185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3532 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3532  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 339 aa  685    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.895947 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3771  transcriptional regulator, LacI family  44.67 
 
 		 341 aa  250  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.613992  normal  0.844233 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3354  transcriptional regulator, LacI family  45.03 
 
 		 343 aa  248  8e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0982128  normal  0.108787 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3591  regulatory protein LacI  42.9 
 
 		 339 aa  246  3e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.75735  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2767  transcriptional regulator, LacI family  44.12 
 
 		 347 aa  246  4e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.948388  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2615  regulatory protein, LacI  41.72 
 
 		 336 aa  239  5.999999999999999e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.546445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3966  regulatory protein, LacI  42.06 
 
 		 336 aa  237  2e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2405  transcriptional regulator, LacI family  44.84 
 
 		 366 aa  236  6e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3483  transcriptional regulator, LacI family  45.72 
 
 		 342 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.617656 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26190  LacI regulatory protein  40.41 
 
 		 340 aa  218  8.999999999999998e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3746  regulatory protein LacI  38.26 
 
 		 345 aa  199  7e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.503845  normal  0.0129962 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1852  regulatory protein, LacI  40.36 
 
 		 337 aa  191  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.206748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3990  LacI family transcription regulator  31.05 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2039  regulatory protein LacI  29.86 
 
 		 345 aa  122  9e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  0.671678 
 
 
-
 
NC_004310  BR0549  LacI family transcription regulator  29.29 
 
 		 343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.140598  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0551  LacI family transcription regulator  28.66 
 
 		 340 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3911  LacI family transcription regulator  29.71 
 
 		 357 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3413  regulatory protein LacI  28.19 
 
 		 343 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1949  transcriptional regulator, LacI family  27.79 
 
 		 351 aa  115  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3711  transcriptional regulator, LacI family  31.61 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.535125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1455  regulatory protein, LacI  29.67 
 
 		 356 aa  113  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3413  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 340 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.603952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  28.61 
 
 		 351 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2712  LacI family transcription regulator  28.66 
 
 		 342 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0036  LacI family transcription regulator  29.23 
 
 		 354 aa  109  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  28.02 
 
 		 351 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2322  regulatory protein, LacI  26.47 
 
 		 357 aa  102  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3285  LacI family transcription regulator  27.8 
 
 		 377 aa  96.3  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795711 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6779  LacI family transcription regulator  26.55 
 
 		 343 aa  95.9  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.156917 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6372  LacI family transcription regulator  26.81 
 
 		 339 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.787329  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5753  regulatory protein LacI  29.28 
 
 		 335 aa  94.4  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0380737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6011  LacI family transcription regulator  28.7 
 
 		 354 aa  93.6  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.459329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2296  transcriptional regulator, LacI family  29.56 
 
 		 333 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.413122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3305  LacI family transcription regulator  30.5 
 
 		 350 aa  90.5  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0917  regulatory protein LacI  24.33 
 
 		 330 aa  88.6  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3834  transcriptional regulator LacI family  30.21 
 
 		 346 aa  88.2  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0515953  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2736  LacI family transcription regulator  30.42 
 
 		 363 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.871299  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1050  transcriptional regulator, LacI family  26.65 
 
 		 346 aa  88.6  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.190777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0698  LacI family transcription regulator  27.8 
 
 		 342 aa  87.4  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2492  LacI family transcription regulator  29.43 
 
 		 333 aa  86.7  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.804528  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5008  regulatory protein LacI  26.04 
 
 		 343 aa  85.9  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0284302 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5639  transcriptional regulator, LacI family  27.51 
 
 		 339 aa  85.9  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3017  transcriptional regulator, LacI family  28.09 
 
 		 350 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0238556  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2072  LacI family transcription regulator  29.22 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.538239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2683  LacI family transcription regulator  29.22 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2053  LacI family transcription regulator  27.33 
 
 		 345 aa  85.1  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0614  LacI family transcription regulator  28 
 
 		 353 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2712  LacI family transcription regulator  28.9 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.539864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50220  LacI regulatory protein  26.72 
 
