More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1060 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 352 aa  730    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09440  regulatory protein LacI  29.6 
 
 		 364 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00329545  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0444  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 368 aa  140  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.104683 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0908  LacI family transcription regulator  27.95 
 
 		 357 aa  135  7.000000000000001e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0876501  normal  0.0330797 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19190  transcriptional regulator, LacI family  29.34 
 
 		 346 aa  135  9e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.329704  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2712  LacI family transcription regulator  27.68 
 
 		 342 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3990  LacI family transcription regulator  26.09 
 
 		 349 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4879  transcriptional regulator, LacI family  29.55 
 
 		 354 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.77144  normal  0.328602 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  27.22 
 
 		 351 aa  126  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2039  regulatory protein LacI  30 
 
 		 345 aa  125  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  0.671678 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  26.9 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0157  transcriptional regulator, LacI family  26.8 
 
 		 344 aa  124  3e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3911  LacI family transcription regulator  26.78 
 
 		 357 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5753  regulatory protein LacI  30.15 
 
 		 335 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0380737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6779  LacI family transcription regulator  28.41 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.156917 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1455  regulatory protein, LacI  25.94 
 
 		 356 aa  118  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4494  transcriptional regulator, LacI family  28.7 
 
 		 352 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.393877 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1949  transcriptional regulator, LacI family  24.86 
 
 		 351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0036  LacI family transcription regulator  26.77 
 
 		 354 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3711  transcriptional regulator, LacI family  27.19 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.535125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.58 
 
 		 338 aa  109  6e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1700  regulatory protein LacI  24.93 
 
 		 354 aa  108  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107913  normal  0.016401 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0698  LacI family transcription regulator  27.27 
 
 		 342 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3413  regulatory protein LacI  26.27 
 
 		 343 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0549  LacI family transcription regulator  25.71 
 
 		 343 aa  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.140598  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6372  LacI family transcription regulator  27 
 
 		 339 aa  106  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.787329  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3413  transcriptional regulator, LacI family  25.47 
 
 		 340 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.603952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.26 
 
 		 337 aa  105  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3834  transcriptional regulator LacI family  26.51 
 
 		 346 aa  103  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0515953  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5744  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  26.48 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.68 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1274  transcriptional regulator, LacI family  27.64 
 
 		 352 aa  100  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.128748  normal  0.551853 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.12 
 
 		 337 aa  100  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5639  transcriptional regulator, LacI family  26.16 
 
 		 339 aa  100  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1668  ABC transporter sugar-binding protein  28.63 
 
 		 331 aa  99.4  8e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0551  LacI family transcription regulator  25.71 
 
 		 340 aa  99  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  26.97 
 
 		 307 aa  98.6  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5026  transcriptional regulator, LacI family  25.85 
 
 		 348 aa  96.7  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.09 
 
 		 336 aa  96.3  7e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2792  regulatory protein LacI  25.23 
 
 		 345 aa  96.3  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.527889 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2264  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.27 
 
 		 345 aa  95.9  9e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000366985  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1890  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.4 
 
 		 351 aa  95.5  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.74 
 
 		 323 aa  95.5  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.74 
 
 		 323 aa  95.5  1e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02650  D-ribose-binding periplasmic protein  29.69 
 
 		 357 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3966  regulatory protein, LacI  25.28 
 
 		 336 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02611  hypothetical protein  29.69 
 
 		 316 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.79 
 
 		 331 aa  94.4  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3305  LacI family transcription regulator  26.77 
 
 		 350 aa  94  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4043  transcriptional regulator, LacI family  23.15 
 
 		 373 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2615  regulatory protein, LacI  25.86 
 
 		 336 aa  92.4  9e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.546445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1148  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.21 
 
 		 336 aa  91.3  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.907007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4111  regulatory protein LacI  26.47 
 
 		 358 aa  90.9  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26190  LacI regulatory protein  22.07 
 
 		 340 aa  90.5  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  27.56 
 
 		 289 aa  90.1  5e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.47 
 
 		 349 aa  90.1  6e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1187  sugar ABC transporter (sugar-binding protein)  28.45 
 
 		 337 aa  89.7  7e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.287912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1685  regulatory protein, LacI  28.38 
 
 		 334 aa  89.7  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0347621  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3216  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.03 
 
 		 331 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.990637  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5008  regulatory protein LacI  26.64 
 
 		 343 aa  89.4  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0284302 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0393  sugar ABC transporter (sugar-binding protein)  26.74 
 
 		 321 aa  89  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0917  regulatory protein LacI  25.08 
 
 		 330 aa  88.2  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3017  transcriptional regulator, LacI family  26.06 
 
 		 350 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0238556  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1600  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.61 
 
 		 342 aa  87.4  3e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2322  regulatory protein, LacI  25.41 
 
 		 357 aa  87.4  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  26.09 
 
 		 307 aa  87.4  4e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  26.14 
 
 		 308 aa  87  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2766  LacI family transcription regulator  25.63 
 
 		 336 aa  86.7  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  28.03 
 
 		 333 aa  86.3  7e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 		 321 aa  86.3  7e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.03 
 
 		 333 aa  86.3  7e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6027  transcriptional regulator, LacI family  26.6 
 
 		 342 aa  86.3  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0254846  normal  0.41211 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3771  transcriptional regulator, LacI family  27.54 
 
 		 341 aa  86.3  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.613992  normal  0.844233 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  25.76 
 
 		 308 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  25.76 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  28.5 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  25 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  25.38 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7811  transcriptional regulator, LacI family  25 
 
 		 342 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  27.13 
 
 		 335 aa  84.3  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  26.39 
 
 		 341 aa  83.6  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.4 
 
 		 342 aa  82.8  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  25.7 
 
 		 344 aa  82.8  0.000000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7182  transcriptional regulator, LacI family  26.07 
 
 		 342 aa  82.8  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798243  normal  0.0583699 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0580  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  28.74 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2582  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.74 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50220  LacI regulatory protein  26.52 
 
 		 379 aa  81.6  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2767  transcriptional regulator, LacI family  24.13 
 
 		 347 aa  81.6  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.948388  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  27.18 
 
 		 338 aa  81.3  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  24.85 
 
 		 386 aa  80.9  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  26.92 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7473  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  30.81 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0461677  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  28.74 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0579  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  28.74 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.196661  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  28.74 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0726  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  28.74 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9854199999999997e-37 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2446  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.78 
 
 		 372 aa  80.5  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0237495  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3432  transcriptional regulator, LacI family  25.59 
 
 		 336 aa  80.5  0.00000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000329456  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  26.71 
 
 		 332 aa  80.5  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  29.02 
 
 		 336 aa  80.1  0.00000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>