More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3042 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3042  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 342 aa  703    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000688276 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1019  LacI family transcription regulator  54.41 
 
 		 340 aa  392  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1096  LacI family transcription regulator  57.1 
 
 		 338 aa  381  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3516  LacI family transcription regulator  56.18 
 
 		 338 aa  375  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2709  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.81 
 
 		 347 aa  375  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00648208  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3221  transcriptional regulator, LacI family  55.92 
 
 		 338 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1135  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.21 
 
 		 338 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1304  LacI family transcription regulator  55.1 
 
 		 340 aa  372  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.812523 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1170  LacI family transcription regulator  55.92 
 
 		 338 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.353815 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2943  LacI family transcription regulator  55.03 
 
 		 338 aa  373  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3025  LacI family transcription regulator  55.03 
 
 		 338 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.824077 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3122  LacI family transcription regulator  55.03 
 
 		 338 aa  373  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1207  alanine racemase  54.44 
 
 		 339 aa  368  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0937  LacI family transcription regulator  55.03 
 
 		 337 aa  369  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.266523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1071  regulatory protein, LacI  55.33 
 
 		 338 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1111  LacI family transcription regulator  53.82 
 
 		 339 aa  370  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0121938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1073  regulatory protein, LacI  54.57 
 
 		 338 aa  366  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04322  transcriptional regulator LacI family  50.73 
 
 		 355 aa  337  9.999999999999999e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3423  transcriptional regulator, LacI family  48.84 
 
 		 366 aa  320  3e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0558625 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0717  LacI family transcription regulator  48.27 
 
 		 358 aa  318  1e-85  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0806  LacI family transcription regulator  47.11 
 
 		 358 aa  307  1.0000000000000001e-82  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02195  transcription regulator transcription regulator protein  40.29 
 
 		 355 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.479594  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2376  LacI family transcription regulator  40.95 
 
 		 339 aa  249  4e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0719999  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3841  transcriptional regulator, LacI family  39.29 
 
 		 346 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.455211 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4918  transcriptional regulator, LacI family  39.29 
 
 		 346 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0229  LacI family transcription regulator  40.41 
 
 		 358 aa  241  1e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.720422  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2371  LacI family transcription regulator  39.23 
 
 		 337 aa  237  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0453022  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3513  LacI family transcription regulator  41.18 
 
 		 338 aa  234  1.0000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.98216  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0276  LacI family transcription regulator  39.64 
 
 		 347 aa  234  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1755  LacI family transcription regulator  38.95 
 
 		 360 aa  232  8.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.998653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1442  LacI family transcription regulator  41.14 
 
 		 341 aa  230  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1662  LacI family transcription regulator  38.12 
 
 		 337 aa  230  3e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0755  LacI family transcription regulator  38.92 
 
 		 357 aa  228  9e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0274  alanine racemase  39.47 
 
 		 340 aa  227  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0197  LacI family transcription regulator  39.59 
 
 		 340 aa  224  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3033  LacI family transcription regulator  37.83 
 
 		 351 aa  222  8e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03674  transcriptional regulator LacI family  36.31 
 
 		 342 aa  211  2e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2445  LacI family transcription regulator  37.22 
 
 		 337 aa  211  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0031  transcriptional regulator, LacI family  36.01 
 
 		 351 aa  204  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.532737  hitchhiker  0.0000002992 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3995  LacI family transcription regulator  37.35 
 
 		 352 aa  202  6e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1728  LacI family transcription regulator  40.2 
 
 		 348 aa  201  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.531296  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2718  LacI family transcription regulator  38.37 
 
 		 347 aa  194  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0935795  normal  0.0852564 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2062  LacI family transcription regulator  37.86 
 
 		 348 aa  192  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0513684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1609  LacI family transcription regulator  35.21 
 
 		 356 aa  189  5e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0245  LacI family transcription regulator  35.58 
 
 		 339 aa  189  5.999999999999999e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.05929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3555  LacI family transcription regulator  35.24 
 
 		 352 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03849  sal operon transcriptional repressor  34.93 
 
 		 336 aa  186  4e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2141  LacI family transcription regulator  35.18 
 
 		 340 aa  185  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0418584  normal  0.0217452 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3623  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.039372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0920  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 351 aa  183  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.830745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.6 
 
 		 336 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  35.47 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  35.86 
 
 		 337 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  34.9 
 
 		 335 aa  177  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  33.53 
 
 		 340 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  34.11 
 
 		 340 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  33.24 
 
 		 340 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  31.04 
 
 		 334 aa  175  9e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  34.59 
 
 		 336 aa  173  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.53 
 
 		 342 aa  172  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.53 
 
 		 342 aa  172  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2401  LacI family transcription regulator  35.82 
 
 		 318 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.2 
 
 		 335 aa  171  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  32.56 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  35.86 
 
 		 337 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  33.83 
 
 		 332 aa  170  3e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2074  LacI family transcription regulator  34.9 
 
 		 337 aa  169  8e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.243502  normal  0.538933 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.12 
 
 		 330 aa  169  9e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.78 
 
 		 337 aa  169  9e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  30.45 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  35 
 
 		 339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  30.77 
 
 		 333 aa  167  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 342 aa  166  5.9999999999999996e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0343  transcriptional regulator, LacI family  33.55 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.31 
 
 		 332 aa  164  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  34.51 
 
 		 386 aa  162  5.0000000000000005e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  34.5 
 
 		 332 aa  163  5.0000000000000005e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  33.04 
 
 		 332 aa  162  6e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  32.75 
 
 		 332 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  33.04 
 
 		 332 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  32.75 
 
 		 332 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.9 
 
 		 337 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  35.69 
 
 		 342 aa  162  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.97 
 
 		 337 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 340 aa  161  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  31.07 
 
 		 333 aa  162  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3688  LacI family transcription regulator  35.78 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  32.75 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  35.37 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  32.75 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  32.75 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.34 
 
 		 342 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  32.75 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.46 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  34.02 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.75 
 
 		 332 aa  160  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  31.25 
 
 		 331 aa  160  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  32.75 
 
 		 332 aa  160  4e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  32.45 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  30.86 
 
 		 336 aa  160  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>