More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5388 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 355 aa  701    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  53.47 
 
 		 347 aa  333  4e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4527  LacI family transcription regulator  50.45 
 
 		 343 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.705673  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02173  transcription regulator transcription regulator protein  48.07 
 
 		 350 aa  311  1e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.291337  normal  0.0882857 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3418  LacI family transcription regulator  48.94 
 
 		 347 aa  309  5e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.612979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4642  LacI family transcription regulator  48.63 
 
 		 331 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3976  LacI family transcriptional regulator  46.61 
 
 		 351 aa  302  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.637637 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4021  LacI family transcriptional regulator  46.61 
 
 		 351 aa  302  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4082  LacI family transcriptional regulator  46.61 
 
 		 351 aa  302  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3914  transcriptional regulator, LacI family  46.61 
 
 		 351 aa  302  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  46.5 
 
 		 332 aa  301  1e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  47.22 
 
 		 340 aa  295  6e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0436  LacI family transcription regulator  47.77 
 
 		 343 aa  295  6e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0321494  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  46.3 
 
 		 340 aa  294  1e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  44.77 
 
 		 340 aa  293  2e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  44.19 
 
 		 340 aa  292  6e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  49.69 
 
 		 351 aa  289  4e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4288  LacI family transcription regulator  46.2 
 
 		 334 aa  280  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0105352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3909  LacI family transcription regulator  46.6 
 
 		 344 aa  260  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.046633  normal  0.0899887 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  40.82 
 
 		 364 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0347  transcriptional regulator, LacI family  41.19 
 
 		 348 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  40.95 
 
 		 348 aa  225  8e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4508  transcriptional regulator, LacI family  39.2 
 
 		 356 aa  225  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  40.3 
 
 		 338 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  40.6 
 
 		 338 aa  219  6e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6417  transcriptional regulator, LacI family  38.22 
 
 		 358 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  normal  0.308696 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0968  LacI family transcription regulator  38.08 
 
 		 357 aa  219  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.026334  normal  0.828614 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  41.53 
 
 		 336 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0249  LacI family transcription regulator  39.62 
 
 		 345 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.17 
 
 		 339 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33920  LacI family transcriptional regulator protein  41.38 
 
 		 388 aa  213  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104484  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  42.09 
 
 		 343 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2434  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.27 
 
 		 382 aa  212  7e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  36.8 
 
 		 356 aa  212  7e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  43.38 
 
 		 365 aa  211  2e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  38.14 
 
 		 349 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  41.79 
 
 		 354 aa  210  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3831  LacI family transcription regulator  40.12 
 
 		 340 aa  209  5e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.167541  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  39.2 
 
 		 335 aa  209  6e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5038  transcriptional regulator LacI family  38.19 
 
 		 337 aa  209  8e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3695  LacI family transcription regulator  36.68 
 
 		 375 aa  209  8e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  38.19 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  37.8 
 
 		 335 aa  207  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4193  transcriptional regulator, LacI family  37.95 
 
 		 338 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21780  Transcriptional regulator, LacI family  39 
 
 		 323 aa  205  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4081  transcriptional regulator, LacI family  37.95 
 
 		 338 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4299  regulatory protein, LacI  40.23 
 
 		 348 aa  204  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.613317 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0063  transcriptional regulator, LacI family  36.78 
 
 		 343 aa  202  7e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  36.58 
 
 		 341 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  36.58 
 
 		 341 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  40.99 
 
 		 343 aa  200  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  37.84 
 
 		 345 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  37.84 
 
 		 345 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.82 
 
 		 356 aa  199  5e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.108972 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.41 
 
 		 364 aa  199  5e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  37.12 
 
 		 364 aa  199  6e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  34.77 
 
 		 335 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  38.14 
 
 		 345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  39.29 
 
 		 339 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  33.33 
 
 		 337 aa  196  5.000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.74 
 
 		 355 aa  195  8.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  33.64 
 
 		 335 aa  195  8.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 339 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  39.1 
 
 		 339 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  37.73 
 
 		 344 aa  194  3e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  36.02 
 
 		 339 aa  193  5e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  38.51 
 
 		 343 aa  193  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  40.67 
 
 		 343 aa  192  7e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  32.29 
 
 		 333 aa  192  7e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  37.85 
 
 		 346 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  39.35 
 
 		 339 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2847  LacI family transcription regulator  35.78 
 
 		 339 aa  189  8e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000654986  normal  0.737753 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1978  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.54 
 
 		 339 aa  189  9e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4585  LacI family transcription regulator  35.71 
 
 		 335 aa  186  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1589  alanine racemase  40.92 
 
 		 348 aa  186  5e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000384981  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4651  transcriptional regulator, LacI family  36.14 
 
 		 349 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  34.05 
 
 		 332 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2586  regulatory protein LacI  34.93 
 
 		 339 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00126886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2695  regulatory protein LacI  34.93 
 
 		 339 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0362196  normal  0.839306 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2486  regulatory protein, LacI  34.93 
 
 		 339 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764665  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2574  regulatory protein LacI  34.93 
 
 		 339 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00791784  normal  0.519632 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2627  LacI family transcription regulator  36.83 
 
 		 349 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.187228 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2532  regulatory protein LacI  34.93 
 
 		 339 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000782383  normal  0.6775 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2770  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 331 aa  181  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1136  LacI family transcription regulator  37.15 
 
 		 335 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.601341 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  34.88 
 
 		 332 aa  180  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  34.64 
 
 		 340 aa  179  4.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0328  LacI family transcription regulator  39.08 
 
 		 341 aa  179  5.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  34.88 
 
 		 331 aa  179  9e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  34.67 
 
 		 345 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1692  LacI family transcription regulator  34.09 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  34.37 
 
 		 345 aa  177  3e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2346  LacI family transcription regulator  36.16 
 
 		 341 aa  177  3e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59514 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1317  transcriptional regulator, LacI family  35.44 
 
 		 359 aa  175  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.914568 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  32.62 
 
 		 336 aa  175  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  32.31 
 
 		 350 aa  172  6.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  32.47 
 
 		 341 aa  172  7.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4322  regulatory protein LacI  36.9 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  30.94 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.56 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>