More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000339 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  100 
 
 
292 aa  580  1.0000000000000001e-165  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  96.23 
 
 
292 aa  561  1.0000000000000001e-159  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  88.01 
 
 
294 aa  526  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  88.01 
 
 
292 aa  505  9.999999999999999e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  76.37 
 
 
292 aa  457  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  70.79 
 
 
299 aa  436  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  72.7 
 
 
296 aa  431  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  72.7 
 
 
296 aa  431  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  72.7 
 
 
296 aa  431  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  72.7 
 
 
294 aa  431  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  72.7 
 
 
296 aa  431  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  72.7 
 
 
294 aa  431  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  72.7 
 
 
296 aa  431  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  72.35 
 
 
296 aa  429  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  71.33 
 
 
295 aa  428  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  71.33 
 
 
295 aa  427  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  71.67 
 
 
296 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  71.67 
 
 
296 aa  424  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  71.67 
 
 
296 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  71.67 
 
 
296 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  71.67 
 
 
296 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  72.01 
 
 
296 aa  422  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  71.33 
 
 
296 aa  423  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  68.26 
 
 
296 aa  415  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  67.92 
 
 
296 aa  413  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  62.77 
 
 
307 aa  348  9e-95  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  60.3 
 
 
306 aa  346  2e-94  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.21 
 
 
315 aa  323  3e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  53.45 
 
 
301 aa  318  7.999999999999999e-86  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.77 
 
 
311 aa  308  5e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.64 
 
 
316 aa  305  6e-82  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  58.94 
 
 
307 aa  296  3e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  54.81 
 
 
308 aa  296  4e-79  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  52.88 
 
 
289 aa  295  5e-79  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  53.06 
 
 
295 aa  291  1e-77  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  57.79 
 
 
308 aa  287  2e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  57.79 
 
 
308 aa  286  2e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  57.79 
 
 
308 aa  285  4e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  57.41 
 
 
308 aa  285  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  57.41 
 
 
307 aa  285  7e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.51 
 
 
311 aa  278  7e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  51.49 
 
 
315 aa  276  2e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  58.17 
 
 
308 aa  269  2.9999999999999997e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0579  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  58.17 
 
 
308 aa  269  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.196661  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0726  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  58.17 
 
 
308 aa  269  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9854199999999997e-37 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  58.17 
 
 
308 aa  269  2.9999999999999997e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0580  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  58.17 
 
 
308 aa  269  5e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.39 
 
 
321 aa  252  6e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  44.57 
 
 
322 aa  237  2e-61  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  43.98 
 
 
324 aa  236  2e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  45.72 
 
 
312 aa  231  1e-59  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  46.82 
 
 
319 aa  216  5e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  36.73 
 
 
316 aa  193  3e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.78 
 
 
310 aa  185  6e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.19 
 
 
320 aa  170  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.72 
 
 
328 aa  166  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  38.64 
 
 
308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.45 
 
 
330 aa  160  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  34.85 
 
 
310 aa  159  7e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.75 
 
 
294 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00370209  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.7 
 
 
312 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3064  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.16 
 
 
318 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00195714  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.58 
 
 
333 aa  155  7e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  35.32 
 
 
339 aa  155  9e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4340  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  35.32 
 
 
339 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.89 
 
 
320 aa  153  2.9999999999999998e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2079  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.56 
 
 
330 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.509497  normal  0.0138886 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3000  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.58 
 
 
312 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.434934  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3087  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.28 
 
 
343 aa  151  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.154884  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4654  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.11 
 
 
313 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.995284  normal  0.589042 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4759  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.43 
 
 
313 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125335  normal  0.644601 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  35.23 
 
 
311 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  35.23 
 
 
311 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  35.23 
 
 
311 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  35.23 
 
 
311 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.78 
 
 
312 aa  149  5e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  35.23 
 
 
313 aa  149  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2651  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.8 
 
 
313 aa  148  8e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.132029  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.97 
 
 
329 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1337  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.96 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4971  Monosaccharide-transporting ATPase  33.44 
 
 
309 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.155709  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.26 
 
 
306 aa  146  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3856  Monosaccharide-transporting ATPase  33.44 
 
 
309 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0772543  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3770  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.95 
 
 
313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.741987  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4893  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.12 
 
 
309 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202209  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4184  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.78 
 
 
309 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0713  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.05 
 
 
333 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0915  ribose ABC transporter periplasmic ribose-binding protein  35.82 
 
 
313 aa  143  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.57179  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1874  ribose ABC transporter periplasmic ribose-binding protein  32.45 
 
 
309 aa  143  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433268 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3387  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.82 
 
 
313 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.460491  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2973  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  32.45 
 
 
309 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3253  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  35.82 
 
 
313 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3045  monosaccharide-transporting ATPase  32.45 
 
 
309 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4364  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.13 
 
 
371 aa  142  8e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0398536  normal  0.0596861 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.85 
 
 
314 aa  142  9e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2035  Monosaccharide-transporting ATPase  32.01 
 
 
309 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.01 
 
 
309 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  0.048401 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26220  Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator protein  29.87 
 
 
308 aa  139  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.07 
 
 
322 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>