More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4337 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  100 
 
 
343 aa  699    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  79.01 
 
 
354 aa  557  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  78.72 
 
 
343 aa  555  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  74.64 
 
 
343 aa  507  9.999999999999999e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  66.87 
 
 
338 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  65.97 
 
 
338 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  61.19 
 
 
342 aa  431  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  66.96 
 
 
339 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  65.57 
 
 
339 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  64.78 
 
 
339 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  65.27 
 
 
339 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  60.36 
 
 
364 aa  410  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  54.17 
 
 
364 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  56.5 
 
 
346 aa  370  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  55.33 
 
 
341 aa  365  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  55.03 
 
 
341 aa  363  2e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  53.94 
 
 
343 aa  348  9e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  51.6 
 
 
344 aa  344  1e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.65 
 
 
356 aa  338  9.999999999999999e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.108972 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.85 
 
 
339 aa  326  3e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0328  LacI family transcription regulator  53.27 
 
 
341 aa  314  1.9999999999999998e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  46.18 
 
 
364 aa  292  6e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  40.91 
 
 
356 aa  249  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  38.11 
 
 
336 aa  239  5e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  39.48 
 
 
348 aa  233  5e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  37.2 
 
 
331 aa  227  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  41.03 
 
 
335 aa  227  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  37.2 
 
 
332 aa  226  4e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  39.82 
 
 
335 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  37.8 
 
 
332 aa  224  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  36.89 
 
 
332 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.89 
 
 
332 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  36.89 
 
 
332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  35.95 
 
 
332 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.89 
 
 
332 aa  219  5e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  35.87 
 
 
337 aa  219  6e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2770  transcriptional regulator, LacI family  37.15 
 
 
331 aa  218  7.999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  35.29 
 
 
331 aa  218  8.999999999999998e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4104  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  35.29 
 
 
331 aa  218  1e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  35.8 
 
 
335 aa  215  7e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  34.5 
 
 
350 aa  211  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  34.95 
 
 
335 aa  208  8e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33920  LacI family transcriptional regulator protein  40.11 
 
 
388 aa  208  9e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104484  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4652  LacI family transcription regulator  35.51 
 
 
343 aa  206  6e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.478263 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0134  LacI family transcription regulator  34.74 
 
 
312 aa  202  7e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0224  transcriptional regulator, LacI family  35.08 
 
 
332 aa  202  7e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3743  transcriptional regulator GntR  35.67 
 
 
353 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3732  transcriptional regulator GntR  35.91 
 
 
331 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3810  transcriptional regulator GntR  35.67 
 
 
353 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3852  transcriptional regulator GntR  35.67 
 
 
353 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3912  transcriptional regulator GntR  35.67 
 
 
353 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.39666 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0277  transcriptional regulator, LacI family  35.6 
 
 
331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3637  transcriptional regulator GntR  35.6 
 
 
331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.4011  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3721  transcriptional regulator GntR  35.6 
 
 
331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4754  transcriptional regulator GntR  35.6 
 
 
331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.939154  normal  0.56413 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0275  LacI family transcription regulator  35.6 
 
 
331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03289  DNA-binding transcriptional repressor  35.58 
 
 
331 aa  199  5e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58674  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3916  transcriptional regulator GntR  35.58 
 
 
331 aa  199  5e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03242  hypothetical protein  35.58 
 
 
331 aa  199  5e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.766873  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3887  transcriptional regulator GntR  35.6 
 
 
331 aa  199  5e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0872  transcriptional regulator, LacI family  35.42 
 
 
341 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4766  HTH-type transcriptional regulator IdnR  35.38 
 
 
332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0280559  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3846  LacI family transcription regulator  36.53 
 
 
331 aa  198  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.58256 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0764  transcriptional regulator, LacI family  35.12 
 
 
345 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518847  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4736  HTH-type transcriptional regulator IdnR  35.08 
 
 
332 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.125842 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  37.27 
 
 
365 aa  197  3e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4829  HTH-type transcriptional regulator IdnR  35.08 
 
 
332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.284296  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  31.71 
 
 
333 aa  196  4.0000000000000005e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4885  HTH-type transcriptional regulator IdnR  35.08 
 
 
332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4866  HTH-type transcriptional regulator IdnR  35.08 
 
 
332 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0303981  normal  0.118687 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000770  transcriptional regulator  34.59 
 
 
342 aa  195  9e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  35.4 
 
 
339 aa  194  3e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  38.51 
 
 
355 aa  193  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  34.31 
 
 
340 aa  192  5e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  34.6 
 
 
340 aa  192  7e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4527  LacI family transcription regulator  35.35 
 
 
343 aa  189  8e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.705673  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  35.71 
 
 
347 aa  188  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04130  DNA-binding transcriptional repressor, 5-gluconate-binding  33.54 
 
 
332 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.845114  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3733  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 
332 aa  187  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4520  transcriptional regulator IdnR  33.54 
 
 
332 aa  187  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000192749  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4745  transcriptional regulator IdnR  33.54 
 
 
332 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.21306  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  34.32 
 
 
345 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  34.32 
 
 
345 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  35.86 
 
 
345 aa  186  6e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1578  LacI family transcription regulator  35.22 
 
 
330 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  34.89 
 
 
345 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1796  L-idonate regulatory protein  35.22 
 
 
330 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.248054 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4642  LacI family transcription regulator  35.52 
 
 
331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0436  LacI family transcription regulator  35.17 
 
 
343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0321494  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4288  LacI family transcription regulator  36.01 
 
 
334 aa  184  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0105352  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1473  L-idonate regulatory protein  35.43 
 
 
330 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1663  LacI family transcription regulator  35.53 
 
 
345 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0296  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.53 
 
 
345 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  32.46 
 
 
340 aa  182  7e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3909  LacI family transcription regulator  36.01 
 
 
344 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.046633  normal  0.0899887 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4021  LacI family transcriptional regulator  34.23 
 
 
351 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3914  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 
351 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3976  LacI family transcriptional regulator  34.23 
 
 
351 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.637637 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4082  LacI family transcriptional regulator  34.23 
 
 
351 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  32.06 
 
 
340 aa  180  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>