More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3887 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03289  DNA-binding transcriptional repressor  98.79 
 
 		 331 aa  669    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58674  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0275  LacI family transcription regulator  99.09 
 
 		 331 aa  671    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0277  transcriptional regulator, LacI family  99.09 
 
 		 331 aa  671    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3732  transcriptional regulator GntR  96.98 
 
 		 331 aa  662    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3916  transcriptional regulator GntR  98.79 
 
 		 331 aa  669    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3721  transcriptional regulator GntR  99.09 
 
 		 331 aa  671    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03242  hypothetical protein  98.79 
 
 		 331 aa  669    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.766873  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4754  transcriptional regulator GntR  99.4 
 
 		 331 aa  672    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.939154  normal  0.56413 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3887  transcriptional regulator GntR  100 
 
 		 331 aa  680    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3912  transcriptional regulator GntR  96.98 
 
 		 353 aa  662    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.39666 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3810  transcriptional regulator GntR  96.98 
 
 		 353 aa  662    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3637  transcriptional regulator GntR  99.09 
 
 		 331 aa  671    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.4011  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3852  transcriptional regulator GntR  96.98 
 
 		 353 aa  662    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3743  transcriptional regulator GntR  96.98 
 
 		 353 aa  662    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3846  LacI family transcription regulator  93.96 
 
 		 331 aa  648    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.58256 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4652  LacI family transcription regulator  79.76 
 
 		 343 aa  563  1.0000000000000001e-159  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.478263 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  78.85 
 
 		 331 aa  550  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4104  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  78.85 
 
 		 331 aa  550  1e-155  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0134  LacI family transcription regulator  77.88 
 
 		 312 aa  514  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2770  transcriptional regulator, LacI family  74.02 
 
 		 331 aa  511  1e-144  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  73.11 
 
 		 332 aa  506  9.999999999999999e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  72.81 
 
 		 332 aa  500  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  71.9 
 
 		 331 aa  492  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  62.73 
 
 		 336 aa  446  1.0000000000000001e-124  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  59.39 
 
 		 332 aa  424  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  59.39 
 
 		 332 aa  424  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  59.39 
 
 		 332 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  59.09 
 
 		 332 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  58.31 
 
 		 350 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  53.33 
 
 		 333 aa  375  1e-103  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  50 
 
 		 337 aa  347  1e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  50 
 
 		 332 aa  346  4e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  49.7 
 
 		 335 aa  346  4e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  49.09 
 
 		 335 aa  343  2e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0224  transcriptional regulator, LacI family  46.69 
 
 		 332 aa  305  6e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04130  DNA-binding transcriptional repressor, 5-gluconate-binding  45.78 
 
 		 332 aa  298  7e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.845114  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3733  transcriptional regulator, LacI family  45.78 
 
 		 332 aa  298  7e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4520  transcriptional regulator IdnR  45.78 
 
 		 332 aa  298  7e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000192749  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4829  HTH-type transcriptional regulator IdnR  45.78 
 
 		 332 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.284296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4745  transcriptional regulator IdnR  45.78 
 
 		 332 aa  297  1e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.21306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4885  HTH-type transcriptional regulator IdnR  45.48 
 
 		 332 aa  297  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4766  HTH-type transcriptional regulator IdnR  45.48 
 
 		 332 aa  297  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0280559  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4736  HTH-type transcriptional regulator IdnR  45.48 
 
 		 332 aa  297  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.125842 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4866  HTH-type transcriptional regulator IdnR  45.18 
 
 		 332 aa  295  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0303981  normal  0.118687 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3289  LacI family transcription regulator  44.71 
 
 		 327 aa  281  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1473  L-idonate regulatory protein  44.71 
 
 		 330 aa  278  7e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1578  LacI family transcription regulator  44.41 
 
 		 330 aa  277  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1796  L-idonate regulatory protein  44.11 
 
 		 330 aa  276  4e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.248054 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  41.93 
 
 		 335 aa  256  4e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  40.56 
 
 		 335 aa  226  5.0000000000000005e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  39.69 
 
 		 354 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  39.38 
 
 		 343 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4651  transcriptional regulator, LacI family  38.07 
 
 		 349 aa  209  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  36.11 
 
 		 364 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  37.23 
 
 		 356 aa  206  6e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  37.15 
 
 		 338 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.42 
 
 		 339 aa  202  6e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  35.69 
 
 		 348 aa  201  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0968  LacI family transcription regulator  36.68 
 
 		 357 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.026334  normal  0.828614 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  36.53 
 
 		 338 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  35.6 
 
 		 343 aa  199  5e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4217  LacI family transcription regulator  37.18 
 
 		 335 aa  199  6e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  37.08 
 
 		 365 aa  198  9e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1136  LacI family transcription regulator  36.59 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.601341 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33920  LacI family transcriptional regulator protein  36.25 
 
 		 388 aa  193  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104484  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  36.88 
 
 		 343 aa  192  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000770  transcriptional regulator  34.89 
 
 		 342 aa  192  5e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0063  transcriptional regulator, LacI family  35.03 
 
 		 343 aa  192  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1663  LacI family transcription regulator  36.26 
 
 		 345 aa  192  9e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0296  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.26 
 
 		 345 aa  192  9e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 339 aa  191  1e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  36.95 
 
 		 345 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2847  LacI family transcription regulator  37.13 
 
 		 339 aa  191  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000654986  normal  0.737753 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.37 
 
 		 364 aa  190  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4322  regulatory protein LacI  36.42 
 
 		 334 aa  190  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  36.92 
 
 		 343 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  37.46 
 
 		 336 aa  190  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2627  LacI family transcription regulator  35.65 
 
 		 349 aa  189  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.187228 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2586  regulatory protein LacI  37.05 
 
 		 339 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00126886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2486  regulatory protein, LacI  37.05 
 
 		 339 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764665  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2695  regulatory protein LacI  37.05 
 
 		 339 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0362196  normal  0.839306 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2574  regulatory protein LacI  37.05 
 
 		 339 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00791784  normal  0.519632 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2532  regulatory protein LacI  37.05 
 
 		 339 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000782383  normal  0.6775 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2058  transcriptional regulator of LacI family protein  33.43 
 
 		 341 aa  187  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.241657 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  34.98 
 
 		 364 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  35.38 
 
 		 344 aa  186  6e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  34.06 
 
 		 342 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  33.13 
 
 		 345 aa  182  8.000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.13 
 
 		 355 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  35.56 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0347  transcriptional regulator, LacI family  30.82 
 
 		 348 aa  179  8e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21780  Transcriptional regulator, LacI family  31.53 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  35.29 
 
 		 339 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  35.62 
 
 		 349 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  31.35 
 
 		 351 aa  176  5e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 339 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0311  LacI family transcription regulator  31.93 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  35.69 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  35.38 
 
 		 339 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  34.45 
 
 		 345 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>