More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3311 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3311  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 362 aa  733    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.472161  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2153  alanine racemase  38.97 
 
 		 337 aa  213  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.419726  normal  0.0819902 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  34.55 
 
 		 330 aa  178  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1266  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210708  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1118  LacI family transcription regulator  35.03 
 
 		 341 aa  172  9e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4839  putative LacI family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 358 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0301104 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1209  LacI family transcription regulator  34.24 
 
 		 341 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0754  LacI family transcription regulator  34.34 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1117  LacI family transcription regulator  34.73 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.972514 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1235  LacI family transcription regulator  34.34 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3070  LacI family transcription regulator  35.05 
 
 		 338 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1216  LacI family transcription regulator  35.05 
 
 		 338 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129549  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0651  LacI family transcription regulator  35.05 
 
 		 338 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1413  LacI family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 341 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.492871  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1420  LacI family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 338 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0502  LacI family transcription regulator  35.05 
 
 		 338 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1419  transcriptional regulator, LacI family  35.84 
 
 		 356 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.933801  normal  0.184887 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2073  LacI family transcription regulator  34.04 
 
 		 341 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2647  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 		 356 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.258766 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4344  LacI family transcription regulator  33.94 
 
 		 341 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1790  transcription regulator protein  35.28 
 
 		 360 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.678671  normal  0.041815 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1460  transcriptional regulator, LacI family  35.54 
 
 		 356 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0141269 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1774  transcriptional regulator, LacI family  36.5 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.472871  normal  0.0293451 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2828  LacI family transcription regulator  34.44 
 
 		 434 aa  164  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1469  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 347 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.12048 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1500  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 357 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  31.45 
 
 		 386 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3125  LacI family transcription regulator  33.78 
 
 		 304 aa  152  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.369308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  32.05 
 
 		 340 aa  148  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  33.44 
 
 		 343 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  32.6 
 
 		 346 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  31.47 
 
 		 357 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  30.35 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  33.01 
 
 		 343 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  30.35 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  30.35 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  33.01 
 
 		 343 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  33.01 
 
 		 343 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.58 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 346 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  30.35 
 
 		 323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  30.35 
 
 		 323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  30.03 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  30.03 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  30.35 
 
 		 323 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  32.21 
 
 		 347 aa  145  9e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  33.87 
 
 		 343 aa  145  9e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  30.35 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1347  LacI family transcription regulator  30.54 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  32.8 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  33.22 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 343 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.12 
 
 		 348 aa  142  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  30.03 
 
 		 323 aa  142  9e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  34.39 
 
 		 330 aa  142  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  33.33 
 
 		 339 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  32.05 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  31.63 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  32.05 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2029  HTH-type transcriptional repressor  32.48 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.169196 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6093  LacI family transcription regulator  31.29 
 
 		 336 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1046  regulatory protein, LacI  30.06 
 
 		 357 aa  139  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30 
 
 		 323 aa  139  6e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  27.8 
 
 		 355 aa  138  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.8 
 
 		 352 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  29.94 
 
 		 345 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.27 
 
 		 336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  27.93 
 
 		 329 aa  137  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  29.55 
 
 		 334 aa  136  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  31.63 
 
 		 350 aa  136  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.02 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.02 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  29.02 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.02 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  32.89 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  29.76 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.02 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  29.13 
 
 		 336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  29.02 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.02 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.02 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  29.41 
 
 		 332 aa  134  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  32.57 
 
 		 338 aa  133  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  30.7 
 
 		 332 aa  133  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  31.42 
 
 		 345 aa  133  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  30.81 
 
 		 340 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.75 
 
 		 330 aa  132  9e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  30.35 
 
 		 328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  32.68 
 
 		 339 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  30.87 
 
 		 333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  26.92 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  29.07 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  28.39 
 
 		 335 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  29.55 
 
 		 332 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  26.91 
 
 		 324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>