More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2709 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2709  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 347 aa  716    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00648208  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2943  LacI family transcription regulator  77.38 
 
 		 338 aa  557  1e-158  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3025  LacI family transcription regulator  77.38 
 
 		 338 aa  558  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.824077 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3122  LacI family transcription regulator  77.68 
 
 		 338 aa  560  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1071  regulatory protein, LacI  77.98 
 
 		 338 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1170  LacI family transcription regulator  77.08 
 
 		 338 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.353815 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1135  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  77.38 
 
 		 338 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3221  transcriptional regulator, LacI family  77.38 
 
 		 338 aa  556  1e-157  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3516  LacI family transcription regulator  76.79 
 
 		 338 aa  550  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1073  regulatory protein, LacI  76.19 
 
 		 338 aa  548  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0937  LacI family transcription regulator  75.6 
 
 		 337 aa  544  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.266523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1207  alanine racemase  75.3 
 
 		 339 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1304  LacI family transcription regulator  75 
 
 		 340 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.812523 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1096  LacI family transcription regulator  75.89 
 
 		 338 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1111  LacI family transcription regulator  74.18 
 
 		 339 aa  535  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0121938  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1019  LacI family transcription regulator  58.58 
 
 		 340 aa  410  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3042  LacI family transcription regulator  54.81 
 
 		 342 aa  375  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000688276 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04322  transcriptional regulator LacI family  48.08 
 
 		 355 aa  322  7e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3423  transcriptional regulator, LacI family  47.79 
 
 		 366 aa  321  9.999999999999999e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0558625 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0717  LacI family transcription regulator  46.22 
 
 		 358 aa  299  5e-80  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0806  LacI family transcription regulator  46.22 
 
 		 358 aa  296  4e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02195  transcription regulator transcription regulator protein  41.42 
 
 		 355 aa  277  2e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.479594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4918  transcriptional regulator, LacI family  41.12 
 
 		 346 aa  276  3e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3841  transcriptional regulator, LacI family  41.12 
 
 		 346 aa  276  3e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.455211 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1755  LacI family transcription regulator  39.94 
 
 		 360 aa  271  2e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.998653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1662  LacI family transcription regulator  39.48 
 
 		 337 aa  255  9e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0229  LacI family transcription regulator  39.17 
 
 		 358 aa  253  3e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.720422  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2371  LacI family transcription regulator  38.69 
 
 		 337 aa  246  4e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0453022  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0197  LacI family transcription regulator  39.94 
 
 		 340 aa  245  9e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03674  transcriptional regulator LacI family  38.99 
 
 		 342 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2445  LacI family transcription regulator  35.82 
 
 		 337 aa  244  1.9999999999999999e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3513  LacI family transcription regulator  40.76 
 
 		 338 aa  243  5e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.98216  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1442  LacI family transcription regulator  38.64 
 
 		 341 aa  242  7e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0276  LacI family transcription regulator  37.61 
 
 		 347 aa  239  2.9999999999999997e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0274  alanine racemase  39.35 
 
 		 340 aa  238  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0031  transcriptional regulator, LacI family  38.76 
 
 		 351 aa  233  3e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.532737  hitchhiker  0.0000002992 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2376  LacI family transcription regulator  37.72 
 
 		 339 aa  229  4e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0719999  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0755  LacI family transcription regulator  35.1 
 
 		 357 aa  222  9e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3033  LacI family transcription regulator  37.01 
 
 		 351 aa  213  4.9999999999999996e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1728  LacI family transcription regulator  38.87 
 
 		 348 aa  211  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.531296  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2718  LacI family transcription regulator  35 
 
 		 347 aa  201  1.9999999999999998e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0935795  normal  0.0852564 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3995  LacI family transcription regulator  35.22 
 
 		 352 aa  201  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3555  LacI family transcription regulator  37.34 
 
 		 352 aa  199  5e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0245  LacI family transcription regulator  35.28 
 
 		 339 aa  199  5e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.05929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0920  LacI family transcription regulator  34.57 
 
 		 351 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.830745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1609  LacI family transcription regulator  34.49 
 
 		 356 aa  193  3e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3623  LacI family transcription regulator  34.44 
 
 		 350 aa  181  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.039372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.32 
 
 		 336 aa  179  7e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.63 
 
 		 330 aa  179  7e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2062  LacI family transcription regulator  35.14 
 
 		 348 aa  178  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0513684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.4 
 
 		 335 aa  177  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  33.02 
 
 		 336 aa  176  5e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  31.94 
 
 		 338 aa  176  7e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  31.25 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2141  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0418584  normal  0.0217452 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  31.25 
 
 		 336 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  30.65 
 
 		 334 aa  172  9e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 		 335 aa  170  4e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  32.73 
 
 		 333 aa  170  4e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  32.35 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2074  LacI family transcription regulator  33.22 
 
 		 337 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.243502  normal  0.538933 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.04 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  31.34 
 
 		 332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  31.34 
 
 		 332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03849  sal operon transcriptional repressor  33.33 
 
 		 336 aa  167  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  31.56 
 
 		 337 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  31.04 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  31.04 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  31.04 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  29.34 
 
 		 331 aa  165  8e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  30.75 
 
 		 332 aa  165  9e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  32.65 
 
 		 338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  31.04 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.86 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  31.04 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2401  LacI family transcription regulator  34.05 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  30.68 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  30.45 
 
 		 332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  32.23 
 
 		 333 aa  162  5.0000000000000005e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.09 
 
 		 333 aa  162  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  31.25 
 
 		 339 aa  162  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 336 aa  162  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.61 
 
 		 341 aa  161  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  29.29 
 
 		 353 aa  161  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 		 361 aa  161  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  30.65 
 
 		 334 aa  162  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  29.82 
 
 		 328 aa  160  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.05 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 		 340 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  31.27 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.68 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 		 368 aa  160  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  31.85 
 
 		 339 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  31.07 
 
 		 340 aa  160  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  32.13 
 
 		 332 aa  160  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.86 
 
 		 341 aa  160  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  32.63 
 
 		 340 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0240  LacI family transcription regulator  34.12 
 
 		 328 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>