More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1342 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1382  LacI family transcription regulator  99.14 
 
 		 360 aa  636    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.641116 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1342  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 358 aa  718    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5762  LacI family transcription regulator  92.33 
 
 		 365 aa  620  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6609  LacI family transcription regulator  92.05 
 
 		 365 aa  620  1e-177  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.423679 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6127  LacI family transcription regulator  92.33 
 
 		 365 aa  620  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.401704 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7624  LacI family transcription regulator  92.82 
 
 		 361 aa  617  1e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.380781 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4590  LacI family transcription regulator  71.39 
 
 		 359 aa  479  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6244  transcriptional regulator, LacI family  65.19 
 
 		 358 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5195  transcriptional regulator LacI family  50 
 
 		 358 aa  342  5.999999999999999e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6093  LacI family transcription regulator  44.01 
 
 		 336 aa  258  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  40.79 
 
 		 340 aa  237  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1347  LacI family transcription regulator  39.58 
 
 		 341 aa  227  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  38.68 
 
 		 357 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0805  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.43 
 
 		 364 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2029  HTH-type transcriptional repressor  44.19 
 
 		 352 aa  219  5e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.169196 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1692  LacI family transcription regulator  37.76 
 
 		 343 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.01 
 
 		 348 aa  212  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3409  LacI family transcription regulator  37.64 
 
 		 362 aa  192  7e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000197592 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1562  LacI family transcription regulator  34.88 
 
 		 338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6427  transcriptional regulator, LacI family  34.64 
 
 		 337 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370685 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1046  regulatory protein, LacI  33.52 
 
 		 357 aa  177  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.13 
 
 		 344 aa  170  3e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.283835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  31.74 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  33.66 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  35.06 
 
 		 332 aa  163  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0347  transcriptional regulator, LacI family  32.4 
 
 		 348 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  35.39 
 
 		 330 aa  162  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  35.26 
 
 		 347 aa  159  5e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.83 
 
 		 335 aa  157  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4504  regulatory protein, LacI  34.01 
 
 		 365 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21780  Transcriptional regulator, LacI family  32.44 
 
 		 323 aa  155  9e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  32.65 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3418  LacI family transcription regulator  34.73 
 
 		 347 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.612979  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  35.6 
 
 		 355 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  35.14 
 
 		 340 aa  154  2.9999999999999998e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  32.65 
 
 		 346 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30 
 
 		 342 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4527  LacI family transcription regulator  33.02 
 
 		 343 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.705673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0249  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 345 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  31.1 
 
 		 340 aa  150  4e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02173  transcription regulator transcription regulator protein  34.57 
 
 		 350 aa  150  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.291337  normal  0.0882857 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4193  transcriptional regulator, LacI family  32.8 
 
 		 338 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4081  transcriptional regulator, LacI family  32.8 
 
 		 338 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1790  transcription regulator protein  36.45 
 
 		 360 aa  149  9e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.678671  normal  0.041815 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2153  alanine racemase  34.08 
 
 		 337 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.419726  normal  0.0819902 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.44 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  30 
 
 		 334 aa  147  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4866  HTH-type transcriptional regulator IdnR  31.01 
 
 		 332 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0303981  normal  0.118687 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4766  HTH-type transcriptional regulator IdnR  30.5 
 
 		 332 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0280559  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  32.53 
 
 		 364 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  32.83 
 
 		 335 aa  146  5e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6417  transcriptional regulator, LacI family  29.87 
 
 		 358 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  normal  0.308696 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.65 
 
 		 335 aa  146  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4829  HTH-type transcriptional regulator IdnR  31.01 
 
 		 332 aa  146  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.284296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  30.33 
 
 		 335 aa  145  9e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1755  LacI family transcription regulator  31.99 
 
 		 360 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.998653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4736  HTH-type transcriptional regulator IdnR  30.7 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.125842 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.46 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.69 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.21 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4885  HTH-type transcriptional regulator IdnR  30.7 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  31.4 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  32.23 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  32.23 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  32.23 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1460  transcriptional regulator, LacI family  34.62 
 
 		 356 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0141269 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.86 
 
 		 339 aa  145  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03609  transcriptional regulator LacI family  36.28 
 
 		 350 aa  143  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.34339  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0627  transcriptional regulator, LacI family  29.89 
 
 		 350 aa  143  5e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.958953 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  30.93 
 
 		 337 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  32.48 
 
 		 347 aa  142  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1266  transcriptional regulator, LacI family  33.12 
 
 		 336 aa  143  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210708  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0968  LacI family transcription regulator  29.94 
 
 		 357 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.026334  normal  0.828614 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  31.42 
 
 		 337 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4508  transcriptional regulator, LacI family  29.19 
 
 		 356 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4585  LacI family transcription regulator  32.78 
 
 		 335 aa  142  8e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2434  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 382 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1419  transcriptional regulator, LacI family  34.29 
 
 		 356 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.933801  normal  0.184887 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2681  LacI family transcription regulator  31.02 
 
 		 335 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.91 
 
 		 347 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  31.31 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  31.93 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4839  putative LacI family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 358 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0301104 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  30.03 
 
 		 343 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  28.78 
 
 		 333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.32 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  29.32 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.32 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.14 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  32.52 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.32 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.32 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  29.32 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.84 
 
 		 339 aa  140  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.62 
 
 		 347 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.14 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4520  transcriptional regulator IdnR  29.75 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000192749  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04130  DNA-binding transcriptional repressor, 5-gluconate-binding  29.75 
 
 		 332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.845114  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  30.63 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>