More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6244 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6244  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 358 aa  730    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4590  LacI family transcription regulator  71.55 
 
 		 359 aa  500  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5762  LacI family transcription regulator  64.04 
 
 		 365 aa  431  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6609  LacI family transcription regulator  64.31 
 
 		 365 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.423679 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6127  LacI family transcription regulator  64.04 
 
 		 365 aa  431  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.401704 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7624  LacI family transcription regulator  65.42 
 
 		 361 aa  428  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.380781 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1342  LacI family transcription regulator  65.48 
 
 		 358 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1382  LacI family transcription regulator  65.14 
 
 		 360 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.641116 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5195  transcriptional regulator LacI family  49 
 
 		 358 aa  346  4e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0805  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.21 
 
 		 364 aa  234  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  39.17 
 
 		 357 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6093  LacI family transcription regulator  40.63 
 
 		 336 aa  223  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  37.58 
 
 		 340 aa  223  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1347  LacI family transcription regulator  36.86 
 
 		 341 aa  221  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.78 
 
 		 348 aa  213  3.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2029  HTH-type transcriptional repressor  37.64 
 
 		 352 aa  208  1e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.169196 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1692  LacI family transcription regulator  36.97 
 
 		 343 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3409  LacI family transcription regulator  39.34 
 
 		 362 aa  203  5e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000197592 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6427  transcriptional regulator, LacI family  34.35 
 
 		 337 aa  193  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370685 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.35 
 
 		 344 aa  180  4e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.283835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1046  regulatory protein, LacI  33.53 
 
 		 357 aa  176  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.21 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1562  LacI family transcription regulator  31.79 
 
 		 338 aa  169  6e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  32.83 
 
 		 337 aa  169  9e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  32.83 
 
 		 337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  32.61 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  34.82 
 
 		 330 aa  164  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.25 
 
 		 342 aa  163  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  32.25 
 
 		 332 aa  162  7e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.65 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.4 
 
 		 335 aa  161  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4504  regulatory protein, LacI  31.95 
 
 		 365 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  31.74 
 
 		 340 aa  159  9e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.23 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  31.53 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  31.46 
 
 		 335 aa  157  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  31.23 
 
 		 340 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.32 
 
 		 339 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  29.09 
 
 		 343 aa  156  6e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.35 
 
 		 347 aa  155  7e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  31.23 
 
 		 340 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0347  transcriptional regulator, LacI family  30.58 
 
 		 348 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.03 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.03 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  28.23 
 
 		 336 aa  155  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  33.12 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1266  transcriptional regulator, LacI family  34.82 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210708  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.09 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  29.78 
 
 		 333 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  33.12 
 
 		 346 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.72 
 
 		 347 aa  153  5e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.91 
 
 		 331 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  34.35 
 
 		 347 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.12 
 
 		 335 aa  151  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.53 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.53 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.53 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 356 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.53 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.53 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.59 
 
 		 339 aa  151  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.53 
 
 		 335 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02173  transcription regulator transcription regulator protein  34.25 
 
 		 350 aa  150  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.291337  normal  0.0882857 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.54 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  31.83 
 
 		 335 aa  149  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.6 
 
 		 341 aa  149  7e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  29.6 
 
 		 341 aa  149  7e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.6 
 
 		 341 aa  149  7e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.6 
 
 		 343 aa  149  7e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.6 
 
 		 343 aa  149  7e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.6 
 
 		 341 aa  149  7e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.6 
 
 		 341 aa  149  7e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3418  LacI family transcription regulator  31.71 
 
 		 347 aa  149  7e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.612979  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  29.6 
 
 		 341 aa  149  7e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2681  LacI family transcription regulator  32.53 
 
 		 335 aa  149  7e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  31.02 
 
 		 355 aa  149  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21780  Transcriptional regulator, LacI family  31 
 
 		 323 aa  149  9e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0249  LacI family transcription regulator  31.65 
 
 		 345 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  31.61 
 
 		 340 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0627  transcriptional regulator, LacI family  31.52 
 
 		 350 aa  148  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.958953 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  30.26 
 
 		 339 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.13 
 
 		 330 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0417  LacI family transcription regulator  31.25 
 
 		 354 aa  146  4.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1790  transcription regulator protein  34.59 
 
 		 360 aa  146  6e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.678671  normal  0.041815 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  30.74 
 
 		 340 aa  146  6e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 342 aa  146  7.0000000000000006e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  29.74 
 
 		 334 aa  146  7.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  33.11 
 
 		 338 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  30.82 
 
 		 339 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1460  transcriptional regulator, LacI family  32.59 
 
 		 356 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0141269 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2830  transcriptional regulator, LacI family  32.51 
 
 		 344 aa  145  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  29.97 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  27.58 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  30.24 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  28.16 
 
 		 336 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  31.52 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.34 
 
 		 336 aa  144  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.71 
 
 		 339 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  27.58 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2709  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.18 
 
 		 347 aa  144  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00648208  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>