More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3341 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 336 aa  679    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  64.29 
 
 		 349 aa  447  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4508  transcriptional regulator, LacI family  57.74 
 
 		 356 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6417  transcriptional regulator, LacI family  56.85 
 
 		 358 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  normal  0.308696 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  52.08 
 
 		 345 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  52.08 
 
 		 345 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  51.79 
 
 		 345 aa  342  4e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3695  LacI family transcription regulator  52.02 
 
 		 375 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4585  LacI family transcription regulator  54.43 
 
 		 335 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4081  transcriptional regulator, LacI family  51.63 
 
 		 338 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4193  transcriptional regulator, LacI family  51.63 
 
 		 338 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5038  transcriptional regulator LacI family  49.7 
 
 		 337 aa  331  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1589  alanine racemase  49.4 
 
 		 348 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000384981  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2434  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.48 
 
 		 382 aa  275  8e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1317  transcriptional regulator, LacI family  41.42 
 
 		 359 aa  248  9e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.914568 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  41.79 
 
 		 351 aa  240  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3418  LacI family transcription regulator  39.58 
 
 		 347 aa  227  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.612979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  39.76 
 
 		 356 aa  218  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  41.53 
 
 		 355 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  39.76 
 
 		 364 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0968  LacI family transcription regulator  36.36 
 
 		 357 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.026334  normal  0.828614 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.8 
 
 		 339 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  38.1 
 
 		 340 aa  211  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  38.78 
 
 		 347 aa  210  4e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  37.8 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02173  transcription regulator transcription regulator protein  37.39 
 
 		 350 aa  205  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.291337  normal  0.0882857 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  39.42 
 
 		 335 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  38.99 
 
 		 364 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  35.52 
 
 		 332 aa  202  6e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  35.61 
 
 		 340 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4527  LacI family transcription regulator  37.2 
 
 		 343 aa  200  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.705673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.47 
 
 		 364 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  34.63 
 
 		 337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  36.6 
 
 		 340 aa  197  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2770  transcriptional regulator, LacI family  36.86 
 
 		 331 aa  197  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4288  LacI family transcription regulator  36.8 
 
 		 334 aa  196  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0105352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  35.03 
 
 		 332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4652  LacI family transcription regulator  36.16 
 
 		 343 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.478263 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4642  LacI family transcription regulator  36.9 
 
 		 331 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0436  LacI family transcription regulator  36.69 
 
 		 343 aa  196  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0321494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3852  transcriptional regulator GntR  37.79 
 
 		 353 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3732  transcriptional regulator GntR  37.79 
 
 		 331 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3810  transcriptional regulator GntR  37.79 
 
 		 353 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3912  transcriptional regulator GntR  37.79 
 
 		 353 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.39666 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3743  transcriptional regulator GntR  37.79 
 
 		 353 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  33.13 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  37.79 
 
 		 332 aa  193  3e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0277  transcriptional regulator, LacI family  37.79 
 
 		 331 aa  193  4e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3721  transcriptional regulator GntR  37.79 
 
 		 331 aa  193  4e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3637  transcriptional regulator GntR  37.79 
 
 		 331 aa  193  4e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.4011  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0275  LacI family transcription regulator  37.79 
 
 		 331 aa  193  4e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4754  transcriptional regulator GntR  37.79 
 
 		 331 aa  192  5e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.939154  normal  0.56413 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 340 aa  192  8e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0311  LacI family transcription regulator  35.95 
 
 		 340 aa  191  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  36.09 
 
 		 335 aa  191  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03289  DNA-binding transcriptional repressor  37.46 
 
 		 331 aa  191  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58674  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3916  transcriptional regulator GntR  37.46 
 
 		 331 aa  191  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  34.91 
 
 		 336 aa  191  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 		 341 aa  191  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03242  hypothetical protein  37.46 
 
 		 331 aa  191  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.766873  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3887  transcriptional regulator GntR  37.46 
 
 		 331 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3846  LacI family transcription regulator  36.81 
 
 		 331 aa  190  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.58256 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 335 aa  189  4e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  38.46 
 
 		 343 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  35.71 
 
 		 341 aa  189  5e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4082  LacI family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 351 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3976  LacI family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 351 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.637637 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3914  transcriptional regulator, LacI family  34.62 
 
 		 351 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4021  LacI family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 351 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  38.46 
 
 		 354 aa  188  9e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  35.52 
 
 		 331 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33920  LacI family transcriptional regulator protein  39.12 
 
 		 388 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104484  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  34.41 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  36.53 
 
 		 342 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.46 
 
 		 356 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.108972 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1978  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.65 
 
 		 339 aa  187  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  35.71 
 
 		 345 aa  187  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  36.42 
 
 		 345 aa  186  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3909  LacI family transcription regulator  37.18 
 
 		 344 aa  186  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.046633  normal  0.0899887 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4104  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  34.41 
 
 		 331 aa  186  4e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0063  transcriptional regulator, LacI family  37.58 
 
 		 343 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  39.02 
 
 		 341 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1663  LacI family transcription regulator  36.05 
 
 		 345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  35.71 
 
 		 346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0296  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.05 
 
 		 345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  35.71 
 
 		 338 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  35.71 
 
 		 338 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  36.9 
 
 		 339 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  38.99 
 
 		 343 aa  182  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.14 
 
 		 355 aa  182  8.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  38 
 
 		 343 aa  182  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  34.03 
 
 		 350 aa  181  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  34.12 
 
 		 344 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  32.69 
 
 		 332 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.69 
 
 		 332 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  32.69 
 
 		 332 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  31.29 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  33.83 
 
 		 339 aa  178  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000770  transcriptional regulator  32.94 
 
 		 342 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4217  LacI family transcription regulator  36.16 
 
 		 335 aa  176  5e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>