More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3125 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3125  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 304 aa  613  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.369308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1266  transcriptional regulator, LacI family  59.47 
 
 		 336 aa  330  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210708  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  58.92 
 
 		 330 aa  327  1.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1117  LacI family transcription regulator  40.59 
 
 		 341 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.972514 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1413  LacI family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 341 aa  205  6e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.492871  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3070  LacI family transcription regulator  42.66 
 
 		 338 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1216  LacI family transcription regulator  42.66 
 
 		 338 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129549  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0651  LacI family transcription regulator  42.66 
 
 		 338 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1420  LacI family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 338 aa  205  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0502  LacI family transcription regulator  42.66 
 
 		 338 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1118  LacI family transcription regulator  40.26 
 
 		 341 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2828  LacI family transcription regulator  43.46 
 
 		 434 aa  203  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1500  LacI family transcription regulator  40.72 
 
 		 357 aa  202  6e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1209  LacI family transcription regulator  39.93 
 
 		 341 aa  201  9e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0754  LacI family transcription regulator  39.93 
 
 		 341 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1235  LacI family transcription regulator  39.93 
 
 		 341 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4344  LacI family transcription regulator  39.93 
 
 		 341 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2073  LacI family transcription regulator  42.65 
 
 		 341 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1460  transcriptional regulator, LacI family  42.67 
 
 		 356 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0141269 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2647  transcriptional regulator, LacI family  40.4 
 
 		 356 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.258766 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1419  transcriptional regulator, LacI family  42.35 
 
 		 356 aa  195  8.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.933801  normal  0.184887 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1469  LacI family transcription regulator  40.07 
 
 		 347 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.12048 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  37.91 
 
 		 339 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.24 
 
 		 339 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4839  putative LacI family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 358 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0301104 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1790  transcription regulator protein  40.33 
 
 		 360 aa  179  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.678671  normal  0.041815 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2153  alanine racemase  36.96 
 
 		 337 aa  168  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.419726  normal  0.0819902 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3311  LacI family transcription regulator  33.78 
 
 		 362 aa  152  8.999999999999999e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.472161  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2029  HTH-type transcriptional repressor  32.98 
 
 		 352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.169196 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1774  transcriptional regulator, LacI family  36.36 
 
 		 326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.472871  normal  0.0293451 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.62 
 
 		 348 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  29.79 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  28.66 
 
 		 332 aa  139  6e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.1 
 
 		 337 aa  138  1e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  28.01 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  29.12 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.67 
 
 		 336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  27.69 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  28.52 
 
 		 335 aa  136  4e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  28.01 
 
 		 332 aa  136  5e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  27.69 
 
 		 332 aa  135  9e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  27.69 
 
 		 332 aa  135  9e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.727359 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  27.69 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  27.69 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  28.01 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  27.69 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.64 
 
 		 335 aa  134  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  27.69 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  34.66 
 
 		 340 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1692  LacI family transcription regulator  31.6 
 
 		 343 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  28.43 
 
 		 343 aa  132  6e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4596  transcriptional regulator, LacI family  34.41 
 
 		 340 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0502076 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  34.38 
 
 		 332 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3409  LacI family transcription regulator  32.88 
 
 		 362 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000197592 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  29.33 
 
 		 357 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3698  transcriptional regulator, LacI family  31.5 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0805  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.43 
 
 		 364 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.5 
 
 		 337 aa  130  3e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  28.27 
 
 		 333 aa  130  4.0000000000000003e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.03 
 
 		 337 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.82 
 
 		 341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.02 
 
 		 333 aa  129  6e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  31.72 
 
 		 335 aa  129  7.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  29.02 
 
 		 333 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  33.09 
 
 		 333 aa  129  8.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  32.39 
 
 		 332 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6244  transcriptional regulator, LacI family  28.91 
 
 		 358 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.39 
 
 		 332 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 		 357 aa  129  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  30.92 
 
 		 349 aa  128  9.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  26.06 
 
 		 342 aa  129  9.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  32.08 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 346 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.27 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  32.39 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.27 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.27 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.27 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.27 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2557  LacI family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000811694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  28.42 
 
 		 336 aa  127  3e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  29.41 
 
 		 332 aa  126  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3470  transcriptional regulator, LacI family  37.28 
 
 		 331 aa  126  4.0000000000000003e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  33 
 
 		 339 aa  126  5e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.04 
 
 		 332 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.36 
 
 		 335 aa  125  6e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.67 
 
 		 330 aa  125  7e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 335 aa  125  7e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.67 
 
 		 343 aa  125  7e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.67 
 
 		 343 aa  125  7e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.67 
 
 		 341 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  28.67 
 
 		 341 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.67 
 
 		 341 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.67 
 
 		 341 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.67 
 
 		 341 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  28.67 
 
 		 341 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.13 
 
 		 330 aa  125  9e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  30.45 
 
 		 333 aa  125  9e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  32 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>