 		 379 aa  78.2  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6027  transcriptional regulator, LacI family  29.37 
 
 		 342 aa  77.4  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0254846  normal  0.41211 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2766  LacI family transcription regulator  32.17 
 
 		 336 aa  77.4  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2792  regulatory protein LacI  28.92 
 
 		 345 aa  76.6  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.527889 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1274  transcriptional regulator, LacI family  29 
 
 		 352 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.128748  normal  0.551853 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7182  transcriptional regulator, LacI family  29.15 
 
 		 342 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798243  normal  0.0583699 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  24.77 
 
 		 352 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4494  transcriptional regulator, LacI family  24.35 
 
 		 352 aa  68.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.393877 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7811  transcriptional regulator, LacI family  24.15 
 
 		 342 aa  65.9  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1685  regulatory protein, LacI  25.07 
 
 		 334 aa  65.1  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0347621  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5026  transcriptional regulator, LacI family  26.1 
 
 		 348 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1700  regulatory protein LacI  22.52 
 
 		 354 aa  61.2  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107913  normal  0.016401 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  29.33 
 
 		 337 aa  57.8  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0157  transcriptional regulator, LacI family  21.69 
 
 		 344 aa  55.8  0.0000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4111  regulatory protein LacI  19.94 
 
 		 358 aa  55.5  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  27.4 
 
 		 343 aa  54.7  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1440  maltose operon repressor MalR, putative  28.37 
 
 		 342 aa  54.3  0.000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0132709  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4043  transcriptional regulator, LacI family  26.08 
 
 		 373 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19190  transcriptional regulator, LacI family  24.64 
 
 		 346 aa  53.5  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.329704  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4879  transcriptional regulator, LacI family  24.52 
 
 		 354 aa  53.5  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.77144  normal  0.328602 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09440  regulatory protein LacI  21 
 
 		 364 aa  53.5  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00329545  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4170  LacI family transcription regulator  24.82 
 
 		 368 aa  53.1  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.88 
 
 		 349 aa  52.8  0.000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1846  LacI family transcription regulator  25.96 
 
 		 324 aa  52  0.00001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0432  trehalose repressor  53.33 
 
 		 317 aa  52.4  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0534  trehalose repressor  53.33 
 
 		 315 aa  52  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1162  trehalose repressor  53.33 
 
 		 317 aa  52.4  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.949155 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0496  trehalose repressor  53.33 
 
 		 317 aa  52.4  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  24.57 
 
 		 336 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  27.23 
 
 		 325 aa  51.6  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  23.08 
 
 		 340 aa  51.2  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1250  LacI family transcription regulator  29.72 
 
 		 356 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.101547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0782  regulatory protein, LacI  23.33 
 
 		 327 aa  50.4  0.00004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.77 
 
 		 330 aa  50.4  0.00004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  26.96 
 
 		 361 aa  49.3  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0759  transcriptional regulator, LacI family  29.91 
 
 		 354 aa  49.7  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.132635  normal  0.153259 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3324  LacI family transcription regulator  31.4 
 
 		 347 aa  48.9  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370251  normal  0.267565 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0763  regulatory protein, LacI  44.9 
 
 		 320 aa  48.9  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  27.78 
 
 		 337 aa  48.9  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1983  LacI family transcription regulator  28.28 
 
 		 360 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104986 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  51.79 
 
 		 342 aa  48.5  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  26.67 
 
 		 324 aa  48.5  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  52.38 
 
 		 336 aa  47.8  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  23.76 
 
 		 342 aa  47.4  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0693  transcriptional regulator, LacI family  27.55 
 
 		 354 aa  47.4  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.98 
 
 		 338 aa  47  0.0005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4733  transcriptional regulator, LacI family  27.17 
 
 		 341 aa  46.6  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.396374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  58.54 
 
 		 333 aa  46.2  0.0007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  45.28 
 
 		 386 aa  46.2  0.0008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.44 
 
 		 339 aa  46.2  0.0008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4322  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  25.82 
 
 		 325 aa  46.2  0.0009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.17 
 
 		 347 aa  45.4  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>