More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0328 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0328  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 341 aa  676    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  76.83 
 
 		 356 aa  496  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.108972 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  68.17 
 
 		 344 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  68.88 
 
 		 346 aa  450  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  67.87 
 
 		 341 aa  445  1.0000000000000001e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  67.87 
 
 		 341 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  65.18 
 
 		 364 aa  431  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  64.6 
 
 		 343 aa  406  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  56.25 
 
 		 342 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  55.09 
 
 		 338 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  53.87 
 
 		 354 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  53.87 
 
 		 343 aa  351  8e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  53.59 
 
 		 338 aa  345  4e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  53.27 
 
 		 343 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.33 
 
 		 339 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  55.39 
 
 		 339 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.03 
 
 		 364 aa  335  9e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  55.09 
 
 		 339 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 339 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  54.49 
 
 		 339 aa  330  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  53.87 
 
 		 343 aa  323  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  50 
 
 		 364 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  43.64 
 
 		 356 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  41.64 
 
 		 335 aa  240  2.9999999999999997e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  42.64 
 
 		 335 aa  238  8e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  41.55 
 
 		 348 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0764  transcriptional regulator, LacI family  38.95 
 
 		 345 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518847  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33920  LacI family transcriptional regulator protein  42.77 
 
 		 388 aa  212  7e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104484  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  43.24 
 
 		 365 aa  209  5e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  36.92 
 
 		 332 aa  209  7e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  38.66 
 
 		 345 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  38.66 
 
 		 345 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  37.88 
 
 		 339 aa  206  7e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  38.66 
 
 		 345 aa  205  8e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0872  transcriptional regulator, LacI family  37.8 
 
 		 341 aa  205  8e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  33.54 
 
 		 335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  32.93 
 
 		 335 aa  200  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  36.72 
 
 		 331 aa  199  7e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  39.08 
 
 		 355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1136  LacI family transcription regulator  41.28 
 
 		 335 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.601341 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  40.07 
 
 		 345 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0347  transcriptional regulator, LacI family  36.21 
 
 		 348 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1663  LacI family transcription regulator  40.07 
 
 		 345 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  35.58 
 
 		 340 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0296  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.07 
 
 		 345 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  34.76 
 
 		 350 aa  194  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.49 
 
 		 355 aa  192  5e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  37.09 
 
 		 336 aa  192  7e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1125  transcriptional repressor LacI family  35.61 
 
 		 343 aa  191  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00370144  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4642  LacI family transcription regulator  37.8 
 
 		 331 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  31.71 
 
 		 336 aa  189  4e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1978  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.93 
 
 		 339 aa  188  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2770  transcriptional regulator, LacI family  35.06 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  32.32 
 
 		 333 aa  186  4e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5038  transcriptional regulator LacI family  35.56 
 
 		 337 aa  185  8e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 340 aa  185  9e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  37 
 
 		 351 aa  185  9e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4508  transcriptional regulator, LacI family  34.2 
 
 		 356 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  34.14 
 
 		 332 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  32.32 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  32.62 
 
 		 337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2627  LacI family transcription regulator  38.46 
 
 		 349 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.187228 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  37.83 
 
 		 347 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3695  LacI family transcription regulator  37.61 
 
 		 375 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 332 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.63 
 
 		 332 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  32.63 
 
 		 332 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  35.92 
 
 		 349 aa  182  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.33 
 
 		 332 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  36.1 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4217  LacI family transcription regulator  38.14 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0968  LacI family transcription regulator  35.75 
 
 		 357 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.026334  normal  0.828614 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000770  transcriptional regulator  32.84 
 
 		 342 aa  179  7e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4651  transcriptional regulator, LacI family  37.61 
 
 		 349 aa  179  9e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0436  LacI family transcription regulator  35.78 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0321494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3418  LacI family transcription regulator  36.14 
 
 		 347 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.612979  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6417  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 358 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  normal  0.308696 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2434  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.29 
 
 		 382 aa  176  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4585  LacI family transcription regulator  38.54 
 
 		 335 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0249  LacI family transcription regulator  35.83 
 
 		 345 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  35.5 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0224  transcriptional regulator, LacI family  34.55 
 
 		 332 aa  172  5e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4021  LacI family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 351 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4766  HTH-type transcriptional regulator IdnR  33.85 
 
 		 332 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0280559  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4829  HTH-type transcriptional regulator IdnR  33.85 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.284296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4082  LacI family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 351 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3976  LacI family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 351 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.637637 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4745  transcriptional regulator IdnR  32.92 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.21306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3914  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 351 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  31.91 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4885  HTH-type transcriptional regulator IdnR  33.54 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4652  LacI family transcription regulator  31.79 
 
 		 343 aa  170  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.478263 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4736  HTH-type transcriptional regulator IdnR  33.54 
 
 		 332 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.125842 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4866  HTH-type transcriptional regulator IdnR  33.54 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0303981  normal  0.118687 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4193  transcriptional regulator, LacI family  35.56 
 
 		 338 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4081  transcriptional regulator, LacI family  35.56 
 
 		 338 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4104  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  31.91 
 
 		 331 aa  169  5e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04130  DNA-binding transcriptional repressor, 5-gluconate-binding  32.31 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.845114  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4520  transcriptional regulator IdnR  32.31 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000192749  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>