More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_1642 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
333 aa  670    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.33 
 
 
358 aa  250  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.93 
 
 
317 aa  246  4e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  46.4 
 
 
310 aa  243  3e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4067  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.67 
 
 
329 aa  239  5e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0151386  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1630  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  46.67 
 
 
329 aa  236  4e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1574  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  46.33 
 
 
329 aa  236  6e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.380877  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1399  rhizopine-binding protein precursor  45.51 
 
 
328 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000528006  normal  0.827429 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2781  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.46 
 
 
349 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2825  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.46 
 
 
349 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.0535027 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2808  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.46 
 
 
349 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.122332  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4582  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.58 
 
 
353 aa  226  5.0000000000000005e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2780  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.94 
 
 
351 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.585093  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.94 
 
 
351 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0298901 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2807  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.94 
 
 
351 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.104692  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.44 
 
 
321 aa  215  7e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1457  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.73 
 
 
362 aa  215  8e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0726472 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.84 
 
 
316 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2569  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.92 
 
 
336 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.732466  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22080  periplasmic sugar-binding protein  39.4 
 
 
333 aa  205  7e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1793  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  42.8 
 
 
342 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.155472  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0457  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  42.8 
 
 
342 aa  205  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0362  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  42.8 
 
 
342 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4011  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.53 
 
 
319 aa  202  7e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1812  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  45.81 
 
 
297 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0810  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  45.81 
 
 
297 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1101  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  45.81 
 
 
297 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2074  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  45.81 
 
 
297 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26220  Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator protein  38.46 
 
 
308 aa  199  7e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3049  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding, putative  36.52 
 
 
308 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00910782  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0909  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  43.08 
 
 
333 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3878  sugar-binding periplasmic protein  43.08 
 
 
333 aa  194  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0286616 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0964  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.08 
 
 
333 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  39.79 
 
 
307 aa  193  3e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1581  ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  39.3 
 
 
310 aa  193  4e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0249545  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  41.64 
 
 
289 aa  192  7e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50130  Periplasmic substrate-binding protein of sugar ABC transporter  38.49 
 
 
308 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.46 
 
 
311 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  39.49 
 
 
315 aa  189  5e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3490  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  40.07 
 
 
309 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1961  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.79 
 
 
309 aa  188  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0249015 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2282  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.24 
 
 
333 aa  187  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.049005  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  42.91 
 
 
295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  34.67 
 
 
306 aa  183  3e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50140  Periplasmic substrate-binding protein of sugar ABC transporter  40 
 
 
310 aa  180  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.6 
 
 
315 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2395  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.32 
 
 
307 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50320  ABC transporter substrate binding protein  32.38 
 
 
315 aa  175  9e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.193489  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.32 
 
 
334 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1681  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.57 
 
 
306 aa  175  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.351495  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7805  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.41 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3265  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.1 
 
 
311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0610984  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  38.18 
 
 
312 aa  172  6.999999999999999e-42  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.63 
 
 
309 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4184  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.46 
 
 
309 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4893  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.1 
 
 
309 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202209  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  38.27 
 
 
308 aa  170  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4971  Monosaccharide-transporting ATPase  36.75 
 
 
309 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.155709  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3856  Monosaccharide-transporting ATPase  36.75 
 
 
309 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0772543  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  37.96 
 
 
308 aa  170  3e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  39.01 
 
 
307 aa  170  3e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  37.96 
 
 
308 aa  170  4e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  37.96 
 
 
308 aa  170  4e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1964  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.04 
 
 
305 aa  169  7e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0494168 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0054  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.58 
 
 
309 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  33.13 
 
 
324 aa  166  4e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1684  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.43 
 
 
313 aa  166  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  37.82 
 
 
319 aa  166  5e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2771  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 
314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.789772  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  37.15 
 
 
307 aa  163  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.68 
 
 
281 aa  163  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.98 
 
 
322 aa  162  9e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  33.84 
 
 
322 aa  161  1e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  35.85 
 
 
292 aa  162  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  32.61 
 
 
294 aa  160  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 
308 aa  160  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  38.27 
 
 
308 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0580  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  38.27 
 
 
308 aa  160  3e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0579  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  38.27 
 
 
308 aa  160  3e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.196661  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  38.27 
 
 
308 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0726  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  38.27 
 
 
308 aa  160  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9854199999999997e-37 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  35.74 
 
 
299 aa  160  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  35.09 
 
 
292 aa  160  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.94 
 
 
311 aa  159  8e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1582  ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.38 
 
 
311 aa  159  8e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000317911  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.77 
 
 
322 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.73 
 
 
313 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  35.47 
 
 
292 aa  158  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  35.27 
 
 
301 aa  158  1e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  35.58 
 
 
292 aa  158  1e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2171  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.63 
 
 
343 aa  155  6e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.982265  normal  0.26381 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.75 
 
 
309 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  35.42 
 
 
296 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  35.42 
 
 
294 aa  152  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  35.42 
 
 
296 aa  152  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  35.42 
 
 
296 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  35.42 
 
 
294 aa  152  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  35.42 
 
 
296 aa  152  7e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  35.42 
 
 
296 aa  152  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2473  periplasmic substrate-binding protein  31.42 
 
 
306 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.265832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>