More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5547 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  100 
 
 
342 aa  686    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  61.19 
 
 
343 aa  431  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  61.65 
 
 
354 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  61.65 
 
 
343 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  63.58 
 
 
343 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  62.87 
 
 
339 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  58.98 
 
 
338 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  58.38 
 
 
338 aa  391  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  62.57 
 
 
339 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  62.76 
 
 
339 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  62.57 
 
 
339 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  56.34 
 
 
341 aa  372  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  58.18 
 
 
346 aa  372  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.86 
 
 
364 aa  371  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  56.34 
 
 
341 aa  370  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  53.67 
 
 
364 aa  365  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  53.55 
 
 
344 aa  359  5e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  57.49 
 
 
356 aa  358  7e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.108972 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0328  LacI family transcription regulator  56.25 
 
 
341 aa  338  7e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  53.73 
 
 
343 aa  333  3e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.48 
 
 
339 aa  332  5e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  50.45 
 
 
364 aa  316  3e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  44.94 
 
 
356 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  41.9 
 
 
335 aa  233  4.0000000000000004e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  41.57 
 
 
335 aa  231  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  38.92 
 
 
348 aa  215  9e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  35.67 
 
 
350 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  34.45 
 
 
336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  38.89 
 
 
347 aa  212  7e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  36.45 
 
 
337 aa  212  7.999999999999999e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33920  LacI family transcriptional regulator protein  40.69 
 
 
388 aa  212  9e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104484  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  34.45 
 
 
332 aa  209  7e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.45 
 
 
332 aa  209  7e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  34.45 
 
 
332 aa  208  8e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  33.23 
 
 
333 aa  208  9e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  38.19 
 
 
355 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  40.98 
 
 
339 aa  207  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3976  LacI family transcriptional regulator  36.5 
 
 
351 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.637637 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4082  LacI family transcriptional regulator  36.5 
 
 
351 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4021  LacI family transcriptional regulator  36.5 
 
 
351 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3914  transcriptional regulator, LacI family  36.5 
 
 
351 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  34.35 
 
 
340 aa  204  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.15 
 
 
332 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  35.53 
 
 
340 aa  203  4e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  35.06 
 
 
335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2770  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 
331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  34.76 
 
 
331 aa  199  5e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  35.53 
 
 
340 aa  199  7e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  34.76 
 
 
332 aa  199  7e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  35.06 
 
 
332 aa  198  9e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  37.12 
 
 
351 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  39.57 
 
 
365 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  35.09 
 
 
340 aa  197  3e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  35.76 
 
 
345 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3418  LacI family transcription regulator  38.67 
 
 
347 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.612979  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.62 
 
 
355 aa  195  9e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4527  LacI family transcription regulator  35.54 
 
 
343 aa  195  9e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.705673  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  36.09 
 
 
332 aa  195  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  35.47 
 
 
345 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  35.47 
 
 
345 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0872  transcriptional regulator, LacI family  34.93 
 
 
341 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3912  transcriptional regulator GntR  35.05 
 
 
353 aa  192  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.39666 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3743  transcriptional regulator GntR  35.05 
 
 
353 aa  192  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3810  transcriptional regulator GntR  35.05 
 
 
353 aa  192  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3852  transcriptional regulator GntR  35.05 
 
 
353 aa  192  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  38.89 
 
 
345 aa  192  8e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  33.43 
 
 
335 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4766  HTH-type transcriptional regulator IdnR  33.95 
 
 
332 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0280559  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 
332 aa  191  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4217  LacI family transcription regulator  37.5 
 
 
335 aa  190  2e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4736  HTH-type transcriptional regulator IdnR  33.95 
 
 
332 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.125842 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4885  HTH-type transcriptional regulator IdnR  33.95 
 
 
332 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4866  HTH-type transcriptional regulator IdnR  33.95 
 
 
332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0303981  normal  0.118687 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4829  HTH-type transcriptional regulator IdnR  33.95 
 
 
332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.284296  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4651  transcriptional regulator, LacI family  40.24 
 
 
349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  32.72 
 
 
331 aa  189  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3732  transcriptional regulator GntR  35.29 
 
 
331 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  36.28 
 
 
341 aa  189  7e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4104  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  32.72 
 
 
331 aa  189  8e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0764  transcriptional regulator, LacI family  35.67 
 
 
345 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518847  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3846  LacI family transcription regulator  35.6 
 
 
331 aa  188  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.58256 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0224  transcriptional regulator, LacI family  33.95 
 
 
332 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  36.53 
 
 
336 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0347  transcriptional regulator, LacI family  34.65 
 
 
348 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02173  transcription regulator transcription regulator protein  34.23 
 
 
350 aa  186  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.291337  normal  0.0882857 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4754  transcriptional regulator GntR  34.37 
 
 
331 aa  186  6e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.939154  normal  0.56413 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4652  LacI family transcription regulator  33.64 
 
 
343 aa  186  7e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.478263 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1663  LacI family transcription regulator  36.34 
 
 
345 aa  186  7e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0296  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.34 
 
 
345 aa  186  7e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0277  transcriptional regulator, LacI family  34.37 
 
 
331 aa  185  8e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0275  LacI family transcription regulator  34.37 
 
 
331 aa  185  8e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3721  transcriptional regulator GntR  34.37 
 
 
331 aa  185  8e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3637  transcriptional regulator GntR  34.37 
 
 
331 aa  185  8e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.4011  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2627  LacI family transcription regulator  40.54 
 
 
349 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.187228 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4745  transcriptional regulator IdnR  33.02 
 
 
332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.21306  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3887  transcriptional regulator GntR  34.06 
 
 
331 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3733  transcriptional regulator, LacI family  32.72 
 
 
332 aa  182  6e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0249  LacI family transcription regulator  33.94 
 
 
345 aa  182  6e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4520  transcriptional regulator IdnR  32.72 
 
 
332 aa  182  6e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000192749  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3916  transcriptional regulator GntR  34.06 
 
 
331 aa  182  6e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>