More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_3328 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
311 aa  615  1e-175  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  65.38 
 
 
307 aa  378  1e-104  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  64.74 
 
 
307 aa  374  1e-102  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  63.78 
 
 
308 aa  368  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  64.1 
 
 
308 aa  369  1e-101  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  63.46 
 
 
308 aa  368  1e-101  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  63.14 
 
 
308 aa  366  1e-100  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  61.99 
 
 
307 aa  364  1e-99  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.09 
 
 
315 aa  350  1e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  63.46 
 
 
308 aa  350  2e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0579  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  63.46 
 
 
308 aa  350  2e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.196661  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  63.46 
 
 
308 aa  350  2e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0726  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  63.46 
 
 
308 aa  350  2e-95  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9854199999999997e-37 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  57.79 
 
 
306 aa  350  2e-95  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0580  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  63.14 
 
 
308 aa  348  5e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.94 
 
 
316 aa  331  8e-90  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  60.59 
 
 
289 aa  330  2e-89  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  58.74 
 
 
308 aa  322  6e-87  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  54.69 
 
 
295 aa  321  8e-87  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  56.77 
 
 
292 aa  312  5.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  55.32 
 
 
292 aa  309  4e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  56.77 
 
 
292 aa  308  8e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  58.65 
 
 
296 aa  301  7.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  57.62 
 
 
294 aa  300  1e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  57.62 
 
 
294 aa  300  1e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  57.62 
 
 
296 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  57.62 
 
 
296 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  57.52 
 
 
295 aa  300  2e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  57.62 
 
 
296 aa  300  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  57.62 
 
 
296 aa  300  2e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  57.62 
 
 
296 aa  300  2e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  55.26 
 
 
294 aa  300  2e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  57.52 
 
 
295 aa  300  3e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  57.62 
 
 
296 aa  300  3e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  57.62 
 
 
296 aa  298  9e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  57.62 
 
 
296 aa  298  9e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  57.62 
 
 
296 aa  298  9e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  57.62 
 
 
296 aa  298  9e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  50.17 
 
 
301 aa  298  9e-80  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.77 
 
 
311 aa  297  2e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  57.25 
 
 
296 aa  296  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  54.14 
 
 
292 aa  295  6e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  56.88 
 
 
296 aa  295  7e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  56.13 
 
 
296 aa  295  8e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  56.13 
 
 
296 aa  294  1e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  47.1 
 
 
322 aa  288  7e-77  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  51.5 
 
 
299 aa  287  2e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  47.58 
 
 
315 aa  272  5.000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.9 
 
 
321 aa  270  2e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  45.87 
 
 
324 aa  260  2e-68  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  47.23 
 
 
312 aa  235  6e-61  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  45.49 
 
 
319 aa  218  1e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.91 
 
 
320 aa  206  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  37.5 
 
 
316 aa  199  6e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.29 
 
 
310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  41.73 
 
 
308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.98 
 
 
328 aa  181  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.19 
 
 
333 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.05 
 
 
317 aa  178  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  37.31 
 
 
310 aa  177  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.78 
 
 
306 aa  176  5e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3541  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.48 
 
 
313 aa  171  2e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4740  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.27 
 
 
327 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00130889 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1874  ribose ABC transporter periplasmic ribose-binding protein  38.33 
 
 
309 aa  169  5e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433268 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3045  monosaccharide-transporting ATPase  36.94 
 
 
309 aa  169  5e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2973  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  38.33 
 
 
309 aa  169  5e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  36.4 
 
 
339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4340  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  36.4 
 
 
339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2035  Monosaccharide-transporting ATPase  33.67 
 
 
309 aa  162  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.38 
 
 
309 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  0.048401 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.91 
 
 
330 aa  161  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.66 
 
 
320 aa  160  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1985  monosaccharide-transporting ATPase  38.91 
 
 
306 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.5 
 
 
312 aa  160  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3265  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.62 
 
 
311 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0610984  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1337  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.08 
 
 
312 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3000  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.67 
 
 
312 aa  156  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.434934  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4154  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.03 
 
 
329 aa  155  7e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00377851  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3049  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding, putative  32.35 
 
 
308 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00910782  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2435  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  35.19 
 
 
316 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.919395  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4184  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.27 
 
 
309 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2160  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.24 
 
 
301 aa  152  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0713  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.91 
 
 
333 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4893  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.91 
 
 
309 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202209  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.73 
 
 
309 aa  152  8e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3227  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.62 
 
 
310 aa  151  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0308005  normal  0.0252838 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.91 
 
 
309 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50140  Periplasmic substrate-binding protein of sugar ABC transporter  32.59 
 
 
310 aa  151  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1681  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.81 
 
 
306 aa  151  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.351495  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1761  sugar binding protein precursor  38.38 
 
 
305 aa  150  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0787937  hitchhiker  0.0000489999 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0292  monosaccharide-transporting ATPase  38.49 
 
 
300 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1507  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  38.38 
 
 
305 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00381532  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1611  monosaccharide-transporting ATPase  38.38 
 
 
305 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4011  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.58 
 
 
319 aa  150  3e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3856  Monosaccharide-transporting ATPase  34.55 
 
 
309 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0772543  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4971  Monosaccharide-transporting ATPase  34.55 
 
 
309 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.155709  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.65 
 
 
319 aa  149  5e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1964  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.84 
 
 
305 aa  149  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0494168 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3490  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.05 
 
 
309 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.44 
 
 
317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.382931  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>