More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0916 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  91.18 
 
 		 340 aa  642    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 340 aa  691    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  68.24 
 
 		 340 aa  488  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3914  transcriptional regulator, LacI family  68.82 
 
 		 351 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4082  LacI family transcriptional regulator  69.12 
 
 		 351 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3976  LacI family transcriptional regulator  69.12 
 
 		 351 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.637637 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4021  LacI family transcriptional regulator  69.12 
 
 		 351 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  65.78 
 
 		 340 aa  440  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4642  LacI family transcription regulator  50.15 
 
 		 331 aa  330  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3418  LacI family transcription regulator  50 
 
 		 347 aa  323  3e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.612979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  49.85 
 
 		 351 aa  317  2e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0436  LacI family transcription regulator  48.32 
 
 		 343 aa  315  8e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0321494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  51.36 
 
 		 347 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  48.63 
 
 		 332 aa  309  4e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4527  LacI family transcription regulator  47.38 
 
 		 343 aa  302  5.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.705673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4288  LacI family transcription regulator  46.67 
 
 		 334 aa  296  5e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0105352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  44.77 
 
 		 355 aa  293  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02173  transcription regulator transcription regulator protein  45.85 
 
 		 350 aa  276  5e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.291337  normal  0.0882857 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3909  LacI family transcription regulator  43.28 
 
 		 344 aa  263  4.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.046633  normal  0.0899887 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3831  LacI family transcription regulator  39.02 
 
 		 340 aa  240  2.9999999999999997e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.167541  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  37.97 
 
 		 364 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6417  transcriptional regulator, LacI family  37.16 
 
 		 358 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  normal  0.308696 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4508  transcriptional regulator, LacI family  36.23 
 
 		 356 aa  222  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  35.56 
 
 		 356 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2434  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.03 
 
 		 382 aa  219  6e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  38.29 
 
 		 349 aa  218  8.999999999999998e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  37.2 
 
 		 364 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  37.85 
 
 		 335 aa  209  5e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0968  LacI family transcription regulator  35.8 
 
 		 357 aa  208  8e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.026334  normal  0.828614 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5038  transcriptional regulator LacI family  35.54 
 
 		 337 aa  206  5e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  36.44 
 
 		 343 aa  206  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.2 
 
 		 339 aa  206  6e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.88 
 
 		 364 aa  205  8e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  36.44 
 
 		 354 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  35.53 
 
 		 342 aa  203  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  36.09 
 
 		 348 aa  202  6e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  38.11 
 
 		 343 aa  202  9e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  38.44 
 
 		 365 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4193  transcriptional regulator, LacI family  38.46 
 
 		 338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  35.61 
 
 		 336 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4081  transcriptional regulator, LacI family  38.46 
 
 		 338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0347  transcriptional regulator, LacI family  35.42 
 
 		 348 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4299  regulatory protein, LacI  39.09 
 
 		 348 aa  199  7e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.613317 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  37.24 
 
 		 343 aa  199  7.999999999999999e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  34.9 
 
 		 344 aa  198  9e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  37.57 
 
 		 345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  34.56 
 
 		 335 aa  197  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  37.57 
 
 		 345 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  37.57 
 
 		 345 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0249  LacI family transcription regulator  35.21 
 
 		 345 aa  195  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  35.65 
 
 		 338 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3695  LacI family transcription regulator  36.52 
 
 		 375 aa  193  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  34.31 
 
 		 343 aa  192  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2346  LacI family transcription regulator  35.63 
 
 		 341 aa  192  7e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59514 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33920  LacI family transcriptional regulator protein  35.69 
 
 		 388 aa  192  8e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104484  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1589  alanine racemase  39.3 
 
 		 348 aa  190  2e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000384981  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  34.71 
 
 		 339 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21780  Transcriptional regulator, LacI family  36 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0063  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 343 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1136  LacI family transcription regulator  37.91 
 
 		 335 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.601341 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.83 
 
 		 356 aa  189  9e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.108972 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4651  transcriptional regulator, LacI family  37.2 
 
 		 349 aa  188  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  33.84 
 
 		 338 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4585  LacI family transcription regulator  36.2 
 
 		 335 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0872  transcriptional regulator, LacI family  34.15 
 
 		 341 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  32.33 
 
 		 332 aa  187  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1692  LacI family transcription regulator  36.13 
 
 		 343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  33.84 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  33.84 
 
 		 335 aa  182  5.0000000000000004e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  34.13 
 
 		 341 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  32.72 
 
 		 335 aa  182  6e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  33.64 
 
 		 339 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 339 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  31.9 
 
 		 337 aa  182  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  34.13 
 
 		 346 aa  182  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  34.13 
 
 		 341 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  32.32 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1317  transcriptional regulator, LacI family  30.95 
 
 		 359 aa  180  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.914568 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6093  LacI family transcription regulator  34.95 
 
 		 336 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3409  LacI family transcription regulator  36.14 
 
 		 362 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000197592 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0764  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 345 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.27 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  31.27 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.89 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  34.18 
 
 		 357 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.72 
 
 		 355 aa  176  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  32.01 
 
 		 333 aa  176  5e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  31.1 
 
 		 339 aa  176  6e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2627  LacI family transcription regulator  34.66 
 
 		 349 aa  176  7e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.187228 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  35.11 
 
 		 345 aa  176  8e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  30.18 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4520  transcriptional regulator IdnR  32.72 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000192749  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04130  DNA-binding transcriptional repressor, 5-gluconate-binding  32.92 
 
 		 332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.845114  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3733  transcriptional regulator, LacI family  32.92 
 
 		 332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  29.31 
 
 		 336 aa  174  2.9999999999999996e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4745  transcriptional regulator IdnR  32.92 
 
 		 332 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.21306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4829  HTH-type transcriptional regulator IdnR  31.99 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.284296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4766  HTH-type transcriptional regulator IdnR  31.99 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0280559  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1978  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.42 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.351536 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>