More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3516 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3516  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 338 aa  692    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2943  LacI family transcription regulator  94.97 
 
 		 338 aa  659    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3025  LacI family transcription regulator  94.97 
 
 		 338 aa  659    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.824077 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3122  LacI family transcription regulator  94.67 
 
 		 338 aa  657    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3221  transcriptional regulator, LacI family  91.42 
 
 		 338 aa  630  1e-180  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1135  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  91.42 
 
 		 338 aa  632  1e-180  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1073  regulatory protein, LacI  90.8 
 
 		 338 aa  632  1e-180  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1170  LacI family transcription regulator  91.42 
 
 		 338 aa  629  1e-179  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.353815 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1071  regulatory protein, LacI  90.18 
 
 		 338 aa  614  1e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1304  LacI family transcription regulator  80.95 
 
 		 340 aa  560  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.812523 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1207  alanine racemase  78.87 
 
 		 339 aa  559  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0937  LacI family transcription regulator  78.27 
 
 		 337 aa  553  1e-156  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.266523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2709  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  76.79 
 
 		 347 aa  550  1e-155  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00648208  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1096  LacI family transcription regulator  77.15 
 
 		 338 aa  549  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1111  LacI family transcription regulator  77.22 
 
 		 339 aa  543  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0121938  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1019  LacI family transcription regulator  60 
 
 		 340 aa  418  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3042  LacI family transcription regulator  56.18 
 
 		 342 aa  375  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000688276 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3423  transcriptional regulator, LacI family  48.82 
 
 		 366 aa  325  7e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0558625 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04322  transcriptional regulator LacI family  48.24 
 
 		 355 aa  317  2e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0717  LacI family transcription regulator  45.91 
 
 		 358 aa  292  6e-78  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0806  LacI family transcription regulator  45.32 
 
 		 358 aa  286  4e-76  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02195  transcription regulator transcription regulator protein  42.18 
 
 		 355 aa  285  5.999999999999999e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.479594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1755  LacI family transcription regulator  42.73 
 
 		 360 aa  279  6e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.998653  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3841  transcriptional regulator, LacI family  41 
 
 		 346 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.455211 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4918  transcriptional regulator, LacI family  41 
 
 		 346 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0229  LacI family transcription regulator  40.35 
 
 		 358 aa  256  3e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.720422  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2371  LacI family transcription regulator  39.52 
 
 		 337 aa  255  8e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0453022  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2445  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 		 337 aa  251  2e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0197  LacI family transcription regulator  38.92 
 
 		 340 aa  248  8e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03674  transcriptional regulator LacI family  38.02 
 
 		 342 aa  248  2e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0276  LacI family transcription regulator  40 
 
 		 347 aa  246  4e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1442  LacI family transcription regulator  38.81 
 
 		 341 aa  245  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1662  LacI family transcription regulator  38.39 
 
 		 337 aa  243  3e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3513  LacI family transcription regulator  40.94 
 
 		 338 aa  241  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.98216  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0755  LacI family transcription regulator  36.95 
 
 		 357 aa  238  1e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0274  alanine racemase  37.84 
 
 		 340 aa  236  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2376  LacI family transcription regulator  38.02 
 
 		 339 aa  231  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0719999  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0031  transcriptional regulator, LacI family  38.56 
 
 		 351 aa  230  3e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.532737  hitchhiker  0.0000002992 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1728  LacI family transcription regulator  39.27 
 
 		 348 aa  214  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.531296  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2718  LacI family transcription regulator  36.81 
 
 		 347 aa  210  3e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0935795  normal  0.0852564 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3995  LacI family transcription regulator  39.05 
 
 		 352 aa  209  6e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0245  LacI family transcription regulator  37.25 
 
 		 339 aa  208  9e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.05929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3033  LacI family transcription regulator  36.6 
 
 		 351 aa  206  4e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3555  LacI family transcription regulator  39.81 
 
 		 352 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0920  LacI family transcription regulator  33.71 
 
 		 351 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.830745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1609  LacI family transcription regulator  34.68 
 
 		 356 aa  200  3e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2062  LacI family transcription regulator  36.71 
 
 		 348 aa  185  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0513684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  35.69 
 
 		 368 aa  184  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3623  LacI family transcription regulator  32.27 
 
 		 350 aa  181  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.039372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.5 
 
 		 336 aa  180  4e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  34.73 
 
 		 336 aa  179  9e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2141  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 340 aa  177  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0418584  normal  0.0217452 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.83 
 
 		 335 aa  177  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.84 
 
 		 330 aa  177  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03849  sal operon transcriptional repressor  34.34 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2074  LacI family transcription regulator  33.78 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.243502  normal  0.538933 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  31.16 
 
 		 334 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  33.13 
 
 		 338 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.82 
 
 		 335 aa  172  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  30.27 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  34.23 
 
 		 333 aa  171  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 353 aa  170  3e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  32.43 
 
 		 336 aa  169  6e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  32.31 
 
 		 342 aa  169  8e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.74 
 
 		 342 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2401  LacI family transcription regulator  34.52 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.74 
 
 		 342 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  32.42 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  30.77 
 
 		 336 aa  168  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  34.29 
 
 		 333 aa  166  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  32.83 
 
 		 333 aa  166  5e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  32.69 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  32.42 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  32.42 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  31.86 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3688  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  32.25 
 
 		 341 aa  164  3e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  32.12 
 
 		 332 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  34.9 
 
 		 331 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 342 aa  163  4.0000000000000004e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  32.73 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  32.48 
 
 		 340 aa  163  5.0000000000000005e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  31.23 
 
 		 331 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  34.35 
 
 		 331 aa  162  6e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3586  transcriptional regulator, LacI family  33.83 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  31.53 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.55 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.82 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  31.93 
 
 		 348 aa  160  3e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  31.63 
 
 		 328 aa  160  3e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  31.55 
 
 		 332 aa  160  4e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1438  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 337 aa  159  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3187  LacI family transcription regulator  30.7 
 
 		 337 aa  160  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.69 
 
 		 347 aa  159  6e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  30.81 
 
 		 339 aa  159  8e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  31.25 
 
 		 332 aa  159  8e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  31.25 
 
 		 332 aa  159  8e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>