More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3128 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 341 aa  695    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  75.52 
 
 		 345 aa  520  1e-146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  73.96 
 
 		 345 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1663  LacI family transcription regulator  72.62 
 
 		 345 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0296  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  72.62 
 
 		 345 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1978  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  66.37 
 
 		 339 aa  457  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0311  LacI family transcription regulator  60.36 
 
 		 340 aa  420  1e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  44.71 
 
 		 339 aa  285  5e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.75 
 
 		 355 aa  277  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4322  regulatory protein LacI  47.22 
 
 		 334 aa  272  5.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1136  LacI family transcription regulator  42.9 
 
 		 335 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.601341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4651  transcriptional regulator, LacI family  42.21 
 
 		 349 aa  256  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5013  transcriptional regulator, LacI family  45.87 
 
 		 332 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0771857  normal  0.165296 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5309  transcriptional regulator, LacI family  45.34 
 
 		 332 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.561144 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2627  LacI family transcription regulator  41.88 
 
 		 349 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.187228 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  41.1 
 
 		 365 aa  222  7e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4217  LacI family transcription regulator  39.87 
 
 		 335 aa  222  8e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  41.42 
 
 		 348 aa  216  4e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  38.56 
 
 		 349 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  36.92 
 
 		 335 aa  211  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.62 
 
 		 339 aa  205  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  32.94 
 
 		 337 aa  198  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2434  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.07 
 
 		 382 aa  196  5.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 364 aa  195  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  36.84 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  36.84 
 
 		 341 aa  193  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  36.84 
 
 		 344 aa  191  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  37.38 
 
 		 354 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  37.38 
 
 		 343 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3695  LacI family transcription regulator  34.71 
 
 		 375 aa  189  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  36.28 
 
 		 342 aa  189  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4508  transcriptional regulator, LacI family  34.67 
 
 		 356 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  35.26 
 
 		 350 aa  188  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  35.39 
 
 		 356 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  33.54 
 
 		 333 aa  187  3e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.85 
 
 		 332 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  34.85 
 
 		 332 aa  185  9e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.85 
 
 		 332 aa  185  9e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  34.85 
 
 		 332 aa  185  9e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  36.16 
 
 		 335 aa  184  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  39.02 
 
 		 336 aa  185  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  34.74 
 
 		 351 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  32.05 
 
 		 335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2770  transcriptional regulator, LacI family  34.19 
 
 		 331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  35.86 
 
 		 346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  32.18 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  31.45 
 
 		 335 aa  183  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  36.51 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 		 331 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33920  LacI family transcriptional regulator protein  36.6 
 
 		 388 aa  182  7e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104484  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6417  transcriptional regulator, LacI family  33.95 
 
 		 358 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  normal  0.308696 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  36.69 
 
 		 332 aa  182  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  34.87 
 
 		 339 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3846  LacI family transcription regulator  36.51 
 
 		 331 aa  181  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.58256 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  35 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5038  transcriptional regulator LacI family  32.25 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  35.53 
 
 		 339 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  35.37 
 
 		 345 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  34.69 
 
 		 338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4288  LacI family transcription regulator  36.36 
 
 		 334 aa  179  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0105352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3887  transcriptional regulator GntR  35.56 
 
 		 331 aa  179  7e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  35.05 
 
 		 345 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  35.05 
 
 		 345 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3912  transcriptional regulator GntR  35.42 
 
 		 353 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.39666 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3743  transcriptional regulator GntR  35.42 
 
 		 353 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3852  transcriptional regulator GntR  35.42 
 
 		 353 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3810  transcriptional regulator GntR  35.42 
 
 		 353 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  34.41 
 
 		 340 aa  179  9e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0277  transcriptional regulator, LacI family  35.56 
 
 		 331 aa  178  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4642  LacI family transcription regulator  33.97 
 
 		 331 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4754  transcriptional regulator GntR  35.56 
 
 		 331 aa  178  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.939154  normal  0.56413 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0275  LacI family transcription regulator  35.56 
 
 		 331 aa  178  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3732  transcriptional regulator GntR  35.56 
 
 		 331 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  36.71 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3637  transcriptional regulator GntR  35.56 
 
 		 331 aa  178  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.4011  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 339 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3721  transcriptional regulator GntR  35.56 
 
 		 331 aa  178  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  33.44 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4652  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.478263 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  32.92 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4585  LacI family transcription regulator  33 
 
 		 335 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03289  DNA-binding transcriptional repressor  35.56 
 
 		 331 aa  177  3e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58674  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  34.21 
 
 		 339 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  34.21 
 
 		 364 aa  177  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3916  transcriptional regulator GntR  35.56 
 
 		 331 aa  177  3e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03242  hypothetical protein  35.56 
 
 		 331 aa  177  3e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.766873  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  34.3 
 
 		 343 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.05 
 
 		 356 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.108972 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  33.23 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  32.26 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35 
 
 		 364 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0764  transcriptional regulator, LacI family  33.86 
 
 		 345 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4104  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  32.26 
 
 		 331 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3909  LacI family transcription regulator  35.25 
 
 		 344 aa  172  6.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.046633  normal  0.0899887 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  32.47 
 
 		 355 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  32.58 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  35.88 
 
 		 343 aa  169  6e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0436  LacI family transcription regulator  34.64 
 
 		 343 aa  169  9e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0321494  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0872  transcriptional regulator, LacI family  34.08 
 
 		 341 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0224  transcriptional regulator, LacI family  30.56 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>