More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0905 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 335 aa  690    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  50.15 
 
 		 356 aa  318  9e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  44.95 
 
 		 364 aa  298  6e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  42.86 
 
 		 335 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.46 
 
 		 339 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2770  transcriptional regulator, LacI family  41.05 
 
 		 331 aa  253  3e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  40.12 
 
 		 341 aa  251  9.000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  39.09 
 
 		 344 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  40.12 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  40.73 
 
 		 354 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  40.49 
 
 		 332 aa  248  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  38.82 
 
 		 337 aa  247  2e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  40.73 
 
 		 343 aa  247  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  38.6 
 
 		 364 aa  246  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  41.9 
 
 		 342 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  40.81 
 
 		 332 aa  246  4e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4652  LacI family transcription regulator  39.88 
 
 		 343 aa  243  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.478263 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  38.53 
 
 		 332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.53 
 
 		 332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  38.53 
 
 		 332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.11 
 
 		 364 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  38.53 
 
 		 350 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  38.23 
 
 		 336 aa  241  1e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  41.03 
 
 		 343 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  40.43 
 
 		 343 aa  239  4e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  38.65 
 
 		 331 aa  239  5.999999999999999e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4104  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  39.25 
 
 		 331 aa  238  8e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  39.25 
 
 		 331 aa  237  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.64 
 
 		 356 aa  237  2e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.108972 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  38.12 
 
 		 332 aa  237  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0277  transcriptional regulator, LacI family  40.37 
 
 		 331 aa  236  3e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0275  LacI family transcription regulator  40.37 
 
 		 331 aa  236  3e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3637  transcriptional regulator GntR  40.37 
 
 		 331 aa  236  3e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.4011  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3721  transcriptional regulator GntR  40.37 
 
 		 331 aa  236  3e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3887  transcriptional regulator GntR  40.56 
 
 		 331 aa  236  4e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 335 aa  236  4e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4754  transcriptional regulator GntR  40.37 
 
 		 331 aa  236  4e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.939154  normal  0.56413 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.96 
 
 		 332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  42.07 
 
 		 339 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  41.09 
 
 		 348 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  38.3 
 
 		 346 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614982 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03289  DNA-binding transcriptional repressor  40.06 
 
 		 331 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58674  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03242  hypothetical protein  40.06 
 
 		 331 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.766873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3916  transcriptional regulator GntR  40.06 
 
 		 331 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3732  transcriptional regulator GntR  39.69 
 
 		 331 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3810  transcriptional regulator GntR  39.94 
 
 		 353 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3852  transcriptional regulator GntR  39.94 
 
 		 353 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3912  transcriptional regulator GntR  39.94 
 
 		 353 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.39666 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3743  transcriptional regulator GntR  39.94 
 
 		 353 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0328  LacI family transcription regulator  41.64 
 
 		 341 aa  233  4.0000000000000004e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  36.65 
 
 		 335 aa  231  1e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3846  LacI family transcription regulator  38.63 
 
 		 331 aa  231  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.58256 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  38.72 
 
 		 338 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  41.32 
 
 		 365 aa  231  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  38.72 
 
 		 338 aa  229  5e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  41.16 
 
 		 339 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0134  LacI family transcription regulator  38.83 
 
 		 312 aa  228  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  41.46 
 
 		 339 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33920  LacI family transcriptional regulator protein  40.3 
 
 		 388 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104484  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  35.17 
 
 		 333 aa  224  2e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0764  transcriptional regulator, LacI family  35.56 
 
 		 345 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  37.8 
 
 		 355 aa  222  9e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  37.65 
 
 		 345 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  37.65 
 
 		 345 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4508  transcriptional regulator, LacI family  36.64 
 
 		 356 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  36.75 
 
 		 345 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04130  DNA-binding transcriptional repressor, 5-gluconate-binding  36.42 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.845114  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3733  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4745  transcriptional regulator IdnR  36.73 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.21306  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0872  transcriptional regulator, LacI family  34.65 
 
 		 341 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4520  transcriptional regulator IdnR  36.42 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000192749  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6417  transcriptional regulator, LacI family  34.94 
 
 		 358 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  normal  0.308696 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4736  HTH-type transcriptional regulator IdnR  37.04 
 
 		 332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.125842 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4829  HTH-type transcriptional regulator IdnR  37.04 
 
 		 332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.284296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4866  HTH-type transcriptional regulator IdnR  37.04 
 
 		 332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0303981  normal  0.118687 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4885  HTH-type transcriptional regulator IdnR  37.04 
 
 		 332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4766  HTH-type transcriptional regulator IdnR  37.04 
 
 		 332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0280559  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3695  LacI family transcription regulator  34.8 
 
 		 375 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  39.02 
 
 		 343 aa  210  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4193  transcriptional regulator, LacI family  36.06 
 
 		 338 aa  209  7e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4081  transcriptional regulator, LacI family  36.06 
 
 		 338 aa  209  7e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  35.78 
 
 		 340 aa  209  8e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  36.42 
 
 		 349 aa  205  8e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3418  LacI family transcription regulator  36.47 
 
 		 347 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.612979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  34.15 
 
 		 351 aa  204  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000770  transcriptional regulator  34.53 
 
 		 342 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4642  LacI family transcription regulator  35.26 
 
 		 331 aa  202  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  37.7 
 
 		 345 aa  202  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.72 
 
 		 355 aa  202  6e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2434  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.12 
 
 		 382 aa  202  9e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  36.39 
 
 		 336 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1663  LacI family transcription regulator  36.83 
 
 		 345 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0968  LacI family transcription regulator  34.25 
 
 		 357 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.026334  normal  0.828614 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0296  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.83 
 
 		 345 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  36.91 
 
 		 345 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4585  LacI family transcription regulator  37.09 
 
 		 335 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  36.16 
 
 		 341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1125  transcriptional repressor LacI family  34.35 
 
 		 343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00370144  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1317  transcriptional regulator, LacI family  35.52 
 
 		 359 aa  197  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.914568 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>