More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1111 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1111  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 339 aa  698    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0121938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1207  alanine racemase  79.23 
 
 		 339 aa  565  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1304  LacI family transcription regulator  79.23 
 
 		 340 aa  556  1e-157  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.812523 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0937  LacI family transcription regulator  76.56 
 
 		 337 aa  544  1e-154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.266523  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3516  LacI family transcription regulator  77.22 
 
 		 338 aa  543  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2943  LacI family transcription regulator  77.51 
 
 		 338 aa  542  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3025  LacI family transcription regulator  77.51 
 
 		 338 aa  543  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.824077 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3122  LacI family transcription regulator  77.51 
 
 		 338 aa  542  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1096  LacI family transcription regulator  75.52 
 
 		 338 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1073  regulatory protein, LacI  76.04 
 
 		 338 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2709  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  74.18 
 
 		 347 aa  535  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00648208  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1071  regulatory protein, LacI  75.96 
 
 		 338 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3221  transcriptional regulator, LacI family  75.15 
 
 		 338 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1170  LacI family transcription regulator  75.15 
 
 		 338 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.353815 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1135  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  75.15 
 
 		 338 aa  527  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1019  LacI family transcription regulator  59.17 
 
 		 340 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3042  LacI family transcription regulator  53.82 
 
 		 342 aa  370  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000688276 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3423  transcriptional regulator, LacI family  48.67 
 
 		 366 aa  322  5e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0558625 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04322  transcriptional regulator LacI family  47.49 
 
 		 355 aa  315  7e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0717  LacI family transcription regulator  45.35 
 
 		 358 aa  293  3e-78  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0806  LacI family transcription regulator  45.06 
 
 		 358 aa  287  2e-76  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02195  transcription regulator transcription regulator protein  42.18 
 
 		 355 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.479594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4918  transcriptional regulator, LacI family  41.3 
 
 		 346 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3841  transcriptional regulator, LacI family  41.3 
 
 		 346 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.455211 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1755  LacI family transcription regulator  40.77 
 
 		 360 aa  266  5e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.998653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0229  LacI family transcription regulator  40.06 
 
 		 358 aa  263  3e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.720422  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2371  LacI family transcription regulator  39.22 
 
 		 337 aa  255  6e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0453022  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1662  LacI family transcription regulator  38.46 
 
 		 337 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1442  LacI family transcription regulator  40.68 
 
 		 341 aa  253  4.0000000000000004e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0197  LacI family transcription regulator  38.92 
 
 		 340 aa  249  5e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0276  LacI family transcription regulator  39.82 
 
 		 347 aa  244  9.999999999999999e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03674  transcriptional regulator LacI family  38.28 
 
 		 342 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2445  LacI family transcription regulator  37.57 
 
 		 337 aa  243  3e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0274  alanine racemase  39.38 
 
 		 340 aa  241  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2376  LacI family transcription regulator  37.43 
 
 		 339 aa  234  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0719999  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0031  transcriptional regulator, LacI family  38.96 
 
 		 351 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.532737  hitchhiker  0.0000002992 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3513  LacI family transcription regulator  39.16 
 
 		 338 aa  233  5e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.98216  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0755  LacI family transcription regulator  36.2 
 
 		 357 aa  223  4e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1728  LacI family transcription regulator  39.39 
 
 		 348 aa  215  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.531296  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3033  LacI family transcription regulator  38.31 
 
 		 351 aa  210  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3555  LacI family transcription regulator  38.46 
 
 		 352 aa  208  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1609  LacI family transcription regulator  35.85 
 
 		 356 aa  203  3e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2718  LacI family transcription regulator  36.09 
 
 		 347 aa  203  3e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0935795  normal  0.0852564 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0920  LacI family transcription regulator  33.52 
 
 		 351 aa  202  7e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.830745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0245  LacI family transcription regulator  36.36 
 
 		 339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.05929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3995  LacI family transcription regulator  35.52 
 
 		 352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2062  LacI family transcription regulator  38.75 
 
 		 348 aa  196  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0513684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3623  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 350 aa  192  8e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.039372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  34.63 
 
 		 336 aa  189  7e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.72 
 
 		 336 aa  187  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.84 
 
 		 335 aa  182  6e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.23 
 
 		 330 aa  179  8e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 368 aa  175  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  32.44 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03849  sal operon transcriptional repressor  33.53 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3688  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 332 aa  170  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  34.09 
 
 		 342 aa  168  1e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2141  LacI family transcription regulator  32.68 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0418584  normal  0.0217452 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1363  lac repressor  33.43 
 
 		 358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  32.54 
 
 		 337 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  33.12 
 
 		 336 aa  166  5.9999999999999996e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  32.04 
 
 		 333 aa  166  6.9999999999999995e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  30.84 
 
 		 338 aa  165  9e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  35.08 
 
 		 332 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  31.36 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  32.07 
 
 		 346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  32.07 
 
 		 346 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 334 aa  163  5.0000000000000005e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  31.07 
 
 		 340 aa  163  5.0000000000000005e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2401  LacI family transcription regulator  34.52 
 
 		 318 aa  162  6e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.56 
 
 		 337 aa  162  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.96 
 
 		 335 aa  162  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.04 
 
 		 342 aa  162  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.04 
 
 		 342 aa  162  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0210  LacI family transcription regulator  32.37 
 
 		 353 aa  161  1e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000188149  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2074  LacI family transcription regulator  30.56 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.243502  normal  0.538933 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  32.14 
 
 		 338 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  33.14 
 
 		 331 aa  160  3e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 340 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  30.18 
 
 		 337 aa  160  4e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 337 aa  160  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.16 
 
 		 337 aa  159  5e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  31.18 
 
 		 353 aa  159  6e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.16 
 
 		 332 aa  159  6e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1769  lac repressor  33.22 
 
 		 358 aa  159  8e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.044739  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  30.1 
 
 		 361 aa  159  8e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  30.93 
 
 		 333 aa  159  9e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  32.84 
 
 		 337 aa  159  9e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  31.41 
 
 		 348 aa  159  9e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  31.36 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  30.93 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  30.93 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  30.93 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  30.93 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.15 
 
 		 342 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>