029  HTH-type transcriptional repressor  41.42 
 
 		 352 aa  237  3e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.169196 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  38.37 
 
 		 340 aa  228  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1347  LacI family transcription regulator  36.9 
 
 		 341 aa  216  4e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1692  LacI family transcription regulator  36.04 
 
 		 343 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6093  LacI family transcription regulator  36.12 
 
 		 336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3409  LacI family transcription regulator  40.12 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000197592 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6427  transcriptional regulator, LacI family  35.33 
 
 		 337 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370685 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1562  LacI family transcription regulator  34.42 
 
 		 338 aa  184  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.15 
 
 		 339 aa  179  7e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  35.08 
 
 		 339 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0347  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 348 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0249  LacI family transcription regulator  34.89 
 
 		 345 aa  170  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1046  regulatory protein, LacI  32.35 
 
 		 357 aa  169  7e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1790  transcription regulator protein  35.8 
 
 		 360 aa  167  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.678671  normal  0.041815 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1460  transcriptional regulator, LacI family  36.71 
 
 		 356 aa  165  9e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0141269 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  32.2 
 
 		 355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  32.93 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1419  transcriptional regulator, LacI family  36.39 
 
 		 356 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.933801  normal  0.184887 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 348 aa  162  6e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0968  LacI family transcription regulator  32.95 
 
 		 357 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.026334  normal  0.828614 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.72 
 
 		 344 aa  162  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.283835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  30.03 
 
 		 347 aa  160  4e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21780  Transcriptional regulator, LacI family  35.22 
 
 		 323 aa  160  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 330 aa  159  7e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0329  LacI family transcription regulator  30.65 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16025  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4504  regulatory protein, LacI  32.86 
 
 		 365 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  32.19 
 
 		 364 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6720  transcriptional regulator, LacI family  33.52 
 
 		 374 aa  157  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.396206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 340 aa  157  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  35.01 
 
 		 335 aa  155  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  30.82 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  29.61 
 
 		 336 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  29.48 
 
 		 332 aa  153  5e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  34.99 
 
 		 340 aa  152  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03609  transcriptional regulator LacI family  34.94 
 
 		 350 aa  151  1e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.34339  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  31.12 
 
 		 335 aa  151  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.16 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.46 
 
 		 339 aa  151  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.48 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0819  transcriptional regulator, LacI family  34.49 
 
 		 348 aa  150  4e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.65 
 
 		 337 aa  149  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1266  transcriptional regulator, LacI family  34.08 
 
 		 336 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210708  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  33.63 
 
 		 346 aa  149  8e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  32.84 
 
 		 337 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.34 
 
 		 342 aa  149  9e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.44 
 
 		 341 aa  149  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.44 
 
 		 341 aa  149  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.44 
 
 		 341 aa  149  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.44 
 
 		 341 aa  149  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.44 
 
 		 341 aa  149  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.34 
 
 		 342 aa  149  9e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.17 
 
 		 347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  31.29 
 
 		 346 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4585  LacI family transcription regulator  34.11 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4839  putative LacI family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 358 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0301104 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  28.57 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.64 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.72 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  29.74 
 
 		 341 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  31.29 
 
 		 346 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  28.57 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  34.12 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  31.04 
 
 		 335 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.99 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  28.57 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  32.54 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.23 
 
 		 341 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  31.23 
 
 		 341 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  31.12 
 
 		 333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  31.23 
 
 		 341 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 341 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 343 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  28.27 
 
 		 332 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 343 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  33.01 
 
 		 332 aa  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 341 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3914  transcriptional regulator, LacI family  31.03 
 
 		 351 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2828  LacI family transcription regulator  33.97 
 
 		 434 aa  146  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3418  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 		 347 aa  146  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.612979  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3070  LacI family transcription regulator  33.86 
 
 		 338 aa  146  6e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  30.97 
 
 		 335 aa  146  6e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1216  LacI family transcription regulator  33.86 
 
 		 338 aa  146  6e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129549  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0651  LacI family transcription regulator  33.86 
 
 		 338 aa  146  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1413  LacI family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 341 aa  146  6e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.492871  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1420  LacI family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 338 aa  146  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>