More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1014 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 344 aa  698    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.283835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1562  LacI family transcription regulator  51.23 
 
 		 338 aa  347  2e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1692  LacI family transcription regulator  36.75 
 
 		 343 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  37.5 
 
 		 340 aa  212  7e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1347  LacI family transcription regulator  35.9 
 
 		 341 aa  211  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  37.08 
 
 		 357 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0805  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.69 
 
 		 364 aa  209  5e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.16 
 
 		 348 aa  208  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2029  HTH-type transcriptional repressor  37.84 
 
 		 352 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.169196 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6093  LacI family transcription regulator  35.78 
 
 		 336 aa  195  8.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21780  Transcriptional regulator, LacI family  35.17 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4504  regulatory protein, LacI  34.73 
 
 		 365 aa  188  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4590  LacI family transcription regulator  36.59 
 
 		 359 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3409  LacI family transcription regulator  38.23 
 
 		 362 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000197592 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6244  transcriptional regulator, LacI family  35.35 
 
 		 358 aa  180  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0347  transcriptional regulator, LacI family  34.19 
 
 		 348 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0249  LacI family transcription regulator  33.88 
 
 		 345 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  32.43 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  32.12 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1317  transcriptional regulator, LacI family  34.71 
 
 		 359 aa  170  3e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.914568 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  30.46 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6427  transcriptional regulator, LacI family  33.94 
 
 		 337 aa  169  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370685 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2434  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.5 
 
 		 382 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1046  regulatory protein, LacI  31.85 
 
 		 357 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  32.52 
 
 		 354 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2346  LacI family transcription regulator  31.91 
 
 		 341 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59514 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  32.77 
 
 		 340 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  31.44 
 
 		 340 aa  166  8e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  30.67 
 
 		 336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3976  LacI family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 351 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.637637 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4082  LacI family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 351 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4021  LacI family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 351 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3914  transcriptional regulator, LacI family  32.44 
 
 		 351 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3418  LacI family transcription regulator  35 
 
 		 347 aa  164  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.612979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  34.56 
 
 		 346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5762  LacI family transcription regulator  34.74 
 
 		 365 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6127  LacI family transcription regulator  34.74 
 
 		 365 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.401704 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7624  LacI family transcription regulator  34.81 
 
 		 361 aa  162  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.380781 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  33.22 
 
 		 355 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5195  transcriptional regulator LacI family  30.72 
 
 		 358 aa  162  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1382  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 360 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.641116 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  30.09 
 
 		 344 aa  159  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1342  LacI family transcription regulator  33.03 
 
 		 358 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  32.14 
 
 		 332 aa  159  9e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6609  LacI family transcription regulator  34.14 
 
 		 365 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.423679 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2647  transcriptional regulator, LacI family  33.76 
 
 		 356 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.258766 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  32.67 
 
 		 347 aa  156  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  34.04 
 
 		 338 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  29.43 
 
 		 331 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  34.41 
 
 		 353 aa  155  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2646  transcriptional regulator, LacI family  32.83 
 
 		 350 aa  155  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  32.22 
 
 		 339 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4585  LacI family transcription regulator  31.86 
 
 		 335 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1500  LacI family transcription regulator  33.76 
 
 		 357 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  30.84 
 
 		 345 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  30.84 
 
 		 345 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.91 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.72 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  30.91 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  31.14 
 
 		 345 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  31.79 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3909  LacI family transcription regulator  32.21 
 
 		 344 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.046633  normal  0.0899887 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  31.48 
 
 		 332 aa  154  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.97 
 
 		 335 aa  153  4e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 348 aa  153  5e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4527  LacI family transcription regulator  31.48 
 
 		 343 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.705673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  37.63 
 
 		 330 aa  152  7e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  34.34 
 
 		 337 aa  152  8e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.5 
 
 		 339 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2717  LacI family transcription regulator  35.91 
 
 		 330 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  31.76 
 
 		 333 aa  151  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  32.48 
 
 		 335 aa  152  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  34.1 
 
 		 359 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  31.25 
 
 		 337 aa  151  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  32.72 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4069  LacI family transcription regulator  36.45 
 
 		 367 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.75 
 
 		 335 aa  151  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  32.72 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3452  LacI family transcription regulator  36.45 
 
 		 369 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  29.84 
 
 		 336 aa  151  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4081  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 		 338 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4193  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 		 338 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5165  LacI family transcription regulator  35.1 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  30.79 
 
 		 338 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1469  LacI family transcription regulator  32.8 
 
 		 347 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.12048 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.03 
 
 		 348 aa  149  5e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  33.77 
 
 		 339 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0329  LacI family transcription regulator  31.33 
 
 		 347 aa  149  6e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16025  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  31.04 
 
 		 335 aa  149  6e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  32.44 
 
 		 351 aa  149  6e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3025  transcriptional regulator, LacI family  34.4 
 
 		 347 aa  149  8e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 		 342 aa  149  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  32.14 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3695  LacI family transcription regulator  31.53 
 
 		 375 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0880  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 338 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3401  LacI family transcription regulator  35.01 
 
 		 367 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5235  LacI family transcription regulator  34.72 
 
 		 330 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  28.01 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.72 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>