More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4217 on replicon NC_009959
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009959  Dshi_4217  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 335 aa  662    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.12 
 
 		 355 aa  249  4e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  39.51 
 
 		 345 aa  243  3e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  43.93 
 
 		 339 aa  241  9e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4651  transcriptional regulator, LacI family  46.89 
 
 		 349 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  41.64 
 
 		 345 aa  236  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  39.87 
 
 		 341 aa  231  9e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1663  LacI family transcription regulator  40.33 
 
 		 345 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0296  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.33 
 
 		 345 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1978  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.51 
 
 		 339 aa  231  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2627  LacI family transcription regulator  47.21 
 
 		 349 aa  229  6e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.187228 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1136  LacI family transcription regulator  42.99 
 
 		 335 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.601341 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  38.14 
 
 		 348 aa  221  9.999999999999999e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4322  regulatory protein LacI  42.17 
 
 		 334 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0311  LacI family transcription regulator  37.01 
 
 		 340 aa  218  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  42.95 
 
 		 365 aa  215  7e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  41.3 
 
 		 335 aa  215  9e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0277  transcriptional regulator, LacI family  37.34 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0275  LacI family transcription regulator  37.34 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3721  transcriptional regulator GntR  37.34 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3637  transcriptional regulator GntR  37.34 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.4011  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4754  transcriptional regulator GntR  37.34 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.939154  normal  0.56413 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  37.14 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3852  transcriptional regulator GntR  37.03 
 
 		 353 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3912  transcriptional regulator GntR  37.03 
 
 		 353 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.39666 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3743  transcriptional regulator GntR  37.03 
 
 		 353 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3810  transcriptional regulator GntR  37.03 
 
 		 353 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3732  transcriptional regulator GntR  37.03 
 
 		 331 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5013  transcriptional regulator, LacI family  42.81 
 
 		 332 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0771857  normal  0.165296 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  38.49 
 
 		 331 aa  212  7.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03289  DNA-binding transcriptional repressor  37.03 
 
 		 331 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58674  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3887  transcriptional regulator GntR  37.03 
 
 		 331 aa  211  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03242  hypothetical protein  37.03 
 
 		 331 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.766873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3916  transcriptional regulator GntR  37.03 
 
 		 331 aa  211  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3846  LacI family transcription regulator  35.76 
 
 		 331 aa  209  4e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.58256 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5309  transcriptional regulator, LacI family  41.9 
 
 		 332 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.561144 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  38.51 
 
 		 356 aa  206  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  34.13 
 
 		 335 aa  205  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4652  LacI family transcription regulator  35.44 
 
 		 343 aa  205  1e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.478263 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  34.81 
 
 		 335 aa  202  5e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  36.86 
 
 		 336 aa  202  5e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  35.46 
 
 		 337 aa  202  7e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  34.49 
 
 		 331 aa  199  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4104  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  34.49 
 
 		 331 aa  199  7e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  37.88 
 
 		 342 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.13 
 
 		 332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  35.9 
 
 		 332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  37.5 
 
 		 343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  34.18 
 
 		 333 aa  197  3e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  38.73 
 
 		 364 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  35.13 
 
 		 332 aa  196  6e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  37.26 
 
 		 351 aa  196  6e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.13 
 
 		 332 aa  196  6e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  37.74 
 
 		 364 aa  195  9e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  34.74 
 
 		 350 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  38.46 
 
 		 339 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  36.97 
 
 		 338 aa  193  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  36.56 
 
 		 354 aa  192  6e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  36.56 
 
 		 343 aa  192  9e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  38.13 
 
 		 339 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  37.74 
 
 		 343 aa  189  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2770  transcriptional regulator, LacI family  35.13 
 
 		 331 aa  189  4e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 339 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  35.91 
 
 		 336 aa  189  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  35.02 
 
 		 343 aa  189  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  36.97 
 
 		 338 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  37.79 
 
 		 339 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0134  LacI family transcription regulator  34 
 
 		 312 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4585  LacI family transcription regulator  37 
 
 		 335 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  34.29 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5038  transcriptional regulator LacI family  36.36 
 
 		 337 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  35.91 
 
 		 349 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3695  LacI family transcription regulator  37.62 
 
 		 375 aa  186  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33920  LacI family transcriptional regulator protein  36.96 
 
 		 388 aa  184  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104484  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.44 
 
 		 356 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.108972 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  36.25 
 
 		 344 aa  184  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4193  transcriptional regulator, LacI family  37.14 
 
 		 338 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  36.71 
 
 		 346 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4081  transcriptional regulator, LacI family  37.14 
 
 		 338 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.97 
 
 		 339 aa  182  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  33.12 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  36.25 
 
 		 341 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  36.25 
 
 		 341 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  36.22 
 
 		 335 aa  179  9e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.35 
 
 		 364 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0249  LacI family transcription regulator  34.08 
 
 		 345 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  35.44 
 
 		 345 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21780  Transcriptional regulator, LacI family  33.64 
 
 		 323 aa  174  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0328  LacI family transcription regulator  38.99 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  35.13 
 
 		 345 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  35.13 
 
 		 345 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  37.46 
 
 		 355 aa  172  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0347  transcriptional regulator, LacI family  34.64 
 
 		 348 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4642  LacI family transcription regulator  34.39 
 
 		 331 aa  169  6e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4508  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 		 356 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4885  HTH-type transcriptional regulator IdnR  31.43 
 
 		 332 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  32.7 
 
 		 340 aa  169  7e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4736  HTH-type transcriptional regulator IdnR  31.43 
 
 		 332 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.125842 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4766  HTH-type transcriptional regulator IdnR  31.43 
 
 		 332 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0280559  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>