More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3025 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3516  LacI family transcription regulator  94.97 
 
 		 338 aa  659    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1170  LacI family transcription regulator  91.72 
 
 		 338 aa  637    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.353815 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2943  LacI family transcription regulator  99.11 
 
 		 338 aa  691    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3025  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 338 aa  696    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.824077 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1135  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  91.72 
 
 		 338 aa  638    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3122  LacI family transcription regulator  99.41 
 
 		 338 aa  693    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3221  transcriptional regulator, LacI family  91.72 
 
 		 338 aa  637    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1073  regulatory protein, LacI  91.99 
 
 		 338 aa  642    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1071  regulatory protein, LacI  90.18 
 
 		 338 aa  620  1e-176  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1304  LacI family transcription regulator  81.85 
 
 		 340 aa  567  1e-160  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.812523 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1207  alanine racemase  79.46 
 
 		 339 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2709  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  77.38 
 
 		 347 aa  558  1e-158  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00648208  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0937  LacI family transcription regulator  79.76 
 
 		 337 aa  560  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.266523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1096  LacI family transcription regulator  78.34 
 
 		 338 aa  559  1e-158  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1111  LacI family transcription regulator  77.51 
 
 		 339 aa  543  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0121938  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1019  LacI family transcription regulator  58.58 
 
 		 340 aa  413  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3042  LacI family transcription regulator  55.03 
 
 		 342 aa  372  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000688276 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3423  transcriptional regulator, LacI family  48.97 
 
 		 366 aa  323  2e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0558625 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04322  transcriptional regulator LacI family  48.08 
 
 		 355 aa  315  6e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0717  LacI family transcription regulator  45.75 
 
 		 358 aa  290  2e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02195  transcription regulator transcription regulator protein  42.18 
 
 		 355 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.479594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1755  LacI family transcription regulator  43.03 
 
 		 360 aa  285  7e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.998653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0806  LacI family transcription regulator  45.16 
 
 		 358 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4918  transcriptional regulator, LacI family  41.59 
 
 		 346 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3841  transcriptional regulator, LacI family  41.59 
 
 		 346 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.455211 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0229  LacI family transcription regulator  40.71 
 
 		 358 aa  259  6e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.720422  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2371  LacI family transcription regulator  39.82 
 
 		 337 aa  256  3e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0453022  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2445  LacI family transcription regulator  39.16 
 
 		 337 aa  249  3e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1442  LacI family transcription regulator  39.29 
 
 		 341 aa  248  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03674  transcriptional regulator LacI family  38.02 
 
 		 342 aa  246  4e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0197  LacI family transcription regulator  38.44 
 
 		 340 aa  245  6.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0276  LacI family transcription regulator  39.82 
 
 		 347 aa  244  1.9999999999999999e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1662  LacI family transcription regulator  38.31 
 
 		 337 aa  243  5e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3513  LacI family transcription regulator  41.25 
 
 		 338 aa  241  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.98216  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0755  LacI family transcription regulator  37.54 
 
 		 357 aa  238  8e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0031  transcriptional regulator, LacI family  37.39 
 
 		 351 aa  232  7.000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.532737  hitchhiker  0.0000002992 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0274  alanine racemase  37.05 
 
 		 340 aa  231  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2376  LacI family transcription regulator  37.72 
 
 		 339 aa  223  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0719999  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2718  LacI family transcription regulator  37.13 
 
 		 347 aa  209  5e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0935795  normal  0.0852564 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1728  LacI family transcription regulator  38.74 
 
 		 348 aa  207  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.531296  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3033  LacI family transcription regulator  36.93 
 
 		 351 aa  207  1e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3995  LacI family transcription regulator  39.37 
 
 		 352 aa  207  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0245  LacI family transcription regulator  37.58 
 
 		 339 aa  206  4e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.05929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1609  LacI family transcription regulator  35.36 
 
 		 356 aa  202  5e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3555  LacI family transcription regulator  39.75 
 
 		 352 aa  202  9e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0920  LacI family transcription regulator  33.71 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.830745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3623  LacI family transcription regulator  33.72 
 
 		 350 aa  189  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.039372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2062  LacI family transcription regulator  37.7 
 
 		 348 aa  189  5.999999999999999e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0513684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  35.69 
 
 		 368 aa  182  8.000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.5 
 
 		 336 aa  182  9.000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2141  LacI family transcription regulator  33.44 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0418584  normal  0.0217452 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  31.75 
 
 		 334 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  34.43 
 
 		 336 aa  176  6e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.53 
 
 		 335 aa  176  6e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  30.86 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.84 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2074  LacI family transcription regulator  33.78 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.243502  normal  0.538933 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  31.66 
 
 		 336 aa  173  3.9999999999999995e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  33.83 
 
 		 333 aa  172  5.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 335 aa  172  7.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03849  sal operon transcriptional repressor  34.53 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  32.04 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  32.73 
 
 		 336 aa  169  5e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.04 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.04 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  34.58 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  32.52 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2401  LacI family transcription regulator  34.88 
 
 		 318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  31.34 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  32.52 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  32.94 
 
 		 333 aa  165  8e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  31.86 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0210  LacI family transcription regulator  33.71 
 
 		 353 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000188149  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  33.44 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  33.03 
 
 		 333 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  31.91 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  31.86 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  32.15 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.79 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  32.22 
 
 		 332 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  32.48 
 
 		 340 aa  163  5.0000000000000005e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  31.36 
 
 		 341 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  30.5 
 
 		 332 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3688  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 332 aa  163  5.0000000000000005e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  31.55 
 
 		 337 aa  162  6e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  30.5 
 
 		 332 aa  162  7e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 		 332 aa  162  7e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  31.19 
 
 		 361 aa  161  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.87 
 
 		 347 aa  161  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  34.59 
 
 		 331 aa  162  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 353 aa  162  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 337 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.03 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  30.5 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  34.52 
 
 		 331 aa  160  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  31.94 
 
 		 334 aa  160  3e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  32.25 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  32.25 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.43 
 
 		 332 aa  160  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>