More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3563 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  100 
 
 		 338 aa  675    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  94.08 
 
 		 338 aa  647    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  65.97 
 
 		 343 aa  443  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  64.97 
 
 		 354 aa  435  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  70.21 
 
 		 339 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  70.8 
 
 		 339 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  69.32 
 
 		 339 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  69.62 
 
 		 339 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  64.67 
 
 		 343 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  63.06 
 
 		 364 aa  423  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  63.66 
 
 		 343 aa  402  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  58.38 
 
 		 342 aa  391  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  57.96 
 
 		 341 aa  371  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  57.96 
 
 		 341 aa  370  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  57.83 
 
 		 346 aa  362  5.0000000000000005e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  58.56 
 
 		 343 aa  356  2.9999999999999997e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  55.09 
 
 		 364 aa  356  3.9999999999999996e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.16 
 
 		 356 aa  351  1e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.108972 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  51.8 
 
 		 344 aa  349  3e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.88 
 
 		 339 aa  318  6e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0328  LacI family transcription regulator  53.59 
 
 		 341 aa  317  2e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  48.21 
 
 		 364 aa  295  7e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  42.6 
 
 		 356 aa  256  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  36.39 
 
 		 336 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  40.6 
 
 		 355 aa  219  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  38.72 
 
 		 335 aa  219  7e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  38.72 
 
 		 331 aa  218  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  35.21 
 
 		 337 aa  211  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  35.67 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  39.58 
 
 		 348 aa  210  3e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  37.8 
 
 		 332 aa  209  6e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2770  transcriptional regulator, LacI family  36.73 
 
 		 331 aa  207  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  34.45 
 
 		 335 aa  205  8e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.67 
 
 		 332 aa  205  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  38.44 
 
 		 335 aa  205  1e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  35.67 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  35.67 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.67 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0764  transcriptional regulator, LacI family  37.61 
 
 		 345 aa  203  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3852  transcriptional regulator GntR  36.84 
 
 		 353 aa  202  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3732  transcriptional regulator GntR  36.84 
 
 		 331 aa  202  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3810  transcriptional regulator GntR  36.84 
 
 		 353 aa  202  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3912  transcriptional regulator GntR  36.84 
 
 		 353 aa  202  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.39666 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3743  transcriptional regulator GntR  36.84 
 
 		 353 aa  202  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0277  transcriptional regulator, LacI family  36.53 
 
 		 331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0275  LacI family transcription regulator  36.53 
 
 		 331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4754  transcriptional regulator GntR  36.53 
 
 		 331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.939154  normal  0.56413 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3721  transcriptional regulator GntR  36.53 
 
 		 331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3637  transcriptional regulator GntR  36.53 
 
 		 331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.4011  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3846  LacI family transcription regulator  37.46 
 
 		 331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.58256 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1125  transcriptional repressor LacI family  37.16 
 
 		 343 aa  200  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00370144  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 		 332 aa  200  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3887  transcriptional regulator GntR  36.53 
 
 		 331 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 335 aa  199  7e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03289  DNA-binding transcriptional repressor  36.22 
 
 		 331 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58674  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03242  hypothetical protein  36.22 
 
 		 331 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.766873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3916  transcriptional regulator GntR  36.22 
 
 		 331 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  34.57 
 
 		 331 aa  198  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  38.15 
 
 		 339 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0872  transcriptional regulator, LacI family  36.2 
 
 		 341 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4652  LacI family transcription regulator  34.88 
 
 		 343 aa  197  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.478263 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4104  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  34.57 
 
 		 331 aa  196  4.0000000000000005e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  36.14 
 
 		 340 aa  194  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  39.53 
 
 		 347 aa  195  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4527  LacI family transcription regulator  37.65 
 
 		 343 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.705673  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33920  LacI family transcriptional regulator protein  41.19 
 
 		 388 aa  193  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104484  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  36.58 
 
 		 345 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1136  LacI family transcription regulator  38.65 
 
 		 335 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.601341 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  35.99 
 
 		 345 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  35.99 
 
 		 345 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4736  HTH-type transcriptional regulator IdnR  34.57 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.125842 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4885  HTH-type transcriptional regulator IdnR  34.57 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4766  HTH-type transcriptional regulator IdnR  34.57 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0280559  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4651  transcriptional regulator, LacI family  38.97 
 
 		 349 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4866  HTH-type transcriptional regulator IdnR  34.57 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0303981  normal  0.118687 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  33.74 
 
 		 350 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  33.84 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0224  transcriptional regulator, LacI family  33.95 
 
 		 332 aa  187  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4829  HTH-type transcriptional regulator IdnR  34.57 
 
 		 332 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.284296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  30.79 
 
 		 333 aa  186  5e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  36.5 
 
 		 351 aa  186  7e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4082  LacI family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 351 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4021  LacI family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 351 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3914  transcriptional regulator, LacI family  35.31 
 
 		 351 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3976  LacI family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 351 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.637637 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0134  LacI family transcription regulator  34.3 
 
 		 312 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.46 
 
 		 355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 340 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1978  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.99 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 		 336 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1578  LacI family transcription regulator  33.85 
 
 		 330 aa  182  6e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1796  L-idonate regulatory protein  33.54 
 
 		 330 aa  181  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.248054 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  36.14 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  35 
 
 		 341 aa  181  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1473  L-idonate regulatory protein  33.54 
 
 		 330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  35.89 
 
 		 345 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2627  LacI family transcription regulator  39.21 
 
 		 349 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.187228 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4745  transcriptional regulator IdnR  33.02 
 
 		 332 aa  179  8e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.21306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  34.1 
 
 		 349 aa  178  9e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  37.42 
 
 		 365 aa  178  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>