More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7473 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7473  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  100 
 
 
319 aa  620  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0461677  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  78.93 
 
 
317 aa  488  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221092 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3687  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  67.92 
 
 
310 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.743219  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3422  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  67.61 
 
 
310 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.544688  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1480  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  60.58 
 
 
312 aa  328  6e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2582  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55 
 
 
322 aa  304  1.0000000000000001e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0776  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.35 
 
 
314 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.91 
 
 
311 aa  124  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.59 
 
 
319 aa  123  4e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  32.83 
 
 
289 aa  120  3e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  31.33 
 
 
295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  31.58 
 
 
308 aa  119  7e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.66 
 
 
311 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  30.66 
 
 
292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  29.71 
 
 
307 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.67 
 
 
321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  30.66 
 
 
292 aa  109  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  30.22 
 
 
315 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.89 
 
 
308 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  33.21 
 
 
322 aa  107  3e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  29.1 
 
 
306 aa  107  3e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.15 
 
 
315 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.69 
 
 
316 aa  105  8e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2399  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  29.86 
 
 
310 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.59 
 
 
329 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.06 
 
 
324 aa  105  1e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.31 
 
 
328 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0612  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.47 
 
 
326 aa  103  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  30.77 
 
 
307 aa  102  8e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1890  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.11 
 
 
351 aa  102  8e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  28.88 
 
 
292 aa  101  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02440  predicted sugar transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  30 
 
 
327 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1120  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.45 
 
 
327 aa  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.04 
 
 
343 aa  101  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30 
 
 
327 aa  100  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  29.63 
 
 
292 aa  101  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3781  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30 
 
 
327 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02404  hypothetical protein  30 
 
 
327 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.406743  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  29.53 
 
 
296 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2701  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  29.68 
 
 
327 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  29.49 
 
 
296 aa  99.4  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.55 
 
 
320 aa  99  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  28.82 
 
 
296 aa  98.6  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3541  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.7 
 
 
313 aa  98.6  1e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.01 
 
 
308 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2833  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.51 
 
 
314 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.01 
 
 
308 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.01 
 
 
308 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.01 
 
 
308 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.22 
 
 
323 aa  98.2  2e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.22 
 
 
323 aa  98.2  2e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.5 
 
 
337 aa  97.4  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3592  monosaccharide-transporting ATPase  33.09 
 
 
342 aa  97.1  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.986121 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  27.53 
 
 
294 aa  97.1  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.12 
 
 
318 aa  96.3  6e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00471967  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2035  Monosaccharide-transporting ATPase  29.37 
 
 
309 aa  95.9  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50140  Periplasmic substrate-binding protein of sugar ABC transporter  27.41 
 
 
310 aa  95.9  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2700  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.17 
 
 
314 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  28.94 
 
 
307 aa  95.5  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.15 
 
 
337 aa  94.4  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5971  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  29.68 
 
 
341 aa  94.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00726122  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  28.29 
 
 
295 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.04 
 
 
309 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  0.048401 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4581  Monosaccharide-transporting ATPase  30.67 
 
 
334 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000000318793  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.97 
 
 
320 aa  94.7  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  27.85 
 
 
295 aa  94  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6252  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.1 
 
 
326 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.99678 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  30.51 
 
 
312 aa  93.6  4e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  28.81 
 
 
296 aa  92  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  27.68 
 
 
316 aa  91.7  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  28.81 
 
 
296 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  28.81 
 
 
296 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.34 
 
 
301 aa  91.3  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  28.81 
 
 
296 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  28.81 
 
 
296 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  28.81 
 
 
296 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  28.81 
 
 
294 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  28.81 
 
 
294 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3183  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.02 
 
 
308 aa  90.5  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.236625  normal  0.225652 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.04 
 
 
338 aa  90.9  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.62 
 
 
331 aa  90.9  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0894  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  31.82 
 
 
333 aa  90.5  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  26.74 
 
 
299 aa  89.7  6e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.17 
 
 
346 aa  89  9e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  28.96 
 
 
296 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0368  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.29 
 
 
338 aa  88.6  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0505  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.84 
 
 
339 aa  88.6  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.298417  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5133  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  28.3 
 
 
313 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  28.12 
 
 
296 aa  89  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3345  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.31 
 
 
313 aa  87.8  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341454  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3558  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.27 
 
 
336 aa  87.8  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.617929  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0069  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.87 
 
 
343 aa  88.2  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  28.81 
 
 
296 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  28.81 
 
 
296 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  28.81 
 
 
296 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  28.81 
 
 
296 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  29.01 
 
 
308 aa  87.4  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.32 
 
 
326 aa  87.4  3e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.75738  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  29.01 
 
 
308 aa  87.4  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3419  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.62 
 
 
302 aa  87.4  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.172259  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>