More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_0224 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_0224  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 332 aa  681    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4829  HTH-type transcriptional regulator IdnR  69.28 
 
 		 332 aa  495  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.284296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4736  HTH-type transcriptional regulator IdnR  68.98 
 
 		 332 aa  494  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.125842 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4885  HTH-type transcriptional regulator IdnR  68.98 
 
 		 332 aa  494  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4766  HTH-type transcriptional regulator IdnR  68.98 
 
 		 332 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0280559  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4866  HTH-type transcriptional regulator IdnR  68.98 
 
 		 332 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0303981  normal  0.118687 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04130  DNA-binding transcriptional repressor, 5-gluconate-binding  68.07 
 
 		 332 aa  482  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.845114  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3733  transcriptional regulator, LacI family  68.07 
 
 		 332 aa  482  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4520  transcriptional regulator IdnR  68.07 
 
 		 332 aa  482  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000192749  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4745  transcriptional regulator IdnR  67.77 
 
 		 332 aa  480  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.21306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1473  L-idonate regulatory protein  54.13 
 
 		 330 aa  335  3.9999999999999995e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1796  L-idonate regulatory protein  52.11 
 
 		 330 aa  335  3.9999999999999995e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.248054 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1578  LacI family transcription regulator  53.8 
 
 		 330 aa  335  5.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  49.55 
 
 		 333 aa  329  3e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3289  LacI family transcription regulator  49.1 
 
 		 327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  45.92 
 
 		 336 aa  323  2e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.53 
 
 		 332 aa  322  6e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  46.08 
 
 		 331 aa  322  6e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  46.39 
 
 		 332 aa  322  8e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4104  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  46.08 
 
 		 331 aa  321  9.999999999999999e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  45.92 
 
 		 332 aa  319  5e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  45.92 
 
 		 332 aa  319  5e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.92 
 
 		 332 aa  319  5e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2770  transcriptional regulator, LacI family  46.99 
 
 		 331 aa  318  1e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4652  LacI family transcription regulator  46.39 
 
 		 343 aa  314  1.9999999999999998e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.478263 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  45.78 
 
 		 350 aa  311  1e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  45.48 
 
 		 331 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  43.5 
 
 		 332 aa  309  5e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3810  transcriptional regulator GntR  46.39 
 
 		 353 aa  306  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3732  transcriptional regulator GntR  46.39 
 
 		 331 aa  306  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3912  transcriptional regulator GntR  46.39 
 
 		 353 aa  306  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.39666 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3852  transcriptional regulator GntR  46.39 
 
 		 353 aa  306  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3743  transcriptional regulator GntR  46.39 
 
 		 353 aa  306  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0277  transcriptional regulator, LacI family  46.69 
 
 		 331 aa  306  3e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0275  LacI family transcription regulator  46.69 
 
 		 331 aa  306  3e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3637  transcriptional regulator GntR  46.69 
 
 		 331 aa  306  3e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.4011  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4754  transcriptional regulator GntR  46.69 
 
 		 331 aa  306  3e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.939154  normal  0.56413 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3721  transcriptional regulator GntR  46.69 
 
 		 331 aa  306  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  43.5 
 
 		 335 aa  306  4.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3887  transcriptional regulator GntR  46.69 
 
 		 331 aa  305  6e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03289  DNA-binding transcriptional repressor  46.39 
 
 		 331 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58674  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3916  transcriptional regulator GntR  46.39 
 
 		 331 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03242  hypothetical protein  46.39 
 
 		 331 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.766873  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  44.88 
 
 		 332 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  43.2 
 
 		 335 aa  301  7.000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3846  LacI family transcription regulator  46.08 
 
 		 331 aa  301  8.000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.58256 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0134  LacI family transcription regulator  45.69 
 
 		 312 aa  300  3e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  45.32 
 
 		 337 aa  299  5e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  38.58 
 
 		 335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  35.06 
 
 		 356 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  35.69 
 
 		 364 aa  205  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  35.08 
 
 		 343 aa  202  7e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  34.66 
 
 		 354 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  35.08 
 
 		 344 aa  196  6e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  34.36 
 
 		 343 aa  194  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  35.38 
 
 		 364 aa  193  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  34.57 
 
 		 338 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  34.98 
 
 		 343 aa  188  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  33.95 
 
 		 342 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  33.95 
 
 		 338 aa  187  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4651  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 349 aa  186  7e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0063  transcriptional regulator, LacI family  32.74 
 
 		 343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  32.31 
 
 		 348 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  35.78 
 
 		 339 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 339 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  34.77 
 
 		 339 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1136  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 335 aa  182  7e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.601341 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  34.77 
 
 		 339 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1663  LacI family transcription regulator  32.35 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0296  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.35 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1317  transcriptional regulator, LacI family  31.47 
 
 		 359 aa  181  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.914568 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  33.85 
 
 		 343 aa  181  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2847  LacI family transcription regulator  31.73 
 
 		 339 aa  180  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000654986  normal  0.737753 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0968  LacI family transcription regulator  33.94 
 
 		 357 aa  180  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.026334  normal  0.828614 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2586  regulatory protein LacI  30.67 
 
 		 339 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00126886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2486  regulatory protein, LacI  30.67 
 
 		 339 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764665  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2574  regulatory protein LacI  30.67 
 
 		 339 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00791784  normal  0.519632 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2695  regulatory protein LacI  30.67 
 
 		 339 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0362196  normal  0.839306 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2532  regulatory protein LacI  30.67 
 
 		 339 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000782383  normal  0.6775 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.88 
 
 		 355 aa  179  7e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2627  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 349 aa  178  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.187228 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  32.02 
 
 		 345 aa  178  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0311  LacI family transcription regulator  33.12 
 
 		 340 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4322  regulatory protein LacI  32.49 
 
 		 334 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  32.24 
 
 		 345 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  31.89 
 
 		 340 aa  175  9e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  34.03 
 
 		 365 aa  175  9e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3976  LacI family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.637637 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  32.41 
 
 		 335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3914  transcriptional regulator, LacI family  31.46 
 
 		 351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4021  LacI family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4082  LacI family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5038  transcriptional regulator LacI family  33.97 
 
 		 337 aa  170  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1978  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.6 
 
 		 339 aa  170  3e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  30.56 
 
 		 341 aa  168  9e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  31.42 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  33.01 
 
 		 349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.08 
 
 		 364 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  29.79 
 
 		 339 aa  166  6.9999999999999995e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0872  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>