More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1046 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1046  regulatory protein, LacI  100 
 
 		 357 aa  729    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 340 aa  202  9e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  32.29 
 
 		 357 aa  194  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1692  LacI family transcription regulator  35.01 
 
 		 343 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1347  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 341 aa  192  5e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3409  LacI family transcription regulator  34.33 
 
 		 362 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000197592 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4590  LacI family transcription regulator  34.52 
 
 		 359 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.13 
 
 		 348 aa  180  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2029  HTH-type transcriptional repressor  33.84 
 
 		 352 aa  179  8e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.169196 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  35 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.3 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6244  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 358 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5762  LacI family transcription regulator  35.13 
 
 		 365 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6127  LacI family transcription regulator  35.13 
 
 		 365 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.401704 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.3 
 
 		 356 aa  176  6e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0805  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.39 
 
 		 364 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.91 
 
 		 335 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.56 
 
 		 342 aa  170  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.63 
 
 		 335 aa  169  6e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5195  transcriptional regulator LacI family  32.35 
 
 		 358 aa  169  7e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7624  LacI family transcription regulator  35.78 
 
 		 361 aa  169  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.380781 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6609  LacI family transcription regulator  34.32 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.423679 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.85 
 
 		 344 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.283835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.04 
 
 		 347 aa  163  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.07 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.07 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1382  LacI family transcription regulator  33.85 
 
 		 360 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.641116 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  31.07 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.07 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.07 
 
 		 343 aa  161  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.07 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.07 
 
 		 343 aa  161  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  31.07 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1342  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 358 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.55 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.16 
 
 		 335 aa  159  5e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.86 
 
 		 330 aa  159  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.56 
 
 		 342 aa  159  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.56 
 
 		 342 aa  159  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.18 
 
 		 341 aa  156  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.18 
 
 		 341 aa  156  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.18 
 
 		 341 aa  156  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.18 
 
 		 341 aa  156  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.18 
 
 		 341 aa  156  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.06 
 
 		 330 aa  155  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.59 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6093  LacI family transcription regulator  30.63 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  32.41 
 
 		 355 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  32.74 
 
 		 338 aa  149  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2647  transcriptional regulator, LacI family  31.49 
 
 		 356 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.258766 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2828  LacI family transcription regulator  31.91 
 
 		 434 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  31.83 
 
 		 348 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  29.13 
 
 		 332 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  28.88 
 
 		 327 aa  147  4.0000000000000006e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1562  LacI family transcription regulator  28.8 
 
 		 338 aa  146  5e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.56 
 
 		 339 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  28.61 
 
 		 324 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  31.42 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6427  transcriptional regulator, LacI family  30.38 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370685 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  31.4 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  31.51 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  31.76 
 
 		 348 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4839  putative LacI family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 358 aa  143  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0301104 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  31.14 
 
 		 349 aa  143  4e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  31.48 
 
 		 330 aa  143  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 339 aa  143  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 339 aa  143  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1469  LacI family transcription regulator  31.17 
 
 		 347 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.12048 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  29.09 
 
 		 336 aa  142  7e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  31.19 
 
 		 339 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0329  LacI family transcription regulator  30.79 
 
 		 347 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16025  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  30.89 
 
 		 337 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1500  LacI family transcription regulator  31.21 
 
 		 357 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4508  transcriptional regulator, LacI family  29.94 
 
 		 356 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1413  LacI family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 341 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.492871  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3070  LacI family transcription regulator  32.36 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4288  LacI family transcription regulator  29.13 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0105352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2073  LacI family transcription regulator  31.95 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1216  LacI family transcription regulator  32.36 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129549  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0651  LacI family transcription regulator  32.36 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1420  LacI family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0502  LacI family transcription regulator  32.36 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  29.2 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.63 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6195  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 		 337 aa  140  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193526  normal  0.910118 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3311  LacI family transcription regulator  30.06 
 
 		 362 aa  139  4.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.472161  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.31 
 
 		 339 aa  139  6e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  30.18 
 
 		 335 aa  139  6e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1266  transcriptional regulator, LacI family  32.28 
 
 		 336 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210708  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1790  transcription regulator protein  32.4 
 
 		 360 aa  139  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.678671  normal  0.041815 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6417  transcriptional regulator, LacI family  28.74 
 
 		 358 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  normal  0.308696 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1460  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 		 356 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0141269 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.88 
 
 		 337 aa  139  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  28.99 
 
 		 351 aa  139  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  31.42 
 
 		 349 aa  138  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1118  LacI family transcription regulator  31.11 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2557  LacI family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 341 aa  137  3.0000000000000003e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000811694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  27.49 
 
 		 347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  30.59 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  29.82 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>