More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6427 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6427  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 337 aa  686    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370685 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1692  LacI family transcription regulator  38.37 
 
 		 343 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  37.24 
 
 		 357 aa  203  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4590  LacI family transcription regulator  36.97 
 
 		 359 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6244  transcriptional regulator, LacI family  34.35 
 
 		 358 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 340 aa  193  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5195  transcriptional regulator LacI family  35.33 
 
 		 358 aa  190  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6093  LacI family transcription regulator  34.93 
 
 		 336 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3409  LacI family transcription regulator  37.31 
 
 		 362 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000197592 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1347  LacI family transcription regulator  31.83 
 
 		 341 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.94 
 
 		 344 aa  176  5e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.283835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.53 
 
 		 342 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0805  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.73 
 
 		 364 aa  172  6.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6609  LacI family transcription regulator  33.93 
 
 		 365 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.423679 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1342  LacI family transcription regulator  34.76 
 
 		 358 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1382  LacI family transcription regulator  34.76 
 
 		 360 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.641116 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5762  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 		 365 aa  169  9e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6127  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 		 365 aa  169  9e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.401704 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.73 
 
 		 348 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.13 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  32.5 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.13 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2029  HTH-type transcriptional repressor  33.77 
 
 		 352 aa  166  5e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.169196 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7624  LacI family transcription regulator  34.42 
 
 		 361 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.380781 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.34 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.54 
 
 		 335 aa  162  7e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4504  regulatory protein, LacI  34.23 
 
 		 365 aa  159  9e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.27 
 
 		 335 aa  158  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.44 
 
 		 335 aa  157  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1562  LacI family transcription regulator  31.92 
 
 		 338 aa  153  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  30.63 
 
 		 332 aa  152  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  32.53 
 
 		 332 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.04 
 
 		 337 aa  151  1e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1046  regulatory protein, LacI  30.38 
 
 		 357 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  30.65 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  31.42 
 
 		 343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  30.51 
 
 		 334 aa  148  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.52 
 
 		 347 aa  147  3e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.25 
 
 		 341 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.52 
 
 		 347 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.15 
 
 		 333 aa  146  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  31.1 
 
 		 340 aa  146  5e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  31.49 
 
 		 355 aa  146  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  30.38 
 
 		 340 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.85 
 
 		 356 aa  144  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  31.18 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  31.7 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  29.68 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.65 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  31.74 
 
 		 340 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.73 
 
 		 333 aa  142  6e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.82 
 
 		 341 aa  142  7e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.51 
 
 		 341 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.51 
 
 		 341 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.72 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  31.44 
 
 		 340 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  30.82 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  31.34 
 
 		 340 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.51 
 
 		 341 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0777  LacI transcriptional regulator  34.91 
 
 		 337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.185303 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.51 
 
 		 341 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  30.84 
 
 		 337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.51 
 
 		 341 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.75 
 
 		 341 aa  141  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.3 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  30.3 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.3 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  30.3 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.3 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.3 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.3 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.4 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.3 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  34.12 
 
 		 337 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  31.07 
 
 		 337 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.42 
 
 		 339 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  31.29 
 
 		 335 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.56 
 
 		 336 aa  139  6e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  31.98 
 
 		 338 aa  139  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.64 
 
 		 335 aa  138  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  30.1 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.75 
 
 		 337 aa  139  1e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  29.79 
 
 		 336 aa  138  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  32.04 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  31.31 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.23 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.63 
 
 		 341 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  31.07 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.63 
 
 		 341 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.63 
 
 		 341 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.35 
 
 		 341 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3070  LacI family transcription regulator  33.44 
 
 		 338 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1413  LacI family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 341 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.492871  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1420  LacI family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 338 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4130  transcriptional regulator, LacI family  36.2 
 
 		 344 aa  136  4e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0571066  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